本文選題：普城沙雷氏菌　切入點(diǎn)：GGDEF/EAL結(jié)構(gòu)域　出處：《江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)》2017年03期

【摘要】：通過生物信息學(xué)方法對(duì)普城沙雷氏菌(Serratia plymuthica)G3菌株中GGDEF/EAL結(jié)構(gòu)域蛋白編碼基因pigX啟動(dòng)子區(qū)域的調(diào)控信息以及編碼蛋白質(zhì)的理化特性和結(jié)構(gòu)特點(diǎn)進(jìn)行了解析。利用啟動(dòng)子分析軟件Softberry和Neural Network Promoter Prediction對(duì)pigX基因編碼區(qū)上游序列進(jìn)行啟動(dòng)子預(yù)測(cè),利用生物信息學(xué)方法對(duì)PigX蛋白的氨基酸組成和理化特性、磷酸化和糖基化位點(diǎn)、跨膜結(jié)構(gòu)、信號(hào)肽二級(jí)結(jié)構(gòu)和保守結(jié)構(gòu)域等進(jìn)行預(yù)測(cè)分析。結(jié)果顯示:pigX啟動(dòng)子區(qū)有Fur和SoxS結(jié)合位點(diǎn);PigX是微親水性的脂結(jié)合蛋白,具有信號(hào)肽和跨膜結(jié)構(gòu)域、糖基化和高水平磷酸化位點(diǎn),α-螺旋和無規(guī)則卷曲是其主要二級(jí)結(jié)構(gòu)。生物信息學(xué)分析預(yù)測(cè)結(jié)果表明G3菌株P(guān)igX具有較高水平磷酸化位點(diǎn)及由α-螺旋和無規(guī)則卷曲組成的二級(jí)結(jié)構(gòu),這與預(yù)測(cè)的PigX參與鐵代謝和氧化應(yīng)激反應(yīng)及作為Csr D同源物與CSRB家族sRNAs分子結(jié)合的功能相吻合。
[Abstract]:The regulation information of the promoter region of GGDEF/EAL domain protein encoding gene pigX in Serratia plymuthica)G3 strain was analyzed by bioinformatics. The physicochemical and structural characteristics of the encoded protein were analyzed by using the promoter. Softberry and Neural Network Promoter Prediction were used to predict the upstream sequence of pigX gene. The amino acid composition, physicochemical properties, phosphorylation and glycosylation sites, transmembrane structure of PigX protein were studied by bioinformatics. The signal peptide secondary structure and conserved domain were predicted and analyzed. The results showed that Fur and SoxS binding sites were found to be microhydrophilic lipopolysaccharide binding proteins, with signal peptide and transmembrane domain. Glycosylation and high level phosphorylation sites, 偽 -helix and irregular crimp were the main secondary structures. Bioinformatics analysis and prediction showed that G3 strain PigX had higher phosphorylation sites and secondary structures consisting of 偽 -helix and irregular crimp. This is consistent with the predicted function of PigX involved in iron metabolism and oxidative stress reaction and binding of Csr D homologues to CSRB family sRNAs molecules.
【作者單位】： 江蘇大學(xué)食品與生物工程學(xué)院;江蘇大學(xué)生命科學(xué)研究院;
【基金】：國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31240046) 公益性行業(yè)(農(nóng)業(yè))科研專項(xiàng)(201503110-12)
【分類號(hào)】：Q811.4;S476.1

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本文編號(hào)：1660154