本文選題：肺腺癌 + TCGA��； 參考：《南京醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版)》2016年06期

【摘要】：目的 :通過對(duì)TCGA(The Cancer Genome Atlas)數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)挖掘,掃描全基因組范圍內(nèi)的肺腺癌預(yù)后相關(guān)的甲基化位點(diǎn)。方法:采用2016年4月從TCGA網(wǎng)站下載的肺腺癌預(yù)后數(shù)據(jù)及基于Illumina Methylation 450芯片的全基因組甲基化數(shù)據(jù),經(jīng)過數(shù)據(jù)連接,納入同時(shí)有臨床預(yù)后信息和甲基化數(shù)據(jù)的肺腺癌患者232例。采用Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型分析各位點(diǎn)甲基化水平對(duì)肺腺癌總生存率的影響,并評(píng)估其與對(duì)應(yīng)基因m RNA表達(dá)的相關(guān)性,進(jìn)一步評(píng)估m(xù) RNA表達(dá)對(duì)肺腺癌預(yù)后的影響。結(jié)果:納入的232例肺腺癌患者的平均年齡為(64.823±9.300)歲,平均生存時(shí)間為(20.217±17.067)個(gè)月。本研究發(fā)現(xiàn)肺腺癌預(yù)后相關(guān)最顯著的甲基化位點(diǎn)為位于基因EHBP1區(qū)域的cg03955927(P=1.98×10-7),對(duì)應(yīng)的HR值及95%可信區(qū)間為0.605(0.501~0.731)。篩選的肺腺癌預(yù)后關(guān)聯(lián)性最強(qiáng)的前20個(gè)甲基化位點(diǎn)中,17個(gè)位點(diǎn)的高甲基化水平為肺腺癌預(yù)后的保護(hù)因素,其他3個(gè)為危險(xiǎn)因素。5個(gè)甲基化位點(diǎn)的甲基化水平與對(duì)應(yīng)基因的m RNA表達(dá)相關(guān),其中cg12013757對(duì)應(yīng)的KRI1基因的m RNA表達(dá)與肺腺癌的預(yù)后有關(guān)(HR:1.316,95%CI:1.109~1.561,P=0.001 6)。結(jié)論 :本研究通過對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫的挖掘,初步發(fā)現(xiàn)KRI1基因的甲基化位點(diǎn)的甲基化水平對(duì)肺腺癌的預(yù)后有影響,可以作為為肺癌預(yù)后的生物標(biāo)志物進(jìn)一步研究。
[Abstract]:Aim: to scan the genome-wide prognostic methylation sites of lung adenocarcinoma by mining data from TCGA(The Cancer Genome Atlas) database. Methods: the prognosis data of lung adenocarcinoma and the whole genome methylation data based on Illumina Methylation 450 chip were downloaded from TCGA website in April 2016. The data were connected to the data and included in 232 patients with lung adenocarcinoma with clinical prognosis information and methylation data. Cox proportional risk model was used to analyze the effect of point methylation level on the overall survival rate of lung adenocarcinoma, and to evaluate the correlation between the expression of m RNA and the expression of corresponding gene m RNA, and to further evaluate the influence of m RNA expression on the prognosis of lung adenocarcinoma. Results: the mean age of 232 patients with lung adenocarcinoma was 64.823 鹵9.300 years old and the mean survival time was 20.217 鹵17.067 months. In this study, we found that the most significant methylation site associated with prognosis of lung adenocarcinoma was cg03955927(P=1.98 脳 10-7 located in the region of gene EHBP1, and the corresponding HR value and 95% confidence interval were 0.605 / 0.501 / 0.731g. The hypermethylation level of 17 of the top 20 methylation sites in the selected lung adenocarcinoma was the protective factor for the prognosis of lung adenocarcinoma. The other three were risk factors. The methylation level of 5 methylation sites was correlated with the expression of m RNA of the corresponding gene. The m RNA expression of KRI1 gene corresponding to cg12013757 was related to the prognosis of lung adenocarcinoma. Conclusion: the methylation level of the methylation site of KRI1 gene has an effect on the prognosis of lung adenocarcinoma, and it can be used as a biomarker for the prognosis of lung cancer.
【作者單位】： 華中科技大學(xué)同濟(jì)醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生學(xué)院流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)系;
【基金】：國家自然科學(xué)基金(81172754)
【分類號(hào)】：R734.2

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1966106