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二穗短柄草鈣依賴型蛋白激酶BdCDPK4基因的克隆及其編碼蛋白質(zhì)的生物信息學(xué)分析

發(fā)布時間:2018-05-29 14:25

  本文選題:CDPKs + BdCDPK。 參考:《浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報》2017年02期


【摘要】:二穗短柄草(Brachypodium distachyon L.)因與小麥、大麥等有很高的同源性,作為新型禾本科模式生物吸引了越來越多的研究者。試驗采用基因克隆技術(shù)分離了二穗短柄草Bd CDPK4基因的編碼區(qū)序列,并采用生物信息學(xué)方法分析了該基因及其編碼的蛋白質(zhì)的序列特征、結(jié)構(gòu)和功能。結(jié)果表明,分離了BdCDPK4基因1 851 bp的cDNA序列(Gen Bank登錄號為XM_003559516),編碼區(qū)長度為1 752 bp,編碼583個氨基酸,分子量為64.78 ku,等電點為9.12,含有N端可變區(qū)、蛋白激酶區(qū)、自抑制區(qū)、EF手型結(jié)構(gòu)、類似鈣調(diào)素等結(jié)構(gòu)域。亞細(xì)胞定位預(yù)測位于葉綠體和液泡上。進(jìn)化樹分析結(jié)果顯示,該蛋白與小麥Ta CDPK19蛋白的同源性最近。根據(jù)各物種間CDPKs蛋白的高同源性,結(jié)合小麥TaCDPK19基因被高鹽和小麥白粉病菌Blumeria graministritici(Bgt)誘導(dǎo),推測Bd CDPK4基因也可能參與逆境脅迫下的信號傳導(dǎo)途徑,在抗逆等生物學(xué)過程中發(fā)揮重要功能。
[Abstract]:Two Brachypodium distachyon L., which has high homology with wheat and barley, has attracted more and more researchers as a new type of gramineous model organisms. The sequence of the encoding region of the Bd CDPK4 gene of two spikes of short stalks was isolated by gene cloning technique, and the bioinformatics method was used to analyze the gene and its coding. The sequence characteristics, structure and function of the code protein showed that the cDNA sequence of the BdCDPK4 gene 1851 BP (Gen Bank login number was XM_003559516), the length of the coding region was 1752 BP, the encoding 583 amino acids, the molecular weight of 64.78 Ku, and the isoelectric point 9.12, containing the N terminal variable region, the protein kinase area, the self inhibition zone, the EF hand type structure, similar calcium. The subcellular localization prediction was located in the chloroplast and the vacuole. The evolutionary tree analysis showed that the protein was closest to the wheat Ta CDPK19 protein. According to the high homology of the CDPKs protein among the species, the TaCDPK19 gene of wheat was induced by high salt and Blumeria graministritici (Bgt) of wheat powdery mildew, and Bd CDPK4 was conjectured. Genes may also participate in signal transduction pathways under stress, and play important roles in biological processes such as stress resistance.
【作者單位】: 武漢職業(yè)技術(shù)學(xué)院生物工程學(xué)院應(yīng)用生物技術(shù)研究所;科技部國際科技合作基地(基因工程)分子生物物理學(xué)教育部重點實驗室華中科技大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;
【基金】:高校博士點專項科研基金(20120142110075) 湖北省教育廳自然科學(xué)研究計劃項目(B2016581) 河南省教育廳自然科學(xué)研究計劃項目(2009B210005) 武漢職業(yè)技術(shù)學(xué)院校級博士科研基金(2016BS001)
【分類號】:Q943.2

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本文編號:1951203

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