本文選題：蕓薹屬 + AC基因組��； 參考：《中國(guó)油料作物學(xué)報(bào)》2017年03期

【摘要】：為研究蕓薹屬AC基因組重金屬轉(zhuǎn)運(yùn)ATP酶(HMA,heavy metal transporting ATPase)參與的金屬轉(zhuǎn)運(yùn)機(jī)制,利用白菜、甘藍(lán)和甘藍(lán)型油菜全基因組數(shù)據(jù)對(duì)HMA基因進(jìn)行全基因組水平鑒定,并分析其在蕓薹屬AC基因組中的進(jìn)化。結(jié)果顯示,在蕓薹屬AC基因組中共鑒定到50個(gè)HMA基因,其中白菜14個(gè)、甘藍(lán)13個(gè)、甘藍(lán)型油菜23個(gè)(A亞基因組11個(gè),C亞基因組12個(gè)),并且HMA基因在三個(gè)物種中均存在不均勻加倍的現(xiàn)象。這50個(gè)基因分屬于P_1B-1、P_1B-2、P_1B-4三個(gè)亞族,在蛋白保守序列分布、蛋白理化性質(zhì)、基因結(jié)構(gòu)和啟動(dòng)區(qū)順式作用元件等方面不同亞族之間各有差異,但同一亞族的基因在組織表達(dá)特異性方面也存在較大的差異。還發(fā)現(xiàn)Bra003110、Bol030251、BnaA10g06240D、BnaC09g28870D,BnaC09g11230D、BnaC04g20290D、BnaA09g10950D和Bra027641幾個(gè)與At HMA5同源的基因,在多個(gè)方面較At HMA5發(fā)生了較大的變異,可能會(huì)導(dǎo)致這些基因在蕓薹屬作物中延伸出不同于At HMA5的功能。在蕓薹屬AC基因組HMA基因中發(fā)現(xiàn)的GICCSME和GICCPSE新變異類型,不同于擬南芥中的GICC(T/S)SE功能位點(diǎn),也可能導(dǎo)致相應(yīng)的基因出現(xiàn)新的功能變異。本研究為從蕓薹屬AC基因組中選擇特異性金屬離子轉(zhuǎn)運(yùn)的HMA基因提供生物信息學(xué)參考,對(duì)進(jìn)一步解析蕓薹屬植物中HMA基因參與的金屬離子轉(zhuǎn)運(yùn)機(jī)制具有重要的指導(dǎo)意義。
[Abstract]:In order to study the mechanism of heavy metal transport in Brassica (Brassica) AC genome, the whole genome data of Brassica chinensis, Brassica napus and Brassica napus were used to identify the whole genome level of HMA gene. Its evolution in the AC genome of Brassica was analyzed. The results showed that 50 HMA genes were identified in the AC genome of Brassica, including 14 in Chinese cabbage and 13 in cabbage. In Brassica napus (Brassica napus L.), there were 23 subgenomes, 11 subgenomes and 12 subgenomes of C, and the HMA gene was inhomogeneously doubled in three species. The 50 genes belong to the three subfamilies of PStub 1B-1 / P1B-2T / P1B-4, and there are differences in the distribution of protein conserved sequences, the physicochemical properties of proteins, the gene structure and the cis-acting elements in the promoter region, etc. However, there were significant differences in tissue expression specificity among genes of the same subgroup. Bra00311010 BnaA10g06240DnaC09g28870D BnaC09g11230DnBnaC04g20290DnaA09g10950D and Bra027641 homologous genes to at HMA5 were found to be more mutated than at HMA5 in many ways, which may lead to the extension of these genes in bolting crops with different functions than at HMA5. The new variation types of GICCSME and GICCPSE found in the HMA gene of Brassica Genome are different from the GICC- T / S-1 SE functional loci in Arabidopsis, and may lead to new functional variation of the corresponding genes. This study provides a bioinformatics reference for the selection of specific metal ion transport HMA genes from the AC genome of Brassica, and provides important guidance for further analysis of the metal ion transport mechanism in Brassica plants involved by HMA genes.
【作者單位】： 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院油料作物研究所/農(nóng)業(yè)部油料作物生物學(xué)與遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(31470088)
【分類號(hào)】：Q943.2

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本文編號(hào)：2022105