【摘要】：目的探討RYBP介導白血病細胞凋亡的靶基因。方法利用慢病毒介導的RNA干擾技術,建立多批次RYBP基因穩(wěn)定沉默的HL60細胞株及空載體對照組(NC);通過二代測序技術對不同批次干擾的上述3對細胞進行mRNA測序及miRNA測序,利用KEGG等生物信息學分析方法 ,預測靶基因。結果成功構建RYBP穩(wěn)定沉默的HL60細胞株。二代測序篩選出明顯差異的mRNA及miRNA(P0.05)。Pathway顯著性富集分析發(fā)現(xiàn)表達下調(diào)的基因與氨基酸合成,癌癥轉錄調(diào)節(jié)紊亂,氨基酸代謝等相關的KEGG pathway有關,詳見后述;沉默RYBP后,SPI1與hsa-miR-214-3p均表達降低(P0.05)。結論RYBP介導白血病細胞凋亡的靶基因可能為:BBC3、BAI1、SESN2、CCNG2、JAK3、STAT4、SPI1、BCL6、CD11b和hsa-miR-214-3p。
[Abstract]:Objective to investigate the target gene of RYBP mediated leukemia cell apoptosis. Methods Lentivirus mediated RNA interference was used to establish HL60 cell lines with stable silencing of multiple batches of RYBP gene and empty vector (NC);. MRNA sequencing and miRNA sequencing of the three pairs of cells with different batches of interference were carried out by second generation sequencing technique. The target gene was predicted by KEGG and other bioinformatics analysis methods. Results RYBP stable silencing HL60 cell line was successfully constructed. The significant enrichment analysis of mRNA and miRNA (P0.05) .Pathway showed that the down-regulated genes were related to the synthesis of amino acids, the disorder of transcription regulation of cancer, the metabolism of amino acids, etc. The expression of SPI1 and hsa-miR-214-3p decreased after silencing RYBP (P0.05). Conclusion the target genes of RYBP mediated leukemic cell apoptosis may be: 1: BBC3 BAI1, SESN2, CCNG2, JAK3, STAT4, SPI1, BCL6, CD11b and hsa-miR-214-3p.
【作者單位】： 廣州醫(yī)科大學附屬廣州市第一人民醫(yī)院血液內(nèi)科;
【基金】：廣東省自然科學基金(編號:2014A030313676) 中華醫(yī)學會臨床醫(yī)學科研專項資金(編號:16010050621) 廣州市科技計劃項目(編號:201508020254)
【分類號】：R733.7

【參考文獻】

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本文編號：2188101