本文選題：田鼠巴貝蟲　切入點：棒狀體相關(guān)蛋白　出處：《中國病原生物學(xué)雜志》2017年02期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：目的通過對專業(yè)數(shù)據(jù)庫的搜索,篩選出田鼠巴貝蟲棒狀體相關(guān)蛋白的基因,并進行生物信息學(xué)分析預(yù)測。方法搜索NCBI、EMBL-EBI、Uniprot及PiroplasmaDB數(shù)據(jù)庫,篩選田鼠巴貝蟲棒狀體蛋白基因。通過生物信息學(xué)方法,利用多種數(shù)據(jù)庫及生物信息學(xué)分析軟件分析其對應(yīng)氨基酸序列的疏水區(qū)、跨膜區(qū)、信號肽及結(jié)構(gòu)域,預(yù)測該蛋白二級結(jié)構(gòu)、三級結(jié)構(gòu)及其抗原表位;利用Clustal-X軟件對其氨基酸序列進行同源性比對;利用PAUP軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,對氨基酸序列進行多重序列比對(mutiple sequence alignment)。結(jié)果在EMBL-EBI和PiroplasmaDB中各篩選出1條田鼠巴貝蟲棒狀體蛋白基因,登錄號分別為XP_012649548和BBM_III04695。通過軟件APE進行序列比對,兩個基因序列完全一致,證明為同一條基因序列。該基因共含有4 443bp,可編碼1 480個氨基酸。編碼蛋白分子質(zhì)量為165.307ku,為分泌蛋白,含一個信號肽,4個跨膜區(qū),并含有較多抗原表位。結(jié)論采用生物信息學(xué)方法預(yù)測田鼠巴貝蟲棒狀體相關(guān)蛋白含有較多的抗原表位,可作為疫苗和診斷抗原的候選分子。
[Abstract]:Objective to screen out the genes of coryloid related proteins of Barb 茅 worm in voles by searching the specialized database and to carry out bioinformatics analysis and prediction. Methods to search the databases of EMBL-EBIN Uniprot and PiroplasmaDB. To screen the coryloid protein gene of Barb's bug in voles, the hydrophobic region, transmembrane region, signal peptide and domain of amino acid sequence were analyzed by using various databases and bioinformatics analysis software. The secondary structure, tertiary structure and antigenic epitopes of the protein were predicted, its amino acid sequence was compared by Clustal-X software, and phylogenetic tree was constructed by PAUP software. Multiple sequence alignment of amino acid sequences was carried out. Results one coryloid protein gene of Barb 茅 a vole was screened from EMBL-EBI and PiroplasmaDB, respectively, and the accession numbers were XP_012649548 and BBMII III04695.The sequence alignment of the two genes was carried out by software APE, and the sequence of the two genes was completely identical. This gene contains a total of 4443 BP and encodes 1 480 amino acids. The encoded protein has a molecular weight of 165.307 ku. it is a secretory protein with one signal peptide and four transmembrane regions. Conclusion the bioinformatics method can be used to predict the number of antigen epitopes in the coryloid proteins of Barb 茅 worm in voles, and it can be used as a candidate for vaccine and diagnostic antigens.
【作者單位】： 中國疾病預(yù)防控制中心寄生蟲病預(yù)防控制所衛(wèi)生部寄生蟲病原與媒介生物學(xué)重點實驗室世界衛(wèi)生組織熱帶病合作中心國家級熱帶病國際聯(lián)合研究中心;
【基金】：公益性衛(wèi)生行業(yè)科研專項(No.201202019) 上海市衛(wèi)生計生委青年基金項目(No.20154Y0155)
【分類號】：R382;Q811.4

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本文編號：1637715