在葡萄果實發(fā)育Ⅰ、Ⅲ期差異表達的SWEET基因家族成員的生物信息學分析
發(fā)布時間:2018-07-15 09:23
【摘要】:為探索SWEET基因家族在葡萄果實發(fā)育中的表達與功能,以本實驗室完成的釀酒葡萄品種赤霞珠Ⅰ期和Ⅲ期果實的轉錄組數(shù)據(jù)為基礎,篩選出在Ⅰ期和Ⅲ期表達量存在顯著差異的9個SWEET基因家族成員,利用生物信息學工具,對這9個基因的基因結構、蛋白的基本理化性質、二級結構、亞細胞定位、保守基序和序列同源性等進行預測分析,并利用實時熒光定量PCR(qPCR)技術對分析結果進行驗證。基因組定位結果發(fā)現(xiàn)這9個SWEET基因分布在7條染色體上,蛋白序列可分成4個亞族。不同成員間氨基酸數(shù)目、氨基酸序列間的疏水性存在一定的差異;二級結構預測結果顯示,這9個SWEET基因的氨基酸序列以α-螺旋和無規(guī)則卷曲為主要組成部分;基因結構分析表明,除VvSWEET4含有4個內含子,其余8個均含有5個內含子;對9個SWEET基因家族成員蛋白的亞細胞定位預測分析表明:它們大多定位在質膜、葉綠體類囊體膜和液泡膜上;QPCR結果表明,在Ⅰ期和Ⅲ期差異表達的9個SWEET基因家族成員中,5個基因上調表達,4個基因下調表達,與轉錄組分析結果一致。
[Abstract]:In order to explore the expression and function of SWEET gene family in grape fruit development, the transcriptome data of Cabernet Sauvignon 鈪,
本文編號:2123587
[Abstract]:In order to explore the expression and function of SWEET gene family in grape fruit development, the transcriptome data of Cabernet Sauvignon 鈪,
本文編號:2123587
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