【摘要】：本研究旨在通過(guò)對(duì)冬夏兩季蒙古牛皮膚組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和生物信息學(xué)分析,找到與蒙古牛抗寒性狀相關(guān)的信號(hào)通路及候選基因。用Ion ProtonTMSequencer分別對(duì)冬季和夏季成年蒙古牛的皮膚組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,隨后對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行處理、與參考基因組比對(duì)、差異表達(dá)分析、GO和KEGG富集分析以及候選基因篩選,并用Real-time PCR方法對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行可靠性檢測(cè)。結(jié)果顯示,冬季組和夏季組分別得到86 954 060和69 837 009條reads;冬季組與參考基因組的唯一比對(duì)率為73.21%,夏季組為75.55%;冬夏兩組共有182個(gè)差異表達(dá)基因(DEGs),與夏季組相比,其中117個(gè)在冬季組中上調(diào),65個(gè)在冬季組中下調(diào);Real-time PCR分析顯示,轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果可靠;GO分析結(jié)果顯示,細(xì)胞組分、分子功能、生物學(xué)過(guò)程分別富集到21、39和224個(gè)term;KEGG分析結(jié)果顯示,差異表達(dá)基因(DEGs)顯著地富集在脂類(lèi)代謝、凝血、酪氨酸代謝、類(lèi)固醇合成和視黃醇代謝相關(guān)通路上;共篩選出8個(gè)候選基因。綜上表明,脂類(lèi)代謝、凝血、黑色素合成相關(guān)通路和基因,以及與毛發(fā)發(fā)生相關(guān)的基因可能在蒙古牛抗寒過(guò)程中發(fā)揮重要作用。
[Abstract]:In this study, transcriptome sequencing and bioinformatics analysis of Mongolian cattle skin tissues in winter and summer were carried out to find the signal pathway and candidate genes related to cold resistance traits of Mongolian cattle. The skin tissues of adult Mongolian cattle in winter and summer were sequenced by Ion ProtonTMSequencer. The transcriptome data were processed and compared with reference genome, differential expression analysis, GO and KEGG enrichment analysis and candidate gene screening. Real-time PCR method was used to detect the reliability of transcriptional data. The results showed that the unique alignment rates of 86 954 060 and 69 837 009 reads; in winter and summer were 73.21 and 75.55, respectively. There were 182 differentially expressed genes (DEGs), in winter and summer groups, 117 of which were up-regulated in winter and 65 down-regulated in winter. Real-time PCR analysis showed that the sequencing of transcriptome was reliable. GO analysis showed that cell components, molecular functions and biological processes were enriched to 21n39 and 224 term;, respectively. KEGG analysis showed that the differentially expressed gene (DEGs) was significantly enriched in lipid metabolism, coagulation, tyrosine metabolism, steroid synthesis and retinol metabolism, and 8 candidate genes were screened out. In conclusion, lipid metabolism, coagulation, melanin synthesis related pathways and genes, as well as the genes related to hair development, may play an important role in the cold resistance of Mongolian cattle.
【作者單位】： 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;
【基金】：國(guó)家科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目(2011BAD18B00) 內(nèi)蒙古自治區(qū)科技計(jì)劃項(xiàng)目(20131403)
【分類(lèi)號(hào)】：S823.81

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 管永平;桑吉惹;尼滿;才仁道爾吉;;蒙古牛品種資源種質(zhì)特征與提純復(fù)壯研究[J];新疆畜牧業(yè);2012年03期

2 陳宏，邱懷;陜西延安蒙古牛群體的染色體研究[J];黃牛雜志;1995年03期

3 趙鋼,許志信,敖特根,李福生,趙明旭,杜秀武,張宏偉,賈寶泉,林國(guó)輝;蒙古牛春季牧食習(xí)性的觀察研究[J];中國(guó)草地;1998年05期

4 王峰,田春英,榮威恒;蒙古牛改良與肉牛育種規(guī)劃[J];畜牧與飼料科學(xué);2004年06期

5 烏蘭其其格;斯琴朝克圖;;肉牛改良蒙古牛效果分析[J];中國(guó)牛業(yè)科學(xué);2008年01期

6 李向陽(yáng);;蒙古牛2號(hào)染色體3個(gè)基因座的遺傳研究[J];內(nèi)蒙古民族大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2010年05期

7 П·Ф·ОРСОВОй;王朝芳;;蒙古牛、牦牛及其雜種牛的血型[J];中國(guó)牦牛;1983年01期

8 王PI琪;;察北牧X4應(yīng)用短角牛改良蒙古牛的研究報(bào)告[J];畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào);1957年02期

9 王PI琪;;察北地區(qū)蒙古牛的初步研究[J];畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào);1957年02期

10 李鈺;;昭烏達(dá)盟蒙古牛繁殖的調(diào)查[J];中國(guó)畜牧雜志;1964年04期

相關(guān)重要報(bào)紙文章 前2條

1 趙勇;全盟肉牛屠宰對(duì)比試驗(yàn)在正鑲白旗進(jìn)行[N];錫林郭勒日?qǐng)?bào)(漢);2010年

2 證券時(shí)報(bào)記者 湯亞平;牛價(jià)何以十倍于馬[N];證券時(shí)報(bào);2014年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前1條

1 王峰;蒙古牛骨形態(tài)發(fā)生蛋白（BMPs）基因克隆和組織表達(dá)研究[D];內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué);2008年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 烏云畢力格;蒙古牛和日本和牛遺傳多態(tài)性比較研究[D];內(nèi)蒙古大學(xué);2004年

2 趙稱赫;蒙古牛肉品質(zhì)及背最長(zhǎng)肌脂肪代謝相關(guān)基因mRNA表達(dá)量的研究[D];內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

3 木其爾;呼倫貝爾蒙古牛黃色脂肪成因物質(zhì)研究[D];內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

4 馬云龍;無(wú)標(biāo)記CRISPR/Cas9技術(shù)編輯MSTN基因蒙古牛細(xì)胞株的建立[D];內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué);2017年

5 包胡斯楞;自然放牧條件下蒙古牛采食行為、體尺變化及血液指標(biāo)的研究[D];內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué);2017年

6 暢旺東;放牧條件下蒙古牛血液中抗氧化、免疫及代謝相關(guān)指標(biāo)的研究[D];內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué);2017年

7 王峰;影響蒙古牛肉質(zhì)性狀主要候選基因的篩選[D];內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué);2011年

8 李志艷;蒙古牛MSTN基因敲除的研究[D];內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

9 錢(qián)呈;蒙古牛和水牛BTG2啟動(dòng)子的克隆及功能分析[D];內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

10 趙志超;對(duì)蒙古牛、魯西黃牛以及和牛超數(shù)排卵的研究[D];內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

，

本文編號(hào)：2320324