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林麝生長激素基因的克隆與生物信息學(xué)分析

發(fā)布時(shí)間:2018-05-29 20:29

  本文選題:林麝 + GH基因; 參考:《西北林學(xué)院學(xué)報(bào)》2016年06期


【摘要】:了解林麝生長激素(GH)基因序列結(jié)構(gòu)特點(diǎn),為進(jìn)一步研究GH基因的結(jié)構(gòu)功能遺傳變異規(guī)律及其與生長性能的關(guān)系提供科學(xué)依據(jù)。根據(jù)GenBank上已公布的綿羊全基因組GH基因序列設(shè)計(jì)合成4對(duì)特異性引物,以林麝基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,將所獲得的序列拼接,獲得林麝GH基因CDS區(qū)序列,采用ExPASy等分子生物學(xué)工具對(duì)林麝GH蛋白的理化性質(zhì)、二級(jí)結(jié)構(gòu)、蛋白功能等進(jìn)行預(yù)測。結(jié)果表明,林麝GH基因CDS區(qū)全長657bp(GenBank登錄序列號(hào)為KU296865),編碼218個(gè)氨基酸。α-螺旋結(jié)構(gòu)和卷曲結(jié)構(gòu)構(gòu)成了林麝GH蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)的骨架,為跨膜蛋白,同時(shí)第1~26位氨基酸為信號(hào)肽,第27~218位氨基酸殘基為生長激素結(jié)構(gòu)域。進(jìn)化分析結(jié)果表明,林麝與羊的關(guān)系最為接近,在分子水平上符合物種進(jìn)化理論。本研究成功克隆了林麝GH基因CDS區(qū)序列,其序列保守性強(qiáng),為下一步林麝GH基因的表達(dá)調(diào)控、進(jìn)化和多態(tài)性分析奠定了基礎(chǔ)。
[Abstract]:To understand the sequence structure of growth hormone (GH) gene of musk deer, and to provide scientific basis for further study on the genetic variation of GH gene structure and function and its relationship with growth performance. According to the published GH gene sequence of sheep genome on GenBank, four pairs of specific primers were designed and synthesized. The genomic DNA of forest musk deer was used as template for PCR amplification. The obtained sequence was spliced together to obtain the sequence of CDS region of forest musk deer GH gene. The physicochemical properties, secondary structure and protein function of GH protein in forest musk deer were predicted by molecular biological tools such as ExPASy. The results showed that the full-length 657bp(GenBank accession number of the CDS region of the GH gene of the forest musk deer was KU296865, encoding 218 amino acids. 偽 -helix structure and curl structure formed the framework of the secondary structure of GH protein of musk deer, which was transmembrane protein, and the first 26 amino acid was a signal peptide. The amino acid residues at position 27 ~ (218) are the growth hormone domain. The results of evolutionary analysis show that the relationship between forest musk deer and sheep is the most close, and it accords with the theory of species evolution at the molecular level. In this study, the CDS sequence of the GH gene was cloned successfully, and the sequence was highly conserved, which laid a foundation for the regulation, evolution and polymorphism analysis of GH gene in the next step.
【作者單位】: 四川養(yǎng)麝研究所繁育研究室;重慶市藥物種植研究所藥用動(dòng)物研究室;
【基金】:國家自然科學(xué)基金(81503188) 重慶市衛(wèi)計(jì)委中醫(yī)藥科技項(xiàng)目(ZY20150225) 四川省基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)項(xiàng)目(2016YSKY0068)
【分類號(hào)】:S865.41

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本文編號(hào):1952287

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