本文關鍵詞： KRTAP20-2 KRTAP26-1核苷酸序列變異 遺傳特征 PCR-SSCP 山羊 產(chǎn)絨性能　出處：《甘肅農(nóng)業(yè)大學》2017年碩士論文　論文類型：學位論文

【摘要】：角蛋白關聯(lián)蛋白(Keratin-associated proteins,KAPs)是羊毛和羊絨的主要結構成分。在人類、小鼠等物種中已發(fā)現(xiàn)了高甘氨酸/酪氨酸蛋白KAP20-2和高硫蛋白KAP26-1的編碼基因,但在山羊中該基因尚未被鑒定。本研究以人類KRTAP20-2和KRTAP26-1基因編碼區(qū)序列為模板,利用BLAST軟件,在山羊基因組中發(fā)現(xiàn)了與人類KRTAP20-2和KRTAP26-1基因具有高度同源性的序列,這條序列被初步假定為山羊的KRTAP20-2和KRTAP26-1基因。PCR-SSCP分析發(fā)現(xiàn),假定KRTAP20-2基因PCR擴增長度為275bp,在5個山羊群體的605個個體中有3條不同的核苷酸變異序列(定義為A-C)。序列同源性和進化樹研究結果表明,這4條序列與已鑒定的其它山羊KRTAPs基因序列有較低的同源性,但與人類和小鼠的KRTAP20-2基因序列具有最高的同源性。這說明發(fā)現(xiàn)的這3條序列是山羊KRTAP20-2基因的等位基因。在這3個等位基因的編碼區(qū)內(nèi),共發(fā)現(xiàn)了6個單核苷酸多態(tài)性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs),其中4個是非同義突變,造成了氨基酸序列的變化。氨基酸分析結果表明,山羊KAP20-2蛋白由62個氨基酸組成,多肽鏈含有高比例的甘氨酸(38.71mol%)和酪氨酸(25.81mol%-27.41mol%)、中等比例的半胱氨酸(12.90mol%),丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸等6種氨基酸在3條多肽鏈中沒有出現(xiàn)。4條多肽鏈含有5-6個磷酸化位點,沒有檢測到糖基化位點。山羊KAP20-2蛋白質(zhì)分子量較小僅為6.6 kDa,屬于穩(wěn)定的微水溶性蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)二級結構由4個常見的亞結構組成。5個山羊群體均處于中度多態(tài)(Polymorphic information content,PIC),但是等位基因頻率分布在不同群體間有差異。結果表明,山羊KRTAP20-2基因有較為豐富的核苷酸序列變異,這些變異可能與絨山羊的產(chǎn)絨性能有關。假定KRTAP26-1基因PCR擴增長度為626bp,在5個山羊群體的605個個體中有4條不同的核苷酸變異序列(定義為A-D)。序列同源性和進化樹研究結果表明,這4條序列與已鑒定的其它山羊KRTAPs基因序列有較低的同源性,但與人類、家犬、小鼠和大鼠的KRTAP26-1基因序列具有最高的同源性。這說明發(fā)現(xiàn)的這4條序列是山羊KRTAP26-1基因的等位基因。在這4個等位基因的編碼區(qū)內(nèi),共發(fā)現(xiàn)了6個單核苷酸多態(tài)性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs),其中3個是非同義突變,造成了氨基酸序列的變化。氨基酸分析結果表明,山羊KAP26-1蛋白質(zhì)由184個氨基酸組成,它含有高含量的絲氨酸(21.74-22.83mol%)和中等比例的脯氨酸(11.96mol%)以及亮氨酸(9.24%-9.78mol%)。4條多肽鏈含有36-38個磷酸化位點,含有12-13個糖基化位點。該蛋白糖基化和磷酸化位點較多,并推測會影響產(chǎn)羊毛絨的性能。山羊KAP20-2蛋白分子量較大為19.3 kDa,且二級結構缺少起穩(wěn)定作用α螺旋,屬于不穩(wěn)定的微水溶性蛋白。5個山羊群體均處于中度多態(tài)(PIC),但是等位基因頻率分布在不同群體間有差異。等位基因A、B和D在5個山羊群體中均出現(xiàn),但C在中衛(wèi)山羊中沒有出現(xiàn)。結果表明,山羊KRTAP26-1基因有較為豐富的核苷酸序列變異,這些變異可能與絨山羊的產(chǎn)絨性能有關。
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本文編號：1545959