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基于轉(zhuǎn)錄組分析的大針茅響應羊啃食的基因表達

發(fā)布時間:2018-07-08 12:14

  本文選題:大針茅 + 羊啃食; 參考:《中國草地學報》2017年03期


【摘要】:利用新一代高通量測序手段對大針茅受到羊啃食后2h的實驗組與未啃食的對照組葉片進行Illumina平臺的轉(zhuǎn)錄組測序(RNA sequences),共得到147561個序列讀取片段(reads),組裝成64738條單基因簇(Unigenes),Unigenes平均長度為1367.21bp,N50為2017bp。隨機挑選11個基因利用實時熒光定量PCR對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫進行了驗證。基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析淀粉和蔗糖代謝通路中關鍵調(diào)控基因表達差異,結果表明:隨機挑選的11個基因的表達差異變化與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)上下調(diào)趨勢一致,在淀粉與蔗糖代謝通路中相關基因的表達差異變化利于淀粉、蔗糖的積累。大針茅在羊啃食后淀粉與蔗糖含量的增加有利于結實,對后代的傳播意義重大。
[Abstract]:A new generation of high-throughput sequencing method was used to sequence the Illumina platform of the experimental group and the ungnawed control leaf 2 hours after the fescue was gnawed by sheep. (reads), sequences), obtained 147561 read fragments (reads), was assembled into 64738 single genes. The average length of Unigenes is 1367.21bpN _ (50), which is 2017bp _ (50). Eleven genes were randomly selected to verify the transcriptional database by real-time fluorescent quantitative PCR. Based on transcriptional data, the differences of expression of key regulatory genes in starch and sucrose metabolic pathways were analyzed. The results showed that the differences in expression of 11 genes selected at random were consistent with the down-regulation trend in transcriptional data. The difference in the expression of related genes in the pathway of starch and sucrose metabolism is beneficial to the accumulation of starch and sucrose. The increase of starch and sucrose content in fescue after sheep gnawing is beneficial to seed bearing and is of great significance to the transmission of offspring.
【作者單位】: 中國農(nóng)業(yè)科學院草原研究所/農(nóng)業(yè)部草地生態(tài)與修復治理重點實驗室;內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學生命科學學院;
【基金】:內(nèi)蒙古自然科學基金項目(2015MS0305) 中國科學院西部之光“人才培養(yǎng)”項目 中國農(nóng)業(yè)科學院草原研究所科技創(chuàng)新工程資助
【分類號】:S543.9

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9 ;[J];;年期

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本文編號:2107399

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