本文選題：長(zhǎng)沙地區(qū)　切入點(diǎn)：人腺病毒　出處：《湖南師范大學(xué)》2016年碩士論文

【摘要】：目的:了解2012-2014年長(zhǎng)沙地區(qū)HAdV的分子流行病學(xué)特征;比對(duì)分析HAdV的14、55、57型結(jié)構(gòu)蛋白基因的同源性及差異性,為HAdV的防控及進(jìn)化演變提供實(shí)驗(yàn)依據(jù)。方法:收集2012年4月至2014年3月因急性下呼吸道感染在湖南師范大學(xué)第一附屬醫(yī)院(湖南省人民醫(yī)院)兒童醫(yī)學(xué)中心住院兒童且經(jīng)前期實(shí)驗(yàn)鑒定為HAdV陽(yáng)性的鼻咽抽吸物及肺泡灌洗液標(biāo)本,進(jìn)行分型;選取其中14、55和57型樣本,采用細(xì)胞培養(yǎng)技術(shù)分離病毒;提取其核酸,通過(guò)PCR方法擴(kuò)增fiber、hexon、penton結(jié)構(gòu)蛋白基因以及14、57型全基因并測(cè)序;采用Meg4、Aligmen和DNAman等基因軟件對(duì)其基因序列進(jìn)行比對(duì)分析并構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)。結(jié)果:1.本實(shí)驗(yàn)成功分型的221例樣本,分屬于B、C、E三個(gè)亞組。其中7型112例(50.68%)、3型22例(9.95%)、14型9例(4.07%)、55型2例(0.90%)、21型1例(0.45%)、1型26例(11.76%)、2型25例(11.31%)、5型7例(3.17%)、6型3例(1.36%)、57型3例(1.36%)、4型11例(4.98%);2.HAdV-57型長(zhǎng)沙株的全基因組在結(jié)構(gòu)蛋白基因區(qū)有堿基突變,fiber及penton存在個(gè)別氨基酸替換和變異,各結(jié)構(gòu)蛋白基因及全基因組與genbank中的樣本比對(duì),相似度均為99%;3.hadv-14長(zhǎng)沙株的全基因組在結(jié)構(gòu)蛋白基因區(qū)無(wú)堿基突變,與genbank中近年國(guó)內(nèi)外基因樣本同源性高;4.長(zhǎng)沙地區(qū)hadv-14型和55型的penton基因與郴州、蘭州地區(qū)的相似度為100%,且與genbank中多個(gè)樣本的相似度為100%;5.長(zhǎng)沙地區(qū)hadv-55型的fiber基因與郴州地區(qū)的相似度為100%,與genbank中來(lái)自中國(guó)大陸不同地區(qū)及不同時(shí)間的多個(gè)樣本相似度為100%,但與蘭州地區(qū)的相似度為99%;長(zhǎng)沙地區(qū)hadv-14型的fiber基因各樣本間相似度為100%,與蘭州地區(qū)的大部分及genbank中多數(shù)樣本的相似度亦為100%,與郴州及蘭州地區(qū)的個(gè)別樣本相似度為99%;6.長(zhǎng)沙地區(qū)hadv-55型的hexon基因與郴州、蘭州地區(qū)的相似度為100%,與genbank中多數(shù)樣本的相似度亦為100%;長(zhǎng)沙地區(qū)hadv-14型的hexon基因各樣本間相似度為100%,與郴州、蘭州地區(qū)的大部分及genbank中多數(shù)國(guó)內(nèi)樣本的相似度亦為100%;7.hadv-14型和55型的基因組的主要差異位于hexon基因,差異性達(dá)8%,而這兩種型別的fiber及penton基因的差異性僅為0-0.5%。結(jié)論:本研究期間內(nèi),長(zhǎng)沙地區(qū)hadv主要流行型別較前期有變化,以7型、1型、2型為主要流行株;hadv-14型基因組相對(duì)穩(wěn)定;hadv-57型基因組具有時(shí)間及空間進(jìn)化特性;hadv-55型和14型結(jié)構(gòu)蛋白基因相對(duì)穩(wěn)定。
[Abstract]:Objective: to investigate the molecular epidemiologic characteristics of HAdV in Changsha from 2012 to 2014, and to compare and analyze the homology and difference of the structural protein gene of HAdV type 14555, so as to provide experimental evidence for the prevention and control of HAdV and the evolution of HAdV.Methods: from April 2012 to March 2014, children admitted to the Children's Medical Center of the first affiliated Hospital of Hunan normal University (Hunan people's Hospital) due to acute lower respiratory tract infection and identified as HAdV positive by previous experiments were collected.Aspirates and alveolar lavage fluid,The virus was isolated by cell culture technique, and its nucleic acid was extracted. The gene of fiberine hexonpenton structure protein and the total gene of 1457-type were amplified by PCR and sequenced.Meg4Aligmen and DNAman were used to analyze the gene sequence and construct the evolutionary tree.The result is 1: 1.The 221 samples were divided into three subgroups.And penton have individual amino acid substitution and variation,The similarity of all structural protein genes and the whole genome with the samples in genbank was 993.hadv-14. There was no base mutation in the structural protein gene region of Changsha strain, which had high homology with the domestic and foreign gene samples of genbank in recent years.The similarity between the penton gene of hadv-14 type and 55 type in Changsha and Chenzhou, Lanzhou is 100, and the similarity with multiple samples in genbank is 1005.The similarity between the fiber gene of hadv-55 type in Changsha and Chenzhou is 100. The similarity between fiber gene and genbank samples from different regions and different times in China is 100, but the similarity with Lanzhou is 990.The fiber base of hadv-14 type in Changsha is similar to that of hadv-14 in Changsha.Because the similarity between the samples is 100, the similarity with most of the samples in Lanzhou and genbank is 100, and the similarity between the individual samples in Chenzhou and Lanzhou is 9960.The similarity between the hexon gene of hadv-55 type in Changsha and Chenzhou and Lanzhou is 100, and the similarity with most samples in genbank is 100. The similarity of hexon gene of hadv-14 type in Changsha is 100 and 100 with that of Chenzhou.The similarity of most of the samples in Lanzhou and most domestic samples of genbank is also 1000.The main difference between the genome of 7.hadv-14 and 55 is located in the hexon gene, the difference is up to 8, and the difference between the two types of fiber and penton genes is only 0-0.5.Conclusion: during the period of this study, the main epidemic types of hadv in Changsha area were different from those in the earlier period.The genome of type 7 and type 1 was relatively stable and had the characteristics of temporal and spatial evolution. The structural protein genes of type 14 and type 55 were relatively stable.
【學(xué)位授予單位】：湖南師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R725.1

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本文編號(hào)：1727889