本文選題：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 + 京海黃雞��； 參考：《中國(guó)畜牧獸醫(yī)》2017年02期

【摘要】：雞及許多物種的全基因組測(cè)序及相關(guān)基因圖譜都已宣告完成,但由于注釋方法的局限性,還存在許多遺漏的新基因及對(duì)現(xiàn)有基因的誤差注釋。RNA-Seq技術(shù)是基于第2代測(cè)序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法,該研究利用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)8只(高產(chǎn)組4只、低產(chǎn)組4只)300日齡體重一致、飼養(yǎng)條件相同、產(chǎn)蛋數(shù)存在差異的京海黃雞的卵巢組織所有RNA反轉(zhuǎn)錄而成的cDNA文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序,通過(guò)分析RNA-Seq獲得的京海黃雞卵巢組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),共發(fā)現(xiàn)4 431個(gè)新轉(zhuǎn)錄本,并將所有新轉(zhuǎn)錄本與GO、NR、Swiss-Prot、KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)和分析,發(fā)現(xiàn)了很多潛在的新基因并進(jìn)行功能注釋,為雞基因組的進(jìn)一步完善及功能基因的挖掘提供了數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。
[Abstract]:The complete genome sequencing and associated gene mapping of chickens and many species have been declared, but due to the limitations of the annotation method, There are many missing new genes and the error annotation of existing genes. RNA-Seq technique is a transcriptome research method based on the second generation sequencing technology. The cDNA library of ovarian tissue of Jinghai Huang chicken with the same body weight, same feeding conditions and different egg number was sequenced. The transcriptional data of ovarian tissue of Jinghai yellow chicken were analyzed by RNA-Seq. A total of 4,431 new transcripts were found, and all the new transcripts were compared and analyzed with the GONRN Swiss-ProtSwiss-ProtKEGG database. Many potential new genes were identified and annotated. It provides a data base for further improvement of chicken genome and mining of functional genes.
【作者單位】： 揚(yáng)州大學(xué)動(dòng)物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;江蘇省動(dòng)物遺傳繁育與分子設(shè)計(jì)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;江蘇京海集團(tuán);
【基金】：基金項(xiàng)目:國(guó)家肉雞產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系(nycytx-42-G1-05) 江蘇高校優(yōu)勢(shì)學(xué)科建設(shè)工程 江蘇省動(dòng)物遺傳繁育與分子設(shè)計(jì)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
【分類(lèi)號(hào)】：S831

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前1條

1 鄧泱泱;荔建琦;吳松鋒;朱云平;陳耀文;賀福初;;nr數(shù)據(jù)庫(kù)分析及其本地化[J];計(jì)算機(jī)工程;2006年05期

【共引文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 曹樺;李涵;苗振;付國(guó)寶;楊春梅;吳麗芳;趙培飛;單芹麗;阮繼偉;汪國(guó)鮮;王繼華;李紳崇;;鐵皮石斛葉色突變體初步研究[J];核農(nóng)學(xué)報(bào);2017年03期

2 馮亞杰;張子敬;辛?xí)粤?施巧婷;陳付英;滑溜帥;楚秋霞;婁志國(guó);王二耀;;不同季節(jié)夏南牛外周血新microRNA的挖掘[J];上海畜牧獸醫(yī)通訊;2016年06期

3 張素芳;張磊;趙佳麗;張莉;張含國(guó);;長(zhǎng)白落葉松小RNA測(cè)序和其靶基因預(yù)測(cè)[J];北京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào);2016年12期

4 楊侃侃;梁志懷;吳才君;;Analysis on differentially expressed genes in watermelon rind color based on RNA Seq[J];Journal of Central South University;2016年11期

5 熊鋼;康驪;周先文;馬曉;王曉清;張建國(guó);卿愛(ài)東;;中華鱉IGFBP1基因克隆及表達(dá)分析[J];生物技術(shù);2016年04期

6 穆彩琴;張瑞娟;屈聰玲;韓淵懷;王興春;楊致榮;;基于RNA-Seq技術(shù)的谷子新基因發(fā)掘及基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化[J];植物生理學(xué)報(bào);2016年07期

7 于淑惠;亓倩;孫濤;王雪慶;楊璞;馮穎;;白蠟蟲(chóng)雄蟲(chóng)真蛹轉(zhuǎn)錄組分析[J];林業(yè)科學(xué)研究;2016年03期

8 段煉;王文浩;李婷婷;王金玉;韓昆鵬;王永娟;;京海黃雞腹脂重性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析[J];中國(guó)畜牧獸醫(yī);2016年05期

9 苑克俊;程來(lái)亮;牛慶霖;王江勇;;蘋(píng)果果實(shí)可溶性固形物含量相關(guān)基因的全基因組篩選與分析[J];植物生理學(xué)報(bào);2016年05期

10 張彥威;李偉;張禮鳳;王彩潔;戴海英;徐冉;;基于重測(cè)序的大豆新品種齊黃34的全基因組變異挖掘[J];中國(guó)油料作物學(xué)報(bào);2016年02期

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 石夏榮;李群;何祖華;;受逆境誘導(dǎo)的水稻Rim2/Hipa假基因轉(zhuǎn)錄本選擇性加尾和剪接(英文)[J];植物生理與分子生物學(xué)學(xué)報(bào);2005年06期

2 聶傳朋;李焰焰;;花粉發(fā)育相關(guān)基因BcMF13不同轉(zhuǎn)錄本的克隆及分析[J];植物分類(lèi)與資源學(xué)報(bào);2011年03期

3 楊劍平;ABA和高滲壓劑導(dǎo)致的玉米MnSOD轉(zhuǎn)錄本差異積累[J];國(guó)外農(nóng)學(xué)-雜糧作物;1995年06期

4 馬廷臣;陳榮軍;余蓉蓉;曾漢來(lái);張端品;;在PEG模擬干旱下水稻根系幾個(gè)疑似PEG毒害響應(yīng)轉(zhuǎn)錄本研究[J];分子植物育種;2010年06期

5 吳智明;程蛟文;唐鑫;崔俊杰;胡開(kāi)林;;辣椒線(xiàn)粒體基因轉(zhuǎn)錄本編輯位點(diǎn)研究[J];核農(nóng)學(xué)報(bào);2012年01期

6 楊惠軍,王宗陽(yáng),張景六,蔡秀玲,洪孟民;水稻OsEBP-89基因部分轉(zhuǎn)錄本中第1內(nèi)含子的滯留[J];科學(xué)通報(bào);2001年22期

7 閆莉婕,孫彤,印莉萍;缺鐵水稻根轉(zhuǎn)錄本組及與膜泡運(yùn)輸相關(guān)基因的分析[J];生物信息學(xué);2004年01期

8 田曉軒;謝強(qiáng);卜文俊;;乳草長(zhǎng)蝽Ubx基因克隆及多轉(zhuǎn)錄本分析[J];昆蟲(chóng)學(xué)報(bào);2011年04期

9 秦雅婷;趙衍鑫;岳兵;肖海林;;CCACA堿基序列是玉米CMS-S線(xiàn)粒體orf355-orf77轉(zhuǎn)錄本剪切識(shí)別位點(diǎn)[J];中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào);2013年06期

10 ;[J];;年期

相關(guān)會(huì)議論文 前3條

1 袁媧;鄭英;霍然;陸麗;黃曉燕;尹嵐嵐;李建民;周作民;沙家豪;;NORPEG基因新的轉(zhuǎn)錄本的克隆與表達(dá)[A];21世紀(jì)男科學(xué)——中華醫(yī)學(xué)會(huì)第五次全國(guó)男科學(xué)學(xué)術(shù)會(huì)議論文集[C];2004年

2 徐靖博;任久生;柳思源;李付娟;高研;張嘉保;;牛黃體不同發(fā)育時(shí)期中LHR一種轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)差異研究[A];中國(guó)畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)動(dòng)物繁殖學(xué)分會(huì)第十六屆學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2012年

3 薛強(qiáng);劉光清;仇華吉;蔡雪輝;童光志;;豬繁殖與呼吸綜合征病毒(PRRSV)CH-1a株基因組全序列測(cè)定及感染性轉(zhuǎn)錄本的體外構(gòu)建[A];中國(guó)生物化學(xué)與分子生物學(xué)會(huì)第八屆會(huì)員代表大會(huì)暨全國(guó)學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要集[C];2001年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條

1 王西亮;肉蓯蓉主要藥用成分相關(guān)基因的挖掘及分子標(biāo)記的鑒定[D];中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所;2015年

2 黃玲;玉米C型胞質(zhì)敗育相關(guān)基因的表達(dá)分析[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2012年

3 趙宇慧;基于多組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的小鼠lincRNA的鑒定和功能分析[D];中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所;2015年

4 原春暉;植物自然反義轉(zhuǎn)錄本與競(jìng)爭(zhēng)性?xún)?nèi)源RNAs的挖掘和特征研究[D];浙江大學(xué);2015年

5 仝君;局灶節(jié)段腎小球硬化的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[D];上海交通大學(xué);2015年

6 葉菊秀;傳染性法氏囊病毒粒子感染及其A節(jié)段編碼基因轉(zhuǎn)化細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄本初步分析[D];浙江大學(xué);2006年

7 孫錦堂;骨橋蛋白不同轉(zhuǎn)錄本在乳腺癌發(fā)生中的作用及機(jī)制研究[D];山東大學(xué);2014年

8 孫濤;人DDAH1新轉(zhuǎn)錄本的發(fā)現(xiàn)及其表達(dá)調(diào)節(jié)研究[D];中南大學(xué);2013年

9 王滔;豬皮下與內(nèi)臟脂肪組織mRNA轉(zhuǎn)錄組鑒定和差異分析[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

10 丁冬;玉米苗期鹽脅迫響應(yīng)轉(zhuǎn)錄本表達(dá)譜構(gòu)建[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2008年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 張雙雙;馬鈴薯表達(dá)譜平臺(tái)的構(gòu)建與應(yīng)用[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

2 常建梅;Jak2基因兩個(gè)新的截短型轉(zhuǎn)錄本的鑒定[D];山西醫(yī)科大學(xué);2015年

3 晁天樂(lè);綿羊臂二頭肌轉(zhuǎn)錄組新轉(zhuǎn)錄本及新長(zhǎng)非編碼RNA的鑒別與驗(yàn)證[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

4 黃海燕;假盤(pán)菌誘導(dǎo)下紫花苜蓿不同株系的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與抗病相關(guān)基因差異表達(dá)研究[D];甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

5 汪生慶;基于RNA-seq的玉米CMS-C花藥可變剪接和新轉(zhuǎn)錄本的分析[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

6 侯郁果;山羊GSK-3β基因不同轉(zhuǎn)錄本的分離鑒定及表達(dá)模式研究[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

7 王新輝;基于高豐度轉(zhuǎn)錄本的細(xì)菌RT-qPCR檢測(cè)技術(shù)及其應(yīng)用[D];吉林大學(xué);2016年

8 李彩霞;秦川牛PDLIM7基因新轉(zhuǎn)錄本的鑒定與功能研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2016年

9 張煌凱;基于RNA-seq數(shù)據(jù)分析小鼠House-keeping基因在轉(zhuǎn)錄本水平的表達(dá)規(guī)律[D];中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所;2016年

10 邱蘭蘭;TKI治療時(shí)代成人Ph+急性淋巴細(xì)胞白血病的預(yù)后差異分析以及BCR-ABL不同轉(zhuǎn)錄本對(duì)預(yù)后分層的影響[D];中國(guó)人民解放軍醫(yī)學(xué)院;2016年

，

本文編號(hào)：2065165