基于轉(zhuǎn)錄組分析的大針茅響應(yīng)羊啃食的基因表達(dá)
本文選題:大針茅 + 羊啃食; 參考:《中國(guó)草地學(xué)報(bào)》2017年03期
【摘要】:利用新一代高通量測(cè)序手段對(duì)大針茅受到羊啃食后2h的實(shí)驗(yàn)組與未啃食的對(duì)照組葉片進(jìn)行Illumina平臺(tái)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA sequences),共得到147561個(gè)序列讀取片段(reads),組裝成64738條單基因簇(Unigenes),Unigenes平均長(zhǎng)度為1367.21bp,N50為2017bp。隨機(jī)挑選11個(gè)基因利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行了驗(yàn)證;谵D(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析淀粉和蔗糖代謝通路中關(guān)鍵調(diào)控基因表達(dá)差異,結(jié)果表明:隨機(jī)挑選的11個(gè)基因的表達(dá)差異變化與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)上下調(diào)趨勢(shì)一致,在淀粉與蔗糖代謝通路中相關(guān)基因的表達(dá)差異變化利于淀粉、蔗糖的積累。大針茅在羊啃食后淀粉與蔗糖含量的增加有利于結(jié)實(shí),對(duì)后代的傳播意義重大。
[Abstract]:A new generation of high-throughput sequencing method was used to sequence the Illumina platform of the experimental group and the ungnawed control leaf 2 hours after the fescue was gnawed by sheep. (reads), sequences), obtained 147561 read fragments (reads), was assembled into 64738 single genes. The average length of Unigenes is 1367.21bpN _ (50), which is 2017bp _ (50). Eleven genes were randomly selected to verify the transcriptional database by real-time fluorescent quantitative PCR. Based on transcriptional data, the differences of expression of key regulatory genes in starch and sucrose metabolic pathways were analyzed. The results showed that the differences in expression of 11 genes selected at random were consistent with the down-regulation trend in transcriptional data. The difference in the expression of related genes in the pathway of starch and sucrose metabolism is beneficial to the accumulation of starch and sucrose. The increase of starch and sucrose content in fescue after sheep gnawing is beneficial to seed bearing and is of great significance to the transmission of offspring.
【作者單位】: 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院草原研究所/農(nóng)業(yè)部草地生態(tài)與修復(fù)治理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;
【基金】:內(nèi)蒙古自然科學(xué)基金項(xiàng)目(2015MS0305) 中國(guó)科學(xué)院西部之光“人才培養(yǎng)”項(xiàng)目 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院草原研究所科技創(chuàng)新工程資助
【分類號(hào)】:S543.9
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本文編號(hào):2107399
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