本文關(guān)鍵詞： 絨山羊 毛囊 轉(zhuǎn)錄組 RNA-測(cè)序　出處：《家畜生態(tài)學(xué)報(bào)》2017年11期 　論文類(lèi)型：期刊論文

【摘要】：為了研究絨山羊皮膚初級(jí)毛囊和次級(jí)毛囊之間的表達(dá)基因模式的差異,篩選影響毛囊發(fā)育的重要基因,對(duì)6只內(nèi)蒙古絨山羊阿爾巴斯型個(gè)體進(jìn)行RNA-seq測(cè)序,利用生物信息學(xué)方法對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,在測(cè)序結(jié)果質(zhì)量控制后的基礎(chǔ)上,對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行篩選、功能注釋和富集分析。共篩選到617個(gè)在初級(jí)毛囊和次級(jí)毛囊中差異表達(dá)的基因,其中,上調(diào)表達(dá)基因297個(gè),下調(diào)表達(dá)基因320個(gè)。GO功能注釋結(jié)果顯示,上調(diào)表達(dá)基因主要行使電子傳遞鏈、呼吸鏈電子傳遞、線粒體電子傳遞、基因表達(dá)等生物學(xué)功能;下調(diào)表達(dá)基因主要行使細(xì)胞吞噬、蛋白質(zhì)復(fù)性、中性粒細(xì)胞聚集、細(xì)菌真菌防御反應(yīng)等生物學(xué)功能。利用KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)作為參考,這些基因主要參與半胱氨酸和蛋氨酸代謝、RNA聚合、RNA可變剪切、底物磷酸化等通路。PPP2R2A和CDK2AP1基因可能在皮膚毛囊發(fā)育中發(fā)揮重要作用,以上結(jié)果為今后深入研究皮膚毛囊發(fā)育相關(guān)基因及功能提供了依據(jù)。
[Abstract]:In order to study the difference of gene expression patterns between primary hair follicles and secondary hair follicles of cashmere goats, and to screen the important genes affecting the development of hair follicles, RNA-seq sequencing was carried out in 6 individuals of Albanian type in Inner Mongolia Cashmere Goat (Inner Mongolia Cashmere Goat). The transcriptome data were analyzed by bioinformatics, and the differentially expressed genes were screened on the basis of quality control of sequencing results. Functional annotation and enrichment analysis. A total of 617 differentially expressed genes were screened in primary hair follicles and secondary follicles, of which 297 genes were up-regulated and 320 down-regulated genes. The up-regulated genes mainly perform the biological functions of electron transfer chain, respiratory chain electron transport, mitochondrial electron transport, gene expression, etc. The down-regulated genes mainly perform phagocytosis, protein renaturation, neutrophil aggregation, etc. Using the KEGG database as a reference, these genes are mainly involved in the metabolism of cysteine and methionine. The phosphorylation of substrates. PPP2R2A and CDK2AP1 genes may play an important role in the development of skin hair follicles. These results provide a basis for the further study of the genes and functions related to the development of skin hair follicles.
【作者單位】： 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院;動(dòng)物遺傳育種與繁殖自治區(qū)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;農(nóng)業(yè)部肉羊遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：國(guó)家絨毛用羊現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系項(xiàng)目(CARS-39-06) 國(guó)家自然科學(xué)基金(31660639)
【分類(lèi)號(hào)】：S827

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本文編號(hào)：1505521