本文選題：前列腺癌　切入點：易感性　出處：《北京協(xié)和醫(yī)學院》2016年博士論文　論文類型：學位論文

【摘要】：第一部分基因特異性單核苷酸變異與前列腺癌患病風險的關聯(lián)研究第一節(jié)基因特異性單核苷酸變異與前列腺癌發(fā)生關聯(lián)的系統(tǒng)Meta分析目的 用Meta分析的方法系統(tǒng)地研究基因特異性單核苷酸變異與多人群前列腺癌患病風險的關聯(lián)。材料和方法檢索1990年8月1日至2015年8月1日收錄于PubMed、EMBASE和Cochrane Library大型數(shù)據(jù)庫中關于單核苷酸變異(SNVs)與PCa發(fā)生關聯(lián)的研究文獻。制定文獻納入和排除標準,并進行文獻篩選。采取雙人盲法提取文獻數(shù)據(jù)。所有數(shù)據(jù)的Meta分析采用Comprehensive meta-analysis v2.0軟件完成分析。首先采用Q檢驗分析各研究之間的異質(zhì)性,根據(jù)是否存在研究異質(zhì)性分別采用Mantel-Haenszel固定效應模型或DerSimonian and Laird隨機效應模型合并效應量,計算單核苷酸變異(SNVs)與PCa發(fā)生的OR值和95% CI。其次分析研究異質(zhì)性產(chǎn)生的可能原因；接下來通過敏感性分析和累積分析評價Meta分析結(jié)果的穩(wěn)定性。其后采用Egger's回歸檢驗、繪制漏斗圖以及Duval and Tweedie's分析評估潛在發(fā)表偏倚。最后,利用Gene set enrichment analysis軟件進行生物學信息分析,剖析陽性關聯(lián)基因潛在富集的信號通路和生物學過程。結(jié)果共計檢索到相關文獻超過40,000篇。根據(jù)納入排除標準,最后有560篇文獻進入Meta分析。這些文獻報道了超過3個獨立研究的51個基因的66個單核苷酸變異位點。入組總的樣本量1,002,493,每個SNV的文獻數(shù)3-33個。66個Meta分析中,總共有20個基因特異性SNVs與前列腺癌發(fā)病風險顯著關聯(lián)。這些關聯(lián)位點分別位于19個不同的基因(KLK3, IGFBP3, ESR1, SOD2, CAT, CYP1B1, VDR, RFX6, HNF1B, SRD5A2, FGFR4, LEP, HOXB13, FAS, FOXP4, SLC22A3, LMTK2, EHBP1及MSMB),涉及的病例-對照總?cè)藬?shù)為584,100人。 其中,風險等位基因的平均OR值為1.33(1.016-3.788),保護性等位基因的平均OR值為0.838(0.757-0.896)。結(jié)論本課題對過去25年發(fā)表的基因特異性單核苷酸變異與前列腺癌發(fā)生的關聯(lián)研究進行系統(tǒng)性的Meta分析。結(jié)果顯示有20個變異位點與前列腺癌顯著性關聯(lián),然而多數(shù)位點的遺傳效應(OR值)小,因此陽性結(jié)果的解釋應該慎重,部分陽性位點的關聯(lián)還需在擴大的樣本群體中進行驗證,并深入探討這些遺傳位點在PCa發(fā)生中的生物學功能。第二節(jié)單核苷酸變異與中國漢族人群前列腺癌患病風險的關聯(lián)研究目的研究單核苷酸變異(SNVs)與中國漢族人群前列腺癌(PCa)患病風險的關系。材料和方法 回顧性分析中國漢族PCa患者826例和按年齡匹配的健康男性975例,記錄受試者臨床信息并用酚氯仿法提取外周血基因組DNA。利用熒光標記引物PCR擴增包含變異位點的片段,高分辨熔解曲線(HRM)對SOD2 rs4880、MPOrs2333227和LEP rs2167270進行基因分型,然后用Sanger測序驗證分型結(jié)果。比較基因型頻數(shù)在PCa組和對照組的分布差異,并用Logistic regression分析變異攜帶的風險等位基因與PCa患者年齡、前列腺特異抗原(PSA)、Gleason評分和臨床病理分期的關系。兩組基因型頻率分布差異的比較采用x2檢驗,計算比值比(OR)及其95%置信區(qū)間(95%CI),P0.05認為具有統(tǒng)計學意義。統(tǒng)計學分析采用PLINK V1.02及SPSS 16.0軟件完成。本研究的關聯(lián)結(jié)果與既往不同人群中的關聯(lián)結(jié)果采用Comprehensive meta-analysis v2.0軟件進行匯總分析。結(jié)果 最終納入具有完整臨床資料和基因分型結(jié)果的研究對象共1445例,PCa組504例,對照組941例。兩組受試者的年齡無顯著性差異(P0.05)。SOD2rs4880基因型CC在Recessive model PCa患者中的攜帶頻率明顯高于對照組中的攜帶頻率(OR=2.929,95%CI=1.56-5.51,P=0.0005)。MPO rs2333227 TT+CT基因型在Dominant model中兩個群體間有顯著的統(tǒng)計學差異(OR=1.286,95%CI=1.03-1.61,P=0.029), T等位基因的攜帶頻率在Allelic model有統(tǒng)計學差異(OR=1.268,95%CI=1.04-1.55,P=O.019)。LEP rs2167270的G等位基因和基因型的頻率分布分析均未見統(tǒng)計學差異。各單核苷酸變異在不同年齡、PSA和臨床病理分期的PCa患者中分布無顯著性差異(P0.05)。結(jié)論SOD2 rs4880 CT與中國漢族人群前列腺癌的發(fā)生顯著關聯(lián),T等位基因的攜帶增加前列腺的發(fā)病風險。MPO rs2333227 T為中國漢族人群前列腺癌發(fā)生的保護性等位基因尚需進一步證實。第二部分 中國人前列腺癌新融合基因的初步研究目的初步識別中國人前列腺癌中的新融合基因。材料和方法9對TMPRSS2-ERG陰性的中國北方漢族PCa患者的前列腺癌組織及其癌旁組織提取總RNA,逆轉(zhuǎn)錄獲得cDNA并建立RNA-Seq文庫,經(jīng)HiSeq 2000高通量測序,利用Soap軟件進行數(shù)據(jù)讀取和融合基因的判讀,篩選出前列腺癌表達的新的融合基因,通過RT-PCR和Sanger測序在前列腺癌組織中驗證融合基因,并識別其融合形式。結(jié)果9對前列腺癌及癌旁組織的RNA-Seq數(shù)據(jù)經(jīng)Soap軟件分析后共識別58個融合基因,其中33個在前列腺癌組織表達,根據(jù)測序reads的覆蓋深度和位置,篩選出4個融合基因進行RT-PCR和Sanger測序驗證。3個前列腺癌新融合基因ETV3-CRB1,GTF2I-LIMK1及REPS2-TXLNG及其融合形式被確定。結(jié)論識別3個新的前列腺癌融合基因。
[Abstract]:......
【學位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學院
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R737.25
，

本文編號：1564407