本文選題：豬鞭蟲 + 轉錄組�。� 參考：《畜牧獸醫(yī)學報》2016年09期

【摘要】：為了探明豬鞭蟲(Trichuris suis)雌、雄蟲的轉錄組差異,豐富T.suis轉錄組數(shù)據(jù)信息,利用Illumina Hiseq2000對臨床采集的T.suis雌、雄蟲進行高通量測序,將組裝得到的Unigenes在NR、GO、COG和KEGG數(shù)據(jù)庫中比對注釋,并進行差異表達基因分析。結果,T.suis雌、雄蟲分別獲得59 657 854條和48 414 184條高質(zhì)量測序數(shù)據(jù),分別組裝獲得21 026個和28 886個Unigenes。注釋到NR、GO、COG和KEGG數(shù)據(jù)庫的雌蟲Unigenes數(shù)量分別為11 700、2 287、1 650和9 690個,雄蟲Unigenes數(shù)量分別為12 902、2 414、1 791和10 377個,在NR數(shù)據(jù)庫比對顯示84.90%以上信息均來源于豬鞭蟲。T.suis雌、雄蟲共有4 320個差異表達基因。以雌蟲為對照,雄蟲中共有3 496個基因表達上調(diào),有824個基因表達下調(diào)。共有906個差異表達基因獲得160個KEGG通路富集,其中顯著富集通路7個。在T.suis轉錄組中發(fā)現(xiàn)了許多重要基因的表達,包括與T.suis繁殖相關的主要精子蛋白、組蛋白H2A/H2B及卵黃蛋白原,與T.suis致病性、免疫及炎癥調(diào)節(jié)相關的蛋白酶、絲氨酸蛋白酶抑制分子和半胱氨酸蛋白酶抑制分子,以及眾多未知功能的基因。本研究揭示了T.suis雌、雄蟲差異表達基因的數(shù)量,獲得了這些差異表達基因的功能、分類和代謝通路注釋,為豐富T.suis轉錄組信息,揭示鞭蟲與宿主互作特點及抗鞭蟲靶點藥物研發(fā)奠定基礎。
[Abstract]:In order to find out the transcriptional differences between male and female Trichuris suis, and to enrich the information of T. suis transcriptional data, we used Illumina Hiseq2000 to carry out high-throughput sequencing of T. suis females and males collected in clinic. The assembled Unigenes were compared and annotated in the NRGO-COG and KEGG databases. The differentially expressed genes were analyzed. Results 59,657,854 and 48,414 184 high-quality sequencing data were obtained from T. suis female and male respectively, and 21,026 and 28,886 Unigenes were obtained respectively. The numbers of female Unigenes and male Unigenes were 11 700 and 9 690, respectively. The numbers of male Unigenes were 12 902 2 414 1 791 and 10 377, respectively. The results of NR database showed that more than 84.90% of the information was from T. T. suis. A total of 4 320 differentially expressed genes were found in males. In female, 3 496 genes were up-regulated and 824 genes were down-regulated. A total of 906 differentially expressed genes were enriched by 160 KEGG pathways, of which 7 were significantly enriched. A number of important genes have been found in T.suis transcriptome, including the major sperm proteins associated with T. suis reproduction, histone H2A / H2B and vitellogen, proteases associated with T. suis pathogenicity, immune and inflammatory regulation. Serine protease suppressor molecules and cysteine protease suppressor molecules, as well as many unknown functional genes. This study revealed the number of differentially expressed genes in T. suis females and males, and obtained the functional, classification and metabolic pathway annotations of these differentially expressed genes in order to enrich the transcriptional information of T. suis. To reveal the characteristics of the interaction between Trichuris and its host and to lay a foundation for the research and development of anti-flagellate target drugs.
【作者單位】： 西南大學榮昌校區(qū)動物醫(yī)學系;西南大學動物科技學院;
【基金】：中央高�；究蒲袠I(yè)務費專項基金資助項目(XDJK2015C030) 重慶市社會事業(yè)與民生保障科技創(chuàng)新專項(CSTC2015SHMSZX80020)
【分類號】：S852.7

【參考文獻】

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【共引文獻】

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本文編號：2072539