本文選題：原發(fā)性帕金森病 + 靶基因篩選��； 參考：《山東醫(yī)藥》2017年24期

【摘要】：目的篩選原發(fā)性帕金森病(PD)診斷、治療的靶基因。方法在基因表達(dá)綜合(GEO)數(shù)據(jù)庫(kù)中以"帕金森(Parkinson)"作為關(guān)鍵詞,組織類(lèi)型限定為中腦黑質(zhì),數(shù)據(jù)類(lèi)型限定為基于基因芯片檢測(cè)的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù),篩選出1個(gè)符合條件的數(shù)據(jù)集(GSE7621),該芯片數(shù)據(jù)包含9個(gè)正常(中腦無(wú)病變)樣本(正常組)和16個(gè)原發(fā)性PD樣本(PD組)。利用R編程語(yǔ)言的相關(guān)工具包對(duì)原始芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理和差異表達(dá)基因的篩選。利用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行功能注釋,并且構(gòu)建差異表達(dá)基因的差異共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)及轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。將PC12細(xì)胞分為兩組,分別為對(duì)照組和觀察組,對(duì)照組常規(guī)培養(yǎng),觀察組給予50μmol/L 1-甲基-4-苯基吡啶離子(MPP)處理;處理24 h時(shí),采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qRT-PCR)法檢測(cè)差異表達(dá)基因的相對(duì)表達(dá)量。結(jié)果正常組及PD組存在396個(gè)差異表達(dá)基因,相對(duì)于正常組,PD組存在下調(diào)基因229個(gè)、上調(diào)基因167個(gè),主要富集功能為突觸活動(dòng)、多巴胺(DA)合成、神經(jīng)元活動(dòng)、突觸傳遞、神經(jīng)元投射、兒茶酚胺生物合成等。兩組表達(dá)差異性最大的前十位基因分別為Zcchc6、Socs7、Ythdc1、Taf5、Spata13、Slc5a3、Heca、Epc2、Ddx23、Cdk2ap2。調(diào)控差異表達(dá)基因較多的前十個(gè)轉(zhuǎn)錄因子(TF)分別為AHR、DAND5、PSG1、SP1、PAX5、ARNT、MIA3、AP-2gamma、CREB1、AP-2alpha A。qRT-PCR結(jié)果顯示,觀察組與對(duì)照組Zcchc6、Socs7、Spata13、Slc5a3、Epc2、Cdk2ap2 mRNA表達(dá)量比較,P0.05或0.01;兩組Ythdc1、Taf5、Heca、Ddx23 mRNA表達(dá)量比較P均0.05。結(jié)論 Zcchc6、Socs7、Spata13、Slc5a3、Epc2、Cdk2ap2基因可能與原發(fā)性PD的發(fā)生、發(fā)展相關(guān),可能作為其診斷及治療的靶基因。
[Abstract]:Objective to screen target genes for diagnosis and treatment of primary Parkinson's disease (PD). Methods in the gene expression synthesis (GEO) database, "Parkinson" was used as the key word, the tissue type was limited to the substantia nigra, and the data type was defined as the gene expression profile data based on gene chip detection. One eligible data set (GSE7621) was screened. The chip data contained 9 normal subjects (normal group) and 16 primary PD samples (PD group). The relative toolkits of R programming language are used to preprocess the original chip data and screen differentially expressed genes. Using DAVID database to annotate differentially expressed genes and construct differential coexpression networks and transcriptional regulatory networks of differentially expressed genes. PC12 cells were divided into two groups: control group and observation group. The control group was treated with 50 渭 mol / L 1-methyl-4-phenylpyridine ion (MPP) for 24 h. The relative expression of differentially expressed genes was detected by real-time fluorescent quantitative PCR (qRT-PCR). Results there were 396 differentially expressed genes in normal group and PD group. Compared with normal group, there were 229 down-regulated genes and 167 up-regulated genes in PD group. The main enrichment functions were synaptic activity, dopamine (DA) synthesis, neuronal activity and synaptic transmission. Neuronal projections, catecholamine biosynthesis and so on. The top ten genes of the two groups were Zcchc6G, Socs7 Ythdc1, Taf5, Spata13, Slc5a3, Heca, Epc2Ddx23, Cdk2ap2, respectively. The first ten transcriptional factors (TF) with more differentially expressed genes were AHR-DAND5, PSG1, PAX5, ARNTN, MIA3AP-2gamma-CREB1AP-2alpha A.qRT-PCR, respectively. The results of RT-PCR showed that the expression of Zcchc6Socs7Sa13patc5a3A3Epc2CDk2ap2 mRNA was significantly higher than that of control group (P0.05 or 0.01), and that of Ythdc1Taf5Heca5 / Ddx23 was higher than that of control group (P 0.05). Conclusion the Spata13Spata13Slc5a3A3 Epc2CDk2ap2 gene may be associated with the occurrence and development of primary PD, and may be used as a target gene for diagnosis and treatment.
【作者單位】： 天津市海河醫(yī)院;天津市環(huán)湖醫(yī)院;天津醫(yī)科大學(xué)總醫(yī)院;
【分類(lèi)號(hào)】：R742.5

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