本文選題：玄參 + 轉(zhuǎn)錄組�。� 參考：《中國中藥雜志》2017年13期

【摘要】：該研究應(yīng)用新一代測序技術(shù)Illumina HiSeq~(TM)4000在轉(zhuǎn)錄水平上對藥用植物玄參根部進(jìn)行測序,結(jié)合生物信息學(xué)方法開展基因功能注釋和SSR位點搜索。通過測序,共獲得65 602 036條原始序列。利用生物信息學(xué)軟件拼接和組裝序列,獲得73 983條unigene,平均長度823 bp。序列同源性比較表明,56 389條unigene與其他物種具有不同程度的同源性。通過Swiss-Prot,GO,KEGG,COG比對注釋,發(fā)現(xiàn)520條編碼玄參次生代謝途徑關(guān)鍵酶基因和191個相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子。利用MISA軟件在所有unigenes中共搜索到11 659個SSR位點,重復(fù)類型以二核苷酸為主。該研究所獲得的參與次生代謝的關(guān)鍵基因可為研究玄參藥用成分的生物合成和調(diào)控機(jī)制奠定基礎(chǔ),獲得的大量SSR位點為后續(xù)研究玄參種質(zhì)鑒定及遺傳多樣性研究提供參考。
[Abstract]:In this study, a new generation of sequencing technique, Illumina HiSeq~(TM)4000, was used to sequence the roots of medicinal plant, Illumina HiSeq~(TM)4000 at the transcriptional level, and to carry out gene functional annotation and SSR site search combined with bioinformatics. A total of 65,602,036 original sequences were obtained by sequencing. Using bioinformatics software to assemble and assemble the sequence, 73,983 Unigenees were obtained, with an average length of 823 BP. Sequence homology comparison showed that 56,389 unigene had different homology with other species. Based on the Swiss-ProtGG COG comparison, 520 key enzyme genes and 191 related transcription factors were found to encode the secondary metabolic pathway of Swiss-Protr. A total of 11 659 SSR loci were found in all unigenes by MISA software. The key genes involved in secondary metabolism obtained in this study can lay a foundation for the study of the biosynthesis and regulation mechanism of medicinal components of Radix basalariae, and a large number of SSR sites obtained can provide a reference for the further study on the germplasm identification and genetic diversity of Radix basalariae.
【作者單位】： 重慶市中藥研究院;中國中醫(yī)科學(xué)院中藥資源中心重慶分中心;重慶市中藥良種選育與評價工程技術(shù)研究中心;
【基金】：重慶市“科技平臺與基地建設(shè)”項目(cstc2014ptyjd10001) 中央本級重大增減支項目(2060302) 重慶市基本科研業(yè)務(wù)計劃項目(2015cstc-jbky-01903) 重慶市基礎(chǔ)與前沿研究計劃項目(cstc2013jcyA10126)
【分類號】：S567.53

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前2條

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【共引文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

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【二級參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前4條

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本文編號：1849314