本文選題：竹黃菌 + veA基因�。� 參考：《基因組學與應用生物學》2017年09期

【摘要】：為了研究ve A基因在竹黃菌中的調(diào)節(jié)機制,利用RT-PCR(reverse transcriptase-PCR)、RACE(rapid amplification of c DNA ends)及染色體步移技術(shù)克隆獲得了ve A基因的全長序列。序列分析顯示:該基因序列全長為1 780 bp,其開放閱讀框長度為1 104 bp,編碼367個氨基酸;其編碼的蛋白質(zhì)分子量為40.887 5 k D,理論等電點p I為8.95,含42個負電荷氨基酸和46個正電荷氨基酸,是一種弱酸性蛋白;序列同源性分析結(jié)果顯示:該基因編碼的蛋白序列與偃麥草核腔菌(Pyrenophora tritici-repentis)的ve A蛋白序列(XM_001933944.1)及異旋孢腔菌(Cochliobolus heterostrophus)的velvet-like protein(JF826791.1)的同源性最高,其identity分別為78%和79%;對該基因編碼的蛋白質(zhì)進行二級結(jié)構(gòu)預測,結(jié)果顯示:該蛋白α-螺旋(alpha helix)占11.72%,延伸鏈(extended strand)占24.52%,β-轉(zhuǎn)角(beta turn)占9.54%,無規(guī)卷曲(random coil)占54.22%;對其保守結(jié)構(gòu)域分析顯示,該蛋白含有一個Velvet superfamily結(jié)構(gòu)域;利用同源模建方法預測其三級結(jié)構(gòu),結(jié)果顯示該蛋白的三級結(jié)構(gòu)模型與隔孢腔菌目中其他物種的ve A異源二聚體的相似性為46%。
[Abstract]:In order to study the regulation mechanism of VE A gene in bamboo, the full-length sequence of the gene was obtained by RT-PCR (reverse transcriptase-PCR), RACE (rapid amplification of C DNA ends) and chromosome step technique. The sequence analysis showed that the length of the gene sequence was 1780, and the length of the open reading frame was 1104 and 367 encoded. The molecular weight of the protein is 40.8875 K D, the theoretical isoelectric point P I is 8.95, with 42 negative charge amino acids and 46 positive charge amino acids, which is a weak acid protein; sequence homology analysis results show that the gene sequence of the gene and the ve A protein sequence of Pyrenophora tritici-repentis (XM_0) is the sequence of VE A protein (XM_0). 1933944.1) and the homology of velvet-like protein (JF826791.1) of Cochliobolus HETEROSTROPHUS was the highest, and its identity was 78% and 79%, respectively. The protein encoded by this gene was predicted by the two grade structure. The results showed that the protein alpha helix (alpha helix) accounted for 11.72%, the elongation chain (extended strand) accounted for 24.52%, and beta angle (BET) A turn) accounted for 9.54%, and the random curl (random coil) accounted for 54.22%. Its conservative domain analysis showed that the protein contained a Velvet superfamily domain, and the homologous model building method was used to predict the three-stage structure. The results showed that the similarity between the three structure model of the protein and the VE A heterogenous two polymer in other species of the septum was 46%.
【作者單位】： 貴州省生物技術(shù)研究所;貴州省農(nóng)業(yè)生物技術(shù)重點實驗室;
【基金】：國家自然科學基金項目“竹黃菌侵染桂竹互作機制研究”(NSFC 31460199) 貴州省科技合作計劃項目“竹黃菌產(chǎn)竹紅菌素相關(guān)基因的功能驗證”黔科合LH字(2015)7064號共同資助
【分類號】：Q78;S567.39

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本文編號：2064738