發(fā)布時(shí)間：2018-02-27 18:27

  本文關(guān)鍵詞： 肥脂尾 差異表達(dá)基因 哈薩克羊 藏綿羊 轉(zhuǎn)錄組　出處：《西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)》2017年03期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：為鑒定哈薩克羊和藏綿羊尾部脂肪組織的差異表達(dá)基因和可變剪接,分別提取6只(3公,3母)無(wú)親緣關(guān)系的2歲成年哈薩克羊與藏綿羊尾部脂肪組織總RNA,構(gòu)建2個(gè)高通量測(cè)序文庫(kù),利用TopHat2軟件將短序列定位到綿羊參考基因組,采用cuffdiff軟件分析基因表達(dá)豐度和差異表達(dá)基因。結(jié)果表明,共有19個(gè)基因在2個(gè)品種綿羊尾脂中的表達(dá)豐度均高于1 000FPKM,包括ADIPOQ、SPARC、VIM等。其中,2個(gè)品種尾部脂肪組織中表達(dá)量最高的轉(zhuǎn)錄本均定位于線粒體基因組5 331~14 154bp,該區(qū)域主要包含COX1、COX2、ATP8等基因,其表達(dá)豐度在哈薩克羊和藏綿羊中分別高達(dá)29 724.20和28 818.80FPKM。而FABP4則是表達(dá)豐度最高的核基因,在哈薩克羊和藏綿羊中的表達(dá)量分別為3 194.03和2 667.09。差異表達(dá)基因分析共鑒定出627個(gè)差異表達(dá)的基因,與藏綿羊尾部脂肪組織的表達(dá)量相比,哈薩克羊的尾部脂肪組織中共有221個(gè)上調(diào)基因和406個(gè)下調(diào)基因。其中,HBB基因表達(dá)量的變化倍數(shù)最大,下調(diào)約98倍。差異表達(dá)基因的富集分析結(jié)果表明,哈薩克羊尾脂中上調(diào)表達(dá)的基因主要參與脂肪酸代謝過(guò)程。另外,在2個(gè)品種尾脂中鑒定出11 870個(gè)可變剪接事件,其中383個(gè)為差異剪接事件。對(duì)相關(guān)差異表達(dá)基因和可變剪接的進(jìn)一步研究將有助于揭示綿羊肥脂尾形成的分子機(jī)制。
[Abstract]:To identify differentially expressed genes and variable splicing in tail fat tissue of Kazak sheep and Tibetan sheep, Two high-throughput sequencing libraries were constructed by extracting 6 unrelated total RNAs from tail adipose tissue of 2 year old adult Kazak sheep and Tibetan sheep. The short sequences were mapped to the sheep reference genome by TopHat2 software. Cuffdiff software was used to analyze gene expression abundance and differentially expressed genes. The abundance of 19 genes in tail fat of two breeds was higher than that of 1 000 FPKM, including ADIPOQN Sparc vim and so on. Among them, the transcripts with the highest expression in tail adipose tissue of 2 breeds were located in mitochondrial genome 5331n14154bp. To include such genes as COX1, COX2, COX2, ATP 8, The expression abundance of FABP4 in Kazak sheep and Tibetan sheep was as high as 29 724.20 and 28 818.80 FPKM, respectively, while FABP4 was the most abundant nuclear gene. The expression levels in Kazak sheep and Tibetan sheep were 3 194.03 and 2 667.09 respectively. A total of 627 differentially expressed genes were identified by differential expression gene analysis, which were compared with those in fat tissue of Tibetan sheep tail. There were 221 up-regulated genes and 406 down-regulated genes in tail adipose tissue of Kazak sheep. The up-regulated genes in Kazak tail fat were mainly involved in fatty acid metabolism. In addition, 11,870 variable splicing events were identified in two varieties of tail fat. 383 of them were differential splicing events. Further study of differentially expressed genes and variable splicing will help to reveal the molecular mechanism of fat tail formation in sheep.
【作者單位】： 四川農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院;
【基金】：四川省教育廳項(xiàng)目(15ZB0005)~~
【分類號(hào)】：S826

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