【摘要】：【目的】識(shí)別原核生物全基因組中的16S rRNA基因�！痉椒ā勘疚囊罁�(jù)基因序列的GC堿基含量、堿基3-周期性和馬爾可夫鏈3個(gè)方面的特性,構(gòu)建了識(shí)別原核生物全基因組中16S rRNA基因的三層過濾模型�！窘Y(jié)果】經(jīng)檢驗(yàn),模型的特異性、敏感性和馬修斯相關(guān)系數(shù)分別為99.58%、91.60%和91.49%。【結(jié)論】結(jié)果表明,本文所提出的方法可以高效、準(zhǔn)確地識(shí)別出16S rRNA基因。
[Abstract]:[objective] to identify 16s rRNA gene in the whole genome of prokaryotes. [methods] according to the GC base content, the base 3-periodicity and the Markovian chain characteristics of the gene sequence, A three-layer filter model for recognizing 16s rRNA gene in prokaryote genome was constructed. [results] the specificity, sensitivity and Matthews correlation coefficient of the model were 99.58% and 91.49%, respectively. [conclusion] the results showed that the specificity, sensitivity and Matthews correlation coefficient of the model were 99.58% and 91.49%, respectively. [conclusion] The method proposed in this paper can identify 16s rRNA gene efficiently and accurately.
【作者單位】： 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)理學(xué)院;
【基金】：國家自然科學(xué)基金(11571173) 江蘇省自然科學(xué)基金(BK20141358)~~
【分類號(hào)】：Q78

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9 ;How to understand the data analysis for the experiment bacterial transformation mapping[A];遺傳學(xué)進(jìn)步與人口健康高峰論壇論文集[C];2007年

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4 沈志軍;原核生物基因識(shí)別[D];河北工業(yè)大學(xué);2007年

5 衛(wèi)海濱;組份距離方法構(gòu)建基于兩組蛋白質(zhì)的原核生物親緣樹[D];浙江大學(xué);2004年

6 楊益芬;四川大英鹽湖原核生物多樣性初步研究[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2009年

7 韓志嫻;原核生物基因及基因組結(jié)構(gòu)分析[D];河北工業(yè)大學(xué);2005年

8 韋芳萍;原核生物中重復(fù)序列的分析及數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建[D];廣西大學(xué);2002年

9 加順花;原核生物翻譯起始區(qū)的序列特征及基因間的關(guān)聯(lián)特性[D];內(nèi)蒙古大學(xué);2004年

10 劉琦;EcTrmB和MjNGN的克隆、表達(dá)、純化以及初步晶體學(xué)分析[D];中國科學(xué)技術(shù)大學(xué);2009年

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本文編號(hào)：2171787