本文關(guān)鍵詞： 生物信息學(xué) 兔眼藍(lán)莓 組織培養(yǎng) CHS 花青素　出處：《浙江農(nóng)林大學(xué)學(xué)報(bào)》2017年05期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：藍(lán)莓Vaccinium spp.果實(shí)含有豐富的花青素,但目前對(duì)藍(lán)莓花青素合成相關(guān)基因的研究還較少。為分析藍(lán)莓花青素合成相關(guān)基因,也為今后高花青素含量品種的育種工作提供一定的生物信息學(xué)基礎(chǔ),以紅色突變兔眼藍(lán)莓Vaccinium ashei為試驗(yàn)材料,采用同源克隆方法 ,克隆到查爾酮合成酶基因(CHS)的cDNA全長。生物信息學(xué)分析表明:該基因cDNA全長1 398 bp,有1個(gè)1 170 bp的完整開放閱讀框(ORF),編碼389個(gè)氨基酸。與杜鵑Rhododendron simsii,山茶Camellia japonica,紅花油茶Camellia chekiangoleosa,中華獼猴桃Actinidia chinensis,高叢藍(lán)莓Vaccinium corymbosum,蘋果Malus domestica的CHS基因同源性分別為90%,83%,83%,83%,83%與82%。兔眼藍(lán)莓CHS基因編碼的蛋白不存在信號(hào)肽,無跨膜結(jié)構(gòu)域,定位于細(xì)胞質(zhì)中,肽鏈表現(xiàn)為疏水性,α-螺旋和隨機(jī)卷曲是其蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)中量最大的結(jié)構(gòu)元件,β-轉(zhuǎn)角和β-折疊散布于整個(gè)蛋白質(zhì)中,對(duì)編碼的蛋白的結(jié)構(gòu)域預(yù)測顯示該蛋白含有類似查爾酮合成酶超家族(CHS-like超家族)結(jié)構(gòu)域。由此推測:兔眼藍(lán)莓CHS基因是高度保守的,表達(dá)的蛋白為疏水性蛋白,是一種結(jié)構(gòu)和性質(zhì)都相對(duì)穩(wěn)定的蛋白。
[Abstract]:The fruits of blueberry Vaccinium spp. are rich in anthocyanins, but there are few studies on the genes related to blueberry anthocyanin biosynthesis in order to analyze the genes related to blueberry anthocyanin synthesis. It also provides a certain basis of bioinformatics for breeding varieties with high anthocyanin content. Using Vaccinium ashei of red mutant rabbit eye as experimental material, homologous cloning method was used. CDNA was cloned into Chalcone synthase gene. Bioinformatics analysis showed that the full length of cDNA was 1 398 BP, with a complete open reading frame of 1 170 BP, encoding 389 amino acids. The sequence was compared with Rhododendron simsii, Camellia japonica and Carthamus japonica. The homology of CHS gene of Camellia chekiangoleosa, Actinidia chinensis, Vaccinium corymbosum and Malus domestica were 90.83% and 833% respectively. The protein encoded by CHS gene of blueberry did not contain signal peptide. The peptide chain is hydrophobic. 偽 -helix and random crimp are the largest structural elements in the secondary structure of the protein. The 尾 -rotation angle and 尾 -fold are scattered in the whole protein. The prediction of the domain of the encoded protein indicates that the protein contains a domain similar to the Chalcone synthase superfamily (CHS-like superfamily). It is inferred that the CHS gene of blueberry is highly conserved and the expressed protein is hydrophobic. It is a protein with relatively stable structure and properties.
【作者單位】： 西南林業(yè)大學(xué)云南省高校林木遺傳改良與繁育重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：云南省林學(xué)一流學(xué)科建設(shè)資助項(xiàng)目(51600625) 云南省高校林木遺傳改良與繁育重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室開放基金資助項(xiàng)目(31360404)
【分類號(hào)】：S663.9

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本文編號(hào)：1547656