本文選題：豬 + GLP2R�。� 參考：《湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)》2016年碩士論文

【摘要】：本研究克隆了豬GLP2R基因和MY06基因的cDNA并且分析其序列及其蛋白的生物學(xué)信息；以5個(gè)地方豬種和1個(gè)外來(lái)豬種為實(shí)驗(yàn)材料,研究了豬GLP2R基因和MY06基因的單核苷酸多態(tài)性,采用PCR-RFLP方法對(duì)該基因的遺傳多態(tài)性進(jìn)行了分析,并分別對(duì)這兩個(gè)基因的SNP位點(diǎn)與豬達(dá)100 kg日齡以及校正背膘厚兩個(gè)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果如下：采用RACE技術(shù)成功克隆獲得豬GLP2R基因的1,868 bp的cDNA序列,其中203bp的3'-UTR,1,665 bp的ORF,編碼554個(gè)氨基酸,將該序列提交GenBank,序列收錄號(hào)KF636493。豬GLP2R基因與其它物種構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)表明,豬與虎鯨、家綿羊親緣關(guān)系相對(duì)最近,與西部錦龜及游隼、斑胸草雀的親緣關(guān)系相對(duì)最遠(yuǎn)。對(duì)豬GLP2R蛋白為水溶性蛋白質(zhì),有23個(gè)潛在蛋白激酶磷酸化位點(diǎn)和7個(gè)跨膜結(jié)構(gòu),其二級(jí)結(jié)構(gòu)以無(wú)規(guī)則卷曲和a-螺旋為主,三級(jí)結(jié)構(gòu)構(gòu)成彎曲狀螺旋結(jié)構(gòu)。利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)檢測(cè)與分析不同豬種、不同組織中GLP2R mRNA的表達(dá)水平,結(jié)果表明,同一組織GLP2R基因在25日齡的大白豬和沙子嶺豬的有不同程度的表達(dá),且在背最長(zhǎng)肌中高豐度表達(dá),腎臟中幾乎不表達(dá)。對(duì)于同一品種,背最長(zhǎng)肌都與其他組織差異顯著(P0.05),胰臟、腿肌、背肌在不同品種中差異顯著(P0.05)。通過(guò)PCR-RFLP分析在745 bp擴(kuò)增目的片段上244 bp處發(fā)現(xiàn)一個(gè)A/G突變位點(diǎn),氨基酸由H突變?yōu)镽,從多態(tài)信息含量上,大白豬、大圍子豬和黔邵花豬都在該位點(diǎn)具有遺傳多態(tài)性,并且具有較高的遺傳變異。AA、AG和GG三種基因型在達(dá)100kg校正日齡和校正背膘厚差異均不顯著(P0.05)。克隆得到豬MY06基因cDNA全長(zhǎng)為4,186bp,包括ORF大小為3,765bp,編碼1,254個(gè)氨基酸,5'-UTR 102 bp和3'-UTR 319 bp編碼1,255個(gè)氨基酸。同源性分析發(fā)現(xiàn),豬的MY06推測(cè)氨基酸序列與藏羚羊、家犬與豬氨基酸相似性最高,為97.13%；而斑馬宮麗魚(yú)與豬的氨基酸相似性最低,為80.46%。豬MY06基因與其它物種構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)表明,豬與家牛、藏羚羊親緣關(guān)系相對(duì)最近,與斑馬宮麗魚(yú)、瑪麗魚(yú)的親緣關(guān)系相對(duì)最遠(yuǎn)。對(duì)豬MY06基因的生物信息學(xué)分析表明,MY06基因編碼蛋白為水溶性蛋白質(zhì),含有47個(gè)潛在磷酸化位點(diǎn),無(wú)跨膜結(jié)構(gòu),其二級(jí)結(jié)構(gòu)以a-螺旋為主。通過(guò)PCR-RFLP分析在866 bp擴(kuò)增目的片段上709 bp處發(fā)現(xiàn)一個(gè)A/G突變位點(diǎn),導(dǎo)致氨基酸由K突變?yōu)镽,從多態(tài)信息含量上看,大白豬、大圍子豬、沙子嶺豬和黔邵花豬具有遺傳多態(tài)性,并且具有較高的遺傳變異。AA、AG和GG三種基因型在達(dá)100kg校正日齡和校正背膘厚差異均不顯著(P0.05)。本論文為進(jìn)一步研究豬GLP2R和MY06基因的功能提供理論依據(jù),為揭示豬GLP2R和MY06基因的分子遺傳機(jī)制奠定基礎(chǔ),并為地方品種的保護(hù)提供有益的資料。
[Abstract]:In this study, the cDNA of porcine GLP2R gene and MY06 gene were cloned and the biological information of their sequences and proteins were analyzed, and the single nucleotide polymorphisms of porcine GLP2R gene and MY06 gene were studied with five local pig breeds and one foreign pig strain as experimental materials. The genetic polymorphism of the gene was analyzed by PCR-RFLP, and the SNP loci of the two genes were correlated with 100 kg days of pig age and corrected backfat thickness. The results were as follows: the 1868 BP cDNA sequence of porcine GLP2R gene was cloned successfully by race technique. The sequence encoding 554 amino acids was encoded by 203bp. The sequence was identified as KF636493. Phylogenetic tree constructed by porcine GLP2R gene and other species showed that the phylogenetic relationship between pig and orcas and domestic sheep was relatively close, and the phylogenetic relationship with western tortoise, peregrine falcon and sparrow was the furthest. The porcine GLP2R protein is a water-soluble protein with 23 potential protein kinase phosphorylation sites and 7 transmembrane structures. The secondary structure of GLP2R protein is mainly irregular crimp and a-helix. The expression of GLP2R mRNA in different pig breeds and tissues was detected and analyzed by real-time fluorescence quantitative PCR. The results showed that GLP2R gene was expressed in different degree in 25 day old white pig and Shailing pig. High abundance was expressed in the longissimus dorsi muscle and almost no expression in the kidney. For the same variety, the longissimus dorsi muscle was significantly different from other tissues (P0.05A), and the pancreas, leg muscle and dorsalis muscle were significantly different in different varieties. By PCR-RFLP analysis, an A- / G mutation site was found at 244 BP on the target fragment of 745 BP amplification, with amino acid mutation from H to R.The polymorphic information content in the polymorphic information showed that large white pig, big Weizi pig and Guizhou Shaohua pig all had genetic polymorphisms in this locus. There was no significant difference in the age of 100kg correction and the backfat thickness between the three genotypes, I. e. AA-AG and GG, with high genetic variation (P0.05). The full-length cDNA of porcine MY06 gene was 4186 BP, including ORF of 3765 BP, encoding 1254 amino acids (102bp) and 3H-UTR319bp (1255 amino acids). Homology analysis showed that the deduced amino acid sequence of swine was the highest with Tibetan antelope, the amino acid similarity between domestic dog and pig was 97.13, while the amino acid similarity between zebra gongyfish and pig was the lowest (80.46). Phylogenetic tree constructed by porcine MY06 gene and other species showed that the phylogenetic relationship between pig and domestic cattle and Tibetan antelope was relatively close, and the phylogenetic relationship with zebra gongyfish and Mary fish was the furthest. Bioinformatics analysis of porcine MY06 gene showed that the protein encoded by MY06 gene was water-soluble protein with 47 potential phosphorylation sites and no transmembrane structure. Its secondary structure was mainly a-helix. By PCR-RFLP analysis, an A / G mutation site was found at 709 BP on the target fragment of 866 BP amplification, which led to the mutation of amino acid from K to R. From the polymorphic information content, there were genetic polymorphisms in large white pig, big Weizi pig, Shailing pig and Guizhou Shaohua pig. There was no significant difference in the age of 100kg correction and the backfat thickness between the three genotypes, I. e. AA-AG and GG, with high genetic variation (P0.05). This paper provides a theoretical basis for further study on the function of porcine GLP2R and MY06 genes, lays a foundation for revealing the molecular genetic mechanism of porcine GLP2R and MY06 genes, and provides useful data for the protection of local breeds.
【學(xué)位授予單位】：湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S828

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本文編號(hào)：2011901