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綿羊季節(jié)性繁殖相關(guān)基因TSHR外顯子多態(tài)性研究

發(fā)布時間:2018-07-03 14:46

  本文選題:綿羊 + 季節(jié)性繁殖; 參考:《畜牧獸醫(yī)學(xué)報》2016年07期


【摘要】:旨在研究烏珠穆沁羊與湖羊這兩種具有不同繁殖性能和發(fā)情周期綿羊的促甲狀腺激素受體(Thyroid stimulating hormone receptor,TSHR)基因外顯子區(qū)遺傳變異特性及其構(gòu)建的單倍型在品種間的分布和對mRNA和蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的影響,為進(jìn)一步揭示其對TSHR表達(dá)調(diào)控的影響及表型效應(yīng)奠定基礎(chǔ)。本研究采用直接測序的方法對中國蒙古系2個綿羊品種共172個個體TSHR基因的遺傳變異情況進(jìn)行分析。共發(fā)現(xiàn)了6個突變位點,獨立性卡方檢驗發(fā)現(xiàn)SNP1、SNP3、SNP4和SNP5 4個多態(tài)位點的基因型在兩個綿羊群體間的分布存在極顯著差異(P0.01),其中SNP5為錯義突變,其余為同義突變;對這4個位點進(jìn)行連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn),SNP3和SNP4兩個位點完全連鎖,其余位點兩兩之間存在不同程度連鎖關(guān)系;生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)不同的單倍型使TSHR基因的mRNA二級結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,SNP5使受體蛋白的二級結(jié)構(gòu)發(fā)生改變。結(jié)果提示:(1)TSHR基因外顯子區(qū)存在4個在兩個綿羊品種中具有潛在生物學(xué)功能和表型效應(yīng)的突變位點,可組成H1~H6共6種單倍型,其中H1(CGCC)和H4(TTTG)分別在烏珠穆沁羊和湖羊群體中為優(yōu)勢單倍型,這可能與這兩種綿羊不同的發(fā)情周期有關(guān)。(2)外顯子區(qū)SNP5位點突變影響mRNA和蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性,可能是具有潛在表型效應(yīng)的重要功能位點。
[Abstract]:The aim of this study was to study the genetic variation in the exon region of Thyroid stimulating hormone receptor (Thyroid stimulating hormone receptor) gene and the distribution of haplotypes constructed in sheep with different reproductive performance and estrous cycle. And effects on mRNA and protein secondary structures, It provides a basis for further revealing the effect of TSHR on its expression regulation and phenotypic effects. In this study, the genetic variation of TSHR gene in 172 individuals of 2 Chinese Mongolian sheep breeds was analyzed by direct sequencing. A total of 6 mutation loci were found, and the genotypes of SNP1SNP3SNP4 and SNP5 were significantly different between the two sheep populations (P0.01), among which SNP5 was missense mutation and the rest was synonymous mutation. The linkage disequilibrium analysis of these four loci revealed that SNP3 and SNP4 were completely linked, and there were some linkage relationships between the other two loci. Bioinformatics analysis showed that different haplotypes changed the mRNA secondary structure of TSHR gene and SNP5 changed the secondary structure of receptor protein. The results showed that: (1) there were 4 mutation sites in the exon of TSHR gene which had potential biological function and phenotypic effect in two sheep breeds, which could form 6 haplotypes. Among them, H1 (CGCC) and H4 (TTTG) were dominant haplotypes in Wuzhimuqin sheep and Hu sheep, respectively, which may be related to the different estrous cycle of these two sheep. (2) the mutation of SNP5 site in exon affected the stability of mRNA and protein secondary structure. It may be an important functional site with potential phenotypic effects.
【作者單位】: 甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科學(xué)技術(shù)學(xué)院;中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所;
【基金】:國家自然基金聯(lián)合基金重點項目(U1503285) “十二五”863項目(2011AA100307-02)
【分類號】:S826

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本文編號:2094007

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