本文選題：中華蜜蜂 + RNA-seq　； 參考：《福建農(nóng)林大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版)》2017年05期

【摘要】：利用RNA-seq技術(shù)對脅迫中華蜜蜂(簡稱中蜂)6日齡幼蟲腸道的球囊菌及其體外培養(yǎng)進(jìn)行深度測序,根據(jù)基因的FPKM值篩選得到高表達(dá)基因(HEGs),進(jìn)而對HEGs進(jìn)行GO及KEGG代謝通路(pathway)富集分析.Illumina測序數(shù)據(jù)經(jīng)質(zhì)控和過濾得到100814558條有效讀段(clean reads),平均Q30均在93.81%以上.GO富集分析結(jié)果顯示處理組(Aac T)的HEGs富集于39個GO term,基因富集數(shù)最多的是細(xì)胞(1872 unigene)、細(xì)胞組件(1872 unigene)和細(xì)胞進(jìn)程(1748 unigenes);對照組(Aa CK)的HEGs富集于37個GO term,基因富集數(shù)最多的是細(xì)胞(785 unigenes),其次是細(xì)胞組件(785 unigenes)和代謝進(jìn)程(776 unigenes).KEGG pathway富集分析顯示,Aac T的HEGs富集在119個代謝通路上,基因富集數(shù)最多的是核糖體(176 unigenes)、碳代謝(147 unigenes)及氨基酸的生物合成(134 unigenes);Aa CK的HEGs富集在110個代謝通路上,基因富集數(shù)最多的是核糖體(179 unigenes)、氨基酸的生物合成(70 unigenes)以及碳代謝(62 unigenes).深入分析發(fā)現(xiàn),對于富集在MAPK信號通路上的高表達(dá)基因數(shù)量,脅迫中蜂幼蟲腸道的球囊菌遠(yuǎn)多于體外培養(yǎng)的球囊菌,說明病原的該通路在脅迫后期被顯著激活.
[Abstract]:The RNA-seq technique was used to sequence the saccular bacteria of the intestinal tract of the 6-day-old larvae of honeybee (Apis cerana cerana cerana) under stress and its culture in vitro. According to the FPKM value of the gene, the highly expressed gene (HEGsN) was obtained, and then the HEGs was enriched by go and KEGG metabolic pathway. The sequence data of Illumina were analyzed by quality control and filtration. The average Q30 was more than 93.81%. Go enrichment analysis showed that the average Q30 was more than 93.81%. In fruit display treatment group, the HEGs of Aac T was enriched in 39 go terms.The most abundant number of genes was in the cell line 1872 unigenegene (cell component 1872 unigeneic) and the cell process 1 748 unigenesl. The HEGs of the control group was enriched in 37 go terms, and the most abundant gene was in the cell line 785 unigenesin. Secondly, the enrichment analysis of cell component 785 unigenes and metabolic process of 776 unigenes).KEGG pathway showed that the HEGs of Aac T was enriched in 119 metabolic pathways. The most abundant genes were ribosome 176unigenesi, carbon metabolism 147unigeneses) and amino acid biosynthesis (134unigenesus). The HEGs of Aa CK was enriched on 110 metabolic pathways, and the most abundant genes were ribosome 179unigenesi, amino acid biosynthesis 70 unigeneses) and carbon metabolism 62 unigenesus. It was found that the number of highly expressed genes enriched in the MAPK signaling pathway was much higher in the intestinal tract of the bee larvae under stress than that in the culture in vitro, indicating that the pathogenetic pathway was significantly activated at the later stage of stress.
【作者單位】： 福建農(nóng)林大學(xué)蜂學(xué)學(xué)院;
【基金】：現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項(xiàng)資金(CARS-44-KXJ7) 福建省中青年教師教育科研項(xiàng)目(JAT17018) 福建農(nóng)林大學(xué)科技發(fā)展基金(KF2015123) 國家級大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)項(xiàng)目(201610389016)
【分類號】：S895.137

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本文編號：1811625