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干濕交替誘導水稻根表鐵膜形成的基因表達譜分析

發(fā)布時間:2018-05-02 23:38

  本文選題:水稻 + 干濕交替。 參考:《中國水稻科學》2017年02期


【摘要】:【目的】干濕交替(AWD)是水稻種植過程中最重要的管理方式,能夠提高水稻根系活力、增強抗逆性。研究發(fā)現,AWD能明顯促進水稻根表鐵膜的形成。然而,AWD誘導水稻根表鐵膜形成的基因表達譜尚未見報道!痉椒ā坎捎蒙芭嘣囼,研究了長期淹水(CK)、干濕交替(AWD)、長期淹水加Fe2+(CK+Fe)和干濕交替加Fe2+(AWD+Fe)四個處理下水稻根系基因的差異表達譜!窘Y果】AWD處理與CK處理相比,水稻根系有506個差異表達基因(DEG)上調表達,有687個DEG下調表達;AWD+Fe處理與CK+Fe處理相比,有308個DEG上調表達和179個DEG下調表達;CK+Fe處理與CK處理相比,有728個DEG上調表達和1175個DEG下調表達;AWD+Fe處理與AWD處理相比,有1252個DEG上調表達和1189個DEG下調表達。維恩圖分析發(fā)現,共計有3822個DEG參與了AWD誘導水稻根表鐵膜形成過程。基因功能(GO)分析表明,在生物過程中共有270個DEG參與了氧化還原反應過程,分子功能中共有165個DEG與氧化還原酶功能有關。生物通路富集分析(KEGG)結果表明,細胞器類、信號刺激類、光合作用類、生物合成類和代謝類等生物通路參與了AWD誘導水稻根表鐵膜的形成過程。AWD和根表鐵膜形成過程發(fā)現有38個共享DEG,這些基因的蛋白注釋與水稻抗病性、抗旱性、細胞壁和細胞膜、氧化還原、蛋白激酶和轉運、新陳代謝過程有關。與CK處理相比,AWD處理誘導了氧化還原反應過程相關的基因達102個,占總DEG數的8.25%。AWD處理促進了水稻根系過氧化物酶、脂肪酸氧化酶和乙醇酸氧化酶等相關基因的上調表達。與CK處理相比,AWD處理提高了水稻根系活力和根表鐵膜數量,分別為22.9%和45.7%。實時熒光定量PCR驗證結果與轉錄組分析結果基本一致,其相關系數達到0.90!窘Y論】綜上所述,AWD明顯誘導了氧化還原反應過程中的相關基因大量表達,增加了根系氧化力,促進根表鐵膜的形成;過氧化物酶、脂肪酸氧化酶和乙醇酸氧化酶等相關的基因可能是AWD誘導水稻根表鐵膜形成的重要基因。
[Abstract]:[objective] AWD is the most important management method in rice planting, which can improve root activity and stress resistance of rice. It was found that AWD could significantly promote the formation of iron film on the root surface of rice. However, the gene expression profile of iron membrane formation induced by AWD has not been reported. [methods] Sand culture test was used. The differential expression profiles of rice root genes were studied under four treatments, I. e., long-term flooding, dry and wet alternating treatment, long term flooding and Fe2 + Fe2 + Fe2. [results] AWD treatment was compared with CK treatment. There were 506 differentially expressed genes (DEG) in rice roots, 687 DEG down-regulated expression in AWD-Fe treatment compared with CK Fe treatment, 308 DEG up-regulated expression and 179 DEG down-regulated CK-Fe treatments compared with CK treatment. In 728 DEG and 1175 DEG down-regulated DEG, 1252 DEG up-regulated and 1189 DEG down-regulated compared with AWD treatment. A total of 382 DEG were found to be involved in the formation of iron film in rice root surface induced by AWD. Gene function analysis showed that 270 DEG were involved in the redox process and 165 DEG were related to the redox enzyme function. The results of biological pathway enrichment analysis (KEGG) showed that organelles, signal stimulators, photosynthesis, Biosynthesis and metabolic pathways were involved in the formation of iron membrane on root surface of rice induced by AWD. 38 genes were found to share DEG. The protein annotation of these genes was associated with resistance to disease, drought resistance, cell wall and cell membrane. Redox, protein kinase and transport, metabolic process. Compared with CK treatment, 8.25%.AWD treatment induced 102 genes related to the redox process. 8.25%.AWD treatment, which accounted for the total number of DEG, promoted the up-regulated expression of peroxidase, fatty acid oxidase and glycolate oxidase in rice root system. Compared with CK treatment, AWD treatment increased the root activity and the amount of iron film in root surface, which were 22. 9% and 45. 75.75%, respectively. The results of real-time fluorescence quantitative PCR were consistent with the results of transcriptome analysis, and the correlation coefficient reached 0.90. [conclusion] the above mentioned AWD can induce a large number of genes expression in the process of redox reaction, and increase the oxidation ability of root system. Peroxidase, fatty acid oxidase, glycolate oxidase and other related genes may be important genes of AWD induced iron membrane formation in root surface of rice.
【作者單位】: 華南農業(yè)大學資源環(huán)境學院;廣東省農業(yè)科學院水稻研究所;
【基金】:國家自然科學基金資助項目(31372125) 廣州市科技計劃資助項目(2014J4100240)
【分類號】:S511

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