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基于2b-RAD技術(shù)的家蠶BmNPV抗性關(guān)聯(lián)基因的全基因組篩查

發(fā)布時(shí)間:2018-06-08 10:49

  本文選題:家蠶 + 家蠶核型多角體病毒 ; 參考:《蠶業(yè)科學(xué)》2017年06期


【摘要】:不同家蠶品種對家蠶核型多角體病毒(Bm NPV)的抵抗性存在較大差異,家蠶抗性品系A(chǔ)N、野BN對Bm NPV侵染具有較強(qiáng)的抵抗性。用易感家蠶品系C108分別與AN和野BN雜交、回交,構(gòu)建兩個(gè)抗性品系的BC3M和BC4M分離群體,利用簡化基因組測序技術(shù)2b-RAD(基于IIB型限制性內(nèi)切酶的RAD)進(jìn)行親本和雜交分離群體的基因組測序,通過生物信息學(xué)方法篩選位于染色體上與抗性相關(guān)的多態(tài)性SNP標(biāo)記,進(jìn)行抗性品種的基因型分析。對3個(gè)親本及2個(gè)抗性分離群體樣本基因組DNA構(gòu)建的2b-RAD標(biāo)簽文庫進(jìn)行Illumina測序,獲得抗性親本AN、野BN的多態(tài)性SNP標(biāo)記11 919個(gè)和12 293個(gè)。對抗性分離群體全基因組染色體的Bm NPV抗性關(guān)聯(lián)SNP標(biāo)記指數(shù)(SNP-index)進(jìn)行分析,結(jié)果表明親本品系A(chǔ)N、野BN的Bm NPV抗性相關(guān)SNP標(biāo)記分布在多個(gè)染色體上,其中AN的全基因組中抗性貢獻(xiàn)率前5位是第5、10、27、23和4號染色體,野BN的全基因組中抗性貢獻(xiàn)率前5位的是第4、27、15、18和6號染色體,有多個(gè)SNP-index高值位點(diǎn)與已知Bm NPV抗性相關(guān)基因的位置具有較高的一致性。推測AN、野BN兩個(gè)品系的Bm NPV高抗性與抗性主基因和其他抗性基因的聯(lián)合作用有關(guān)。
[Abstract]:The resistance of different silkworm varieties to Bombyx mori nuclear polyhedrosis virus (Bombyx mori Bm NPV) was different, and ANM NPV strain and wild BN strain had strong resistance to Bm NPV infection. The isolates of BC3M and BC4M were constructed by crossing susceptible silkworm strain C108 with an and wild BN, respectively. The simplified genomic sequencing technique 2b-RAD (based on IIB restriction endonuclease) was used to sequence the genomes of parents and hybrids, and the polymorphic SNP markers associated with resistance on chromosomes were screened by bioinformatics. Genotypic analysis of resistant varieties was carried out. The 2b-RAD tag library constructed from genomic DNA of three parents and two resistant segregated populations was sequenced by Illumina, and 11 919 and 12 293 polymorphic SNP markers of wild BN were obtained. The analysis of BmNPV resistance associated SNP marker index (SNP-index) showed that Bm NPV resistance-related SNP markers were distributed on multiple chromosomes. In the whole genome of an, the highest contribution rate of resistance was chromosome 5 (chromosome 5), and the contribution rate of resistance in the whole genome of wild BN was chromosome 427 (1518) and chromosome 6 (6). Multiple SNP-index high value loci were consistent with known Bm-NPV resistance related genes. It was inferred that the high resistance of Bm NPV in ANBN and wild BN strains was related to the combination of resistant major genes and other resistant genes.
【作者單位】: 江蘇科技大學(xué)生物技術(shù)學(xué)院;中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院蠶業(yè)研究所農(nóng)業(yè)部蠶桑遺傳改良重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】:現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項(xiàng)(No.CARS-18)
【分類號】:S881.2

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本文編號:1995541

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