【摘要】：【目的】明確葡萄miR169(vvi-miR169)基因家族在葡萄生長發(fā)育及逆境脅迫響應(yīng)中的重要作用,為其在葡萄分子育種和抗逆新品種選育中的應(yīng)用提供參考依據(jù)�！痉椒ā坷胢iRNA、Phytozome、NCBI等數(shù)據(jù)庫及Clustal X2.1、MEGA 6.0、RNAfold Web Server、ps RNATarget等在線軟件對vvi-miR169基因家族的序列分布、定位特征、二級結(jié)構(gòu)、發(fā)育進(jìn)化樹和靶基因調(diào)控功能進(jìn)行生物信息學(xué)分析。【結(jié)果】在miRBase中搜索到25條vvi-miR169基因同源序列,分別分布在6條染色體上,其中以位于Chr11上的序列最多,共有17條,位于Chr01、Chr04和Chr14上各有2條,而在Chr08和Chr17上各有1條。vvi-miR169基因家族成熟序列的堿基保守性很高,其前體序列均可形成穩(wěn)定的二級莖環(huán)結(jié)構(gòu),且位于同一條染色體上的miR169基因序列顯示出相對更近的親緣關(guān)系。vvi-miR169基因家族共預(yù)測到21個靶基因,絕大部分miRNA都有多個靶基因,且不同miRNA具有相同的靶基因,其中有22個miRNA靶基因均含有GSVIVT01015120001(NF-YA轉(zhuǎn)錄因子)�！窘Y(jié)論】vvi-miR169基因家族序列保守性較高,家族特征明顯,且具有相似的調(diào)控功能;NF-YA轉(zhuǎn)錄因子是vvi-miR169基因家族最主要的靶基因,也是葡萄生長發(fā)育過程中抗逆境脅迫的主要調(diào)控元件。
[Abstract]:[objective] to clarify the important role of miR169 (vvi-miR169) gene family in the growth and development of grape and the response to stress. [methods] using miRNA,Phytozome,NCBI database and online software such as Clustal X2.1 MEGA6.0 RNAfold Web Server,ps RNATarget to analyze the sequence distribution, location characteristics and secondary structure of vvi-miR169 gene family. The developmental evolutionary tree and target gene regulation function were analyzed by bioinformatics. [results] 25 homologous sequences of vvi-miR169 gene were found in miRBase, which were distributed on 6 chromosomes respectively, among which 17 were located on Chr11. There were two bands in Chr01,Chr04 and two in Chr14, and one in Chr08 and one in Chr17. The mature sequence of vvi-miR169 gene family was highly conserved, and its precursor sequence could form a stable secondary stem ring structure. Moreover, the sequence of miR169 gene located on the same chromosome showed that there were 21 target genes in the relative close relationship. Vvi-miR169 gene family predicted a total of 21 target genes. Most of the miRNA had multiple target genes, and different miRNA had the same target gene. Among them, 22 miRNA target genes all contain GSVIVT01015120001 (NF-YA transcription factors). [conclusion] the sequence of vvi-miR169 gene family is highly conserved, the family features are obvious, and NF-YA transcription factor is the most important target gene of vvi-miR169 gene family with similar regulatory function. It is also the main regulatory element of resistance to stress during the growth and development of grape.
【作者單位】： 廣西作物遺傳改良生物技術(shù)重點開放實驗室;廣西農(nóng)業(yè)科學(xué)院;
【基金】：國家博士后科學(xué)基金項目(2014M562497XB) 廣西八桂學(xué)者專項資金項目([2013]3號) 廣西農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技發(fā)展基金項目(桂農(nóng)科2015JM28);廣西農(nóng)業(yè)科學(xué)院基本科研業(yè)務(wù)專項項目(桂農(nóng)科2017YM33)
【分類號】：Q943.2;S663.1

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本文編號：2208539