【摘要】：染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)將模體識別問題拓展到了全基因組范圍,但因數(shù)據(jù)量過大,傳統(tǒng)的模體識別算法往往運算過慢從而無法很好地解決此問題。為了解決傳統(tǒng)算法的缺點,提出一種用于Ch IP-seq數(shù)據(jù)的替換顯露子串尋找問題的算法Fast ESE,通過測試集和控制集的比對找出顯露子串并搜索其(l,d)替換實例組成相應(yīng)的位置概率矩陣,再使用權(quán)重信息量對這些子串進行聚類,最終找出集合中的替換顯露子串。使用真實的Ch IP-seq數(shù)據(jù)對該研究算法進行有效性驗證,實驗結(jié)果表明,Fast ESE可以在合理時間內(nèi)有效解決Ch IP-seq中的模體識別問題。
[Abstract]:Chromatin immune coprecipitation technology extends motif recognition to the whole genome, but because of the large amount of data, the traditional motif recognition algorithm is often too slow to solve the problem. In order to solve the shortcoming of the traditional algorithm, a new algorithm, Fast ESE, which is used to find the replacement exposure substring of Ch IP-seq data, is proposed. By comparing the test set with the control set, Fast ESE, finds the exposed substring and searches for its (LLD) replacement instance to form the corresponding position probability matrix. Then the weight information is used to cluster these sub-strings, and finally the replacement exposed sub-strings in the set are found. The validity of the algorithm is verified by using real Ch IP-seq data. The experimental results show that, Fast ESE can effectively solve the motif recognition problem in Ch IP-seq within a reasonable time.
【作者單位】： 長安大學(xué)電子與控制工程學(xué)院;長安大學(xué)信息工程學(xué)院;
【基金】：國家自然科學(xué)青年基金(61501058) 陜西省自然科學(xué)青年基金(2016JQ6075) 中央高�；緲I(yè)務(wù)費(310832161008)
【分類號】：Q811.4

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