【摘要】：目的:對zrx02嗜酸乳桿菌細菌素編碼基因進行克隆與序列分析。方法:對分離出的菌株進行16S rRNA鑒定,并根據(jù)已報道的plnD編碼產(chǎn)物基因設(shè)計引物,以該菌基因組DNA為模板進行PCR擴增和測序,利用Pro Param tool,TMHMM等在線軟件對編碼蛋白進行生物信息學(xué)分析。結(jié)果:該菌為嗜酸乳桿菌,命名為嗜酸乳桿菌zrx02,該菌含有plnD基因,通過與Gen Bank中相關(guān)的抗菌素基因進行比對,發(fā)現(xiàn)其基因序列與Gen Bank庫中的Lactobacillus plantarum strain(WP 016526896.1)plnD gene的同源性達到100%。生物信息學(xué)分析顯示該基因全長355 bp,編碼92個氨基酸,相對分子量10.54 ku,理論等電點9.26,該基因編碼蛋白是穩(wěn)定蛋白,不具有明顯的跨膜結(jié)構(gòu),二級結(jié)構(gòu)主要有α-螺旋、無規(guī)則卷曲和延伸鏈組成,三級結(jié)構(gòu)結(jié)果顯示plnD蛋白模型與Streptococcus pneumoniae中的ComE同源性最高。結(jié)論:對嗜酸乳桿菌zrx02 plnD基因的克隆與分析,為進一步探究細菌素的形成機制奠定理論基礎(chǔ)。
[Abstract]:Objective: to clone and sequence the bacteriocin encoding gene of Lactobacillus acidophilus zrx02. Methods: the isolated strain was identified by 16s rRNA, and primers were designed according to the reported plnD coding product gene. The genomic DNA was used as template for PCR amplification and sequencing. Pro Param tool-TMHMM and other online software were used for bioinformatics analysis of the encoded protein. Results: Lactobacillus acidophilus was named as Lactobacillus acidophilus zrx02. It contained plnD gene. By comparing with the antimicrobial gene related to Gen Bank, it was found that the homology of the gene sequence with Lactobacillus plantarum strain (WP 016526896.1) plnD gene in Gen Bank library was 100%. Bioinformatics analysis showed that the gene was 355 BP in length, encoding 92 amino acids, the relative molecular weight was 10.54 ku. the theoretical isoelectric point was 9.26. The protein encoded by the gene was stable and had no obvious transmembrane structure, and the secondary structure was mainly 偽 -helix. The results of three-level structure showed that the plnD protein model had the highest homology with ComE in Streptococcus pneumoniae. Conclusion: the cloning and analysis of zrx02 plnD gene of Lactobacillus acidophilus lay a theoretical foundation for further exploring the formation mechanism of bacteriocin.
【作者單位】： 河南科技學(xué)院食品學(xué)院;云南商務(wù)信息工程學(xué)校;
【基金】：河南省高校重點科研項目(18A550006) 河南省高校科技創(chuàng)新人才支持計劃(17HASTIT037) 河南科技學(xué)院高層次人才科研項目(2015016)
【分類號】：Q78;TS201.3

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本文編號：2197039