【摘要】：青藏高原是人類居住的最極端的環(huán)境之一,藏族人群通過長期的達爾文進化選擇,在生理和遺傳上對高原獨特的低氧生境表現(xiàn)出良好的適應(yīng)。藏族人群對低氧的適應(yīng)是一個動態(tài)多基因調(diào)控的過程。本研究通過對80個無親緣關(guān)系的藏族個體EP300(108.93k)基因進行重測序,并進行了SNP位點的鑒定和基于等位基因頻率和單倍型中性選擇信號檢測、功能預(yù)測、遺傳關(guān)聯(lián)等分析,結(jié)果顯示藏族人群與低海拔人群(漢族、歐洲人群和非洲人群)相比有一組變異位點表現(xiàn)出等位基因頻率分歧。以千人基因組為參考基因組對EP300基因進行SNP鑒定,經(jīng)過質(zhì)量控制后,得到185個可用后續(xù)分析的SNP位點�；诘任换蝾l率和單倍型的中性檢驗結(jié)果表明,有34個SNP位點FST大于全基因組平均分歧值(0.03),XPEHH2,說明EP300受到了達爾文選擇。利用CADD數(shù)據(jù)庫對149個位點進行基于GERP的序列保守性、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域、剪切基序、組蛋白甲基化/三甲基化修飾位點和DNA酶I超敏感剪切位點等功能預(yù)測,發(fā)現(xiàn)除了2個非同義突變都位于非編碼區(qū),14個SNP位點高度保守(GREP++5.0),還有多個位點與H3K4Me1/H3K4Me3修飾相關(guān),表明他們可能參與了組蛋白的修飾和染色體重塑以及啟動子的活性相關(guān)。我們利用血液eQTL數(shù)據(jù)庫對EP300基因SNP位點進行了分析。其中有6個TagSNP位點中有三個位點(rs2076578,rs5758251 and rs2143694)與EP300的表達水平表現(xiàn)出強烈的相關(guān)性(P v值分別1.64×10-54,3.63×10-54和3.26×10-54),這也說明EP300可能在藏族人群適應(yīng)低氧的遺傳機制中扮演者重要的角色。遺傳關(guān)聯(lián)分析結(jié)果表明EP300與藏族血液中一氧化氮(NO)含量相關(guān),說明EP300可能通過調(diào)節(jié)NO的水平來幫助藏族人群適應(yīng)高原低氧環(huán)境。
[Abstract]:Qinghai-Xizang Plateau is one of the most extreme environments inhabited by human beings. The Tibetan people have shown good physiological and genetic adaptation to the plateau's unique hypoxic habitat through long-term Darwinian evolutionary selection. Adaptation to hypoxia in Tibetan populations is a dynamic polygenic process. In this study, EP300 (108.93k) genes of 80 unrelated Tibetan individuals were sequenced, and SNP loci were identified and analyzed based on allele frequency and haplotype neutral selection signal detection, functional prediction and genetic association. The results showed that there were different alleles in a group of mutation loci between Tibetan and low altitude population (Han, European and African). The EP300 gene was identified by SNP with thousands of human genomes as reference. After quality control, 185 SNP loci were obtained which could be used for subsequent analysis. The results of neutral test based on allelic frequency and haplotype showed that 34 SNP loci had higher FST than the whole genome average divergence value (0.03) XPEH2, indicating that EP300 was selected by Darwin. The CADD database was used to predict the function of 149 sites based on GERP sequence conserved, transcription factor binding region, shearing motif, histone methylation / trimethylation modification site and DNA enzyme I hypersensitive shear site. It was found that except for 2 nonsynonymous mutations, 14 SNP loci were highly conserved (GREP 5.0), and many other sites were related to H3K4Me1/H3K4Me3 modification, suggesting that they may be involved in the modification of histone, chromosome remodeling and promoter activity. We used blood eQTL database to analyze the SNP locus of EP300 gene. Three of the six TagSNP loci (rs2076578rs5758251 and rs2143694) showed strong correlation with the expression of EP300, and the (P v values were 1.64 脳 10-54 and 3.26 脳 10-54, respectively, indicating that EP300 may play an important role in the genetic mechanism of adaptation to hypoxia in Tibetan population. The results of genetic association analysis showed that EP300 was related to the content of nitric oxide (NO) in Tibetan blood, suggesting that EP300 might help Tibetan people adapt to hypoxia environment by regulating the level of no.
【學(xué)位授予單位】：甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：R339.5

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8 陳寶元;慢性阻塞性肺疾病夜間低氧研究的進展[J];國外醫(yī)學(xué)(呼吸系統(tǒng)分冊);2003年01期

9 周兆年;低氧與健康研究[J];中國基礎(chǔ)科學(xué);2003年05期

10 陳偉,陳家佩,葛世麗,從玉文,付小兵;低氧對大鼠肝腎組織內(nèi)紅細胞生成素和低氧誘導(dǎo)因子-1α基因表達的影響[J];中國危重病急救醫(yī)學(xué);2004年01期

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3 郭世榮;李式軍;李娟;解衛(wèi)華;;根際低氧逆境的危害和蔬菜作物的耐低氧性研究進展[A];中國園藝學(xué)會第四屆青年學(xué)術(shù)討論會論文集[C];2000年

4 景孝堂;范文紅;吳燕;楊應(yīng)忠;范明;;神經(jīng)發(fā)育中低氧相關(guān)新基因的篩選[A];中國生理學(xué)會第六屆應(yīng)用生理學(xué)委員會全國學(xué)術(shù)會議論文摘要匯編[C];2003年

5 杜繼曾;陳學(xué)群;張穎沙;劉健翔;許寧一;張家興;;低氧下生長發(fā)育抑制與認知功能促進的調(diào)節(jié)機制[A];中國生理學(xué)會第五屆比較生理學(xué)學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2004年

6 單淑香;;慢性阻塞性肺疾病患者睡眠低氧的初步研究[A];中華醫(yī)學(xué)會呼吸病學(xué)年會——2011（第十二次全國呼吸病學(xué)學(xué)術(shù)會議）論文匯編[C];2011年

7 馬子敏;范明;;低氧損傷與離子通道[A];2003’離子通道、受體與信號轉(zhuǎn)導(dǎo)專題研討會專輯[C];2003年

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9 彭兆云;孫學(xué)軍;練慶林;蔣春雷;;高壓氧預(yù)處理提高小鼠耐低氧能力的實驗研究[A];中國生理學(xué)會第六屆應(yīng)用生理學(xué)委員會全國學(xué)術(shù)會議論文摘要匯編[C];2003年

10 洪欣;尹昭云;謝印芝;呂永達;;低氧時肺動脈內(nèi)皮細胞功能變化及其在肺水腫發(fā)生中的作用[A];中國生理學(xué)會第六屆全國青年生理學(xué)工作者學(xué)術(shù)會議論文摘要[C];2003年

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2 ;低氧健身好處多[N];中國中醫(yī)藥報;2003年

3 王雪飛;間歇性低氧對學(xué)習記憶有利[N];健康報;2004年

4 李慶;健身新概念：低氧運動[N];工人日報;2000年

5 記者 馬芳;地下鼠低氧生存源自基因突變[N];南方日報;2014年

6 北京體育大學(xué)科研中心教授 胡揚;低氧運動也很棒[N];健康報;2010年

7 健康時報記者 葉依;睡幾天“低氧屋”也能減肥？[N];健康時報;2008年

8 記者 嚴存義 周丹波;高原低氧關(guān)注健康[N];甘肅日報;2003年

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2 紀志鵬;低氧預(yù)處理誘導(dǎo)的HIF-1α可促進缺血再灌注損傷肝臟糖代謝并保護線粒體的研究[D];山東大學(xué);2015年

3 葉巧;Tat-NGB低氧神經(jīng)保護作用機理研究及低氧相關(guān)模型探索與應(yīng)用[D];中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院;2016年

4 張森;低氧右心室在壓力/容量超負荷條件下的適應(yīng)機制研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2016年

5 周洋;miR-199a-5p在慢性缺氧心肌內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激中的作用及機制研究[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2016年

6 許曉玲;抑制CapG基因預(yù)防低氧性肺動脈高壓的研究[D];浙江大學(xué);2016年

7 游詠;低氧狀態(tài)下肌紅蛋白促骨髓間充質(zhì)干細胞向內(nèi)皮細胞分化[D];南華大學(xué);2016年

8 張培;低氧調(diào)控糖皮質(zhì)激素受體α表達及核轉(zhuǎn)位的分子機制研究[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2016年

9 童大力;HIF/PHF8/AR軸在去勢抵抗前列腺癌發(fā)生中的作用機制研究[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2016年

10 謝惠春;三種小型哺乳動物低氧適應(yīng)生理生化機制研究[D];陜西師范大學(xué);2016年

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1 周姍姍;低氧預(yù)處理的骨髓間充質(zhì)干細胞對慢性腎衰竭大鼠腎臟的修復(fù)作用[D];福建醫(yī)科大學(xué);2015年

2 嚴衛(wèi)亞;低氧預(yù)處理MSCs通過Pim-1高表達抑制細胞凋亡的實驗研究[D];蘇州大學(xué);2015年

3 王慧娟;低氧對團頭魴生理生化指標及低氧應(yīng)答基因表達的影響[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

4 吳鑫杰;低氧對團頭魴細胞凋亡及抗氧化酶活性的影響[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

5 寇蓬;Twist在低氧微環(huán)境中宮頸癌順鉑耐藥的作用及機制研究[D];昆明醫(yī)科大學(xué);2015年

6 李錦松;金絲桃苷對低氧時大鼠認知功能損傷的改善作用及其抗氧化應(yīng)激損傷機制[D];廣東藥學(xué)院;2015年

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8 張振中;低氧處理對不同年齡段C57小鼠骨髓間充質(zhì)干細胞增殖能力的影響[D];南方醫(yī)科大學(xué);2015年

9 張建明;低氧下cyclinB1表達與肝癌細胞對Hsp90抑制劑17-DMAG耐藥性的關(guān)系探討[D];南方醫(yī)科大學(xué);2015年

10 吳國瑞;低氧微環(huán)境對腦星形膠質(zhì)細胞凋亡及對BCL-2表達的影響[D];昆明醫(yī)科大學(xué);2015年

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本文編號：2186417