發(fā)布時間：2018-10-15 10:15

【摘要】：目的克隆蘇黎世克羅諾桿菌(CT)DSM 18703株外膜蛋白A(Outer membrane protein A,OmpA)基因,并對其編碼蛋白進行生物信息學(xué)分析。方法以CT DSM 18703株DNA為模板,PCR擴增OmpA基因,克隆入表達載體pMD19-T進行測序分析,利用生物信息學(xué)方法對編碼OmpA蛋白的理化性質(zhì)、保守結(jié)構(gòu)域、親水性/疏水性、信號肽、跨膜區(qū)、亞細胞定位、抗原決定簇、二級和三級結(jié)構(gòu)及同源性進行預(yù)測分析。結(jié)果CT DSM 18703株OmpA基因核苷酸序列長度為1 044bp,其編碼蛋白由347個氨基酸組成(基因登錄號:AGQ57145.1),編碼蛋白的分子質(zhì)量單位為37.11ku,等電點值理論為5.20。該蛋白具有1個跨膜蛋白保守結(jié)構(gòu)域,含有1個信號肽,不含跨膜區(qū),是一種外膜蛋白;含11個與免疫相關(guān)的抗原決定簇,具有形成抗原表位的優(yōu)勢結(jié)構(gòu),可作為潛在的候選疫苗。二級結(jié)構(gòu)中α-螺旋、β-折疊、β-轉(zhuǎn)角和無規(guī)則卷曲的含量分別為29.97%、19.60%、8.93%和41.50%。多重序列比對和聚類分析顯示,該蛋白序列與CT z2032株OmpA蛋白(CBA 29736.1)有高度同源性,且在系統(tǒng)發(fā)育樹上與二者聚為一簇。結(jié)論成功克隆了CT DSM 18703株OmpA基因,生物信息學(xué)分析顯示其編碼蛋白OmpA含有潛在的抗原決定簇區(qū)域,可作為蘇黎世克羅諾桿菌工程疫苗候選基因。
[Abstract]:Objective to clone the outer membrane protein (A (Outer membrane protein AmpA) gene of (CT) DSM 18703 strain and analyze its encoded protein by bioinformatics. Methods using CT DSM 18703 DNA as template, OmpA gene was amplified by PCR and cloned into expression vector pMD19-T for sequencing. The physicochemical properties, conserved domain, hydrophilicity / hydrophobicity, signal peptide and transmembrane region of the encoded OmpA protein were analyzed by bioinformatics. Subcellular localization, antigen determinants, secondary and tertiary structures and homology were predicted. Results the length of nucleotide sequence of OmpA gene in CT DSM 18703 strain was 1 044 BP, the encoded protein was composed of 347 amino acids (gene accession number: AGQ57145.1), the molecular weight unit of encoded protein was 37.11ku. the isoelectric point theory was 5.20. This protein has a conserved domain of transmembrane protein, contains a signal peptide, does not contain a transmembrane region, is an outer membrane protein, contains 11 immune-related antigenic determinants, and has the dominant structure to form antigenic epitopes. It can be used as a potential vaccine candidate. The contents of 偽 -helix, 尾 -fold, 尾 -rotation angle and irregular crimp in the secondary structure are 29.97 ~ 19.60,8.93% and 41.50%, respectively. Multiple sequence alignment and cluster analysis showed that the protein sequence was highly homologous to OmpA protein (CBA 29736.1) of CT Z2032 strain, and they were clustered in phylogenetic tree. Conclusion the OmpA gene of CT DSM 18703 strain was cloned successfully. Bioinformatics analysis showed that the encoded protein OmpA contained a potential antigenic determinant region and could be used as a candidate gene for engineering vaccine of Crotonella Zurich.
【作者單位】： 徐州醫(yī)科大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院;
【基金】：國家自然科學(xué)基金青年基金項目(No.31401595) 徐州醫(yī)學(xué)院院級科研項目(No.D2014002,2014KJ01)
【分類號】：R378;Q811.4

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