本文選題：諾卡菌　切入點(diǎn)：secA基因　出處：《疾病監(jiān)測》2016年12期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：目的研究secA1基因在諾卡菌菌種的鑒定分型能力。方法對59株諾卡菌的secA1基因進(jìn)行聚合酶鏈反應(yīng)擴(kuò)增,擴(kuò)增片段純化后測序,并從Gen Bank數(shù)據(jù)庫下載32株諾卡菌secA1基因序列進(jìn)行補(bǔ)充,采用DNAStar軟件對所有序列計(jì)算種內(nèi)與種間相似度水平,并用Mega 6.06軟件的鄰接法構(gòu)建諾卡菌菌種系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹。結(jié)果 91株受試諾卡菌secA1基因的種內(nèi)相似度為97.2%~100.0%,平均相似度達(dá)98.6%;種間相似度為85.2%~98.4%,平均相似度達(dá)91.8%。以secA1基因構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹中,16種諾卡菌被準(zhǔn)確分離為16個(gè)獨(dú)立的分支,諾卡菌近緣種新星諾卡菌復(fù)合體、少食/短鏈諾卡菌復(fù)合體均可有效分離。結(jié)論 secA1基因序列分析為諾卡菌菌種的鑒定分型提供了一種新方法,在諾卡菌近緣種的分型方面有獨(dú)特的優(yōu)勢。
[Abstract]:Objective to study the ability of identification and typing of secA1 gene in the strains of Nocardia. Methods the secA1 gene of 59 strains of Nocardia was amplified by polymerase chain reaction (PCR), and the amplified fragments were purified and sequenced. The secA1 gene sequences of 32 strains of Nocardial bacillus were downloaded from the Gen Bank database and the similarity level between species and species was calculated by DNAStar software. Mega 6.06 software was used to construct the phylogenetic tree of Nocardia strains. Results the intraspecific similarity of secA1 gene in 91 strains of Nocardia was 97.2100.0.The average similarity was 98.6cm, and the interspecific similarity was 85.2%, the average similarity was 91.8%. Because of the phylogenetic phylogeny tree, 16 Nocardia species were accurately isolated into 16 independent branches. The nova nocariella complex and the oligodiet / short streptococcus complex can be separated effectively. Conclusion the secA1 gene sequence analysis provides a new method for the identification and typing of Nocardia strains. It has a unique advantage in the classification of related species of Nocardia.
【作者單位】： 溫州醫(yī)科大學(xué)檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)院檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;中國疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所傳染病預(yù)防控制國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;山西醫(yī)科大學(xué);
【基金】：國家高技術(shù)研究發(fā)展計(jì)劃(863計(jì)劃)(No.2014AA021404) 公益性衛(wèi)生行業(yè)科研專項(xiàng)(No.201302006)~~
【分類號】：R446.5

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本文編號：1558967