巴西橡膠樹PEPRK基因家族成員的鑒定和表達分析
本文選題:巴西橡膠樹 + PEPRK; 參考:《熱帶作物學報》2017年01期
【摘要】:PEP羧化酶激酶相關(guān)激酶(PEP carboxylase kinase-related kinases,PEPRKs)是CDPK-Sn RK超家族的一員,目前對其生理功能尚不清楚。本研究以擬南芥和楊樹的PEPRK序列作為探針,對橡膠樹和其他5種植物(木薯、水稻、楊樹、蓖麻和擬南芥)的基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行全面搜索,共鑒定得到25個PEPRK基因家族成員,其中包括5個橡膠樹PEPRK基因,命名為Hb PEPRK1-5。序列分析發(fā)現(xiàn)橡膠樹PEPRK和其他植物類似,在序列中部含有一個相對比較保守的激酶結(jié)構(gòu)域,而兩端的同源性相對較低。在基因結(jié)構(gòu)和進化方面,PEPRK主要分為2個大的分支,相同分支的成員在結(jié)構(gòu)域和內(nèi)含子分布上更為相似,其中橡膠樹和木薯PEPRK在進化上具有較近的親緣關(guān)系。在基因的表達方面,Hb PEPRK1主要在穩(wěn)定期的葉片中表達,Hb PEPRK2和Hb PEPRK5在樹葉、樹皮和膠乳中均有表達,Hb PEPRK4主要在種子中表達;另外,研究發(fā)現(xiàn)橡膠樹PEPRK家族成員的表達還與葉片發(fā)育、乙烯利刺激、真菌侵染和低溫脅迫具有一定的相關(guān)性。
[Abstract]:PEP carboxylase kinase-related kinase associated kinases (PEPRKs) are members of the CDPK-Sn RK superfamily. In this study, genomic and transcriptional data of five other plants (cassava, rice, poplar, castor and Arabidopsis thaliana) were searched using PEPRK sequences of Arabidopsis thaliana and poplar as probes. A total of 25 members of PEPRK gene family were identified, including 5 PEPRK genes in Hevea, named HB PEPRK1-5. Sequence analysis showed that PEPRK was similar to other plants and contained a relatively conserved kinase domain in the middle of the sequence, with relatively low homology at both ends. PEPRK is divided into two branches in gene structure and evolution, and the members of the same branch are more similar in the distribution of domain and intron, among them, there is a close phylogenetic relationship between Hevea and cassava PEPRK. In gene expression, Hb PEPRK2 and HB PEPRK5 were mainly expressed in leaves, bark and latex, and HbPEPRK4 was mainly expressed in seeds. In addition, it was found that the expression of HbPEPRK2 and HB PEPRK5 was also related to leaf development. Ethephon stimulation, fungal infection and low temperature stress were correlated.
【作者單位】: 中國熱帶農(nóng)業(yè)科學院橡膠研究所;海南大學農(nóng)學院;
【基金】:國家自然科學基金項目(No.31400565)
【分類號】:S794.1
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本文編號:2088859
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