發(fā)布時間：2018-02-10 13:57

  本文關(guān)鍵詞： 川崎病 全基因外顯子測序 易感基因 SLC15A1基因　出處：《蘇州大學(xué)》2016年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：目的:本課題將對川崎病(Kawasaki disease,KD)病例進行全外顯子高通量測序(Whole Exome Sequencing,WES),在全外顯子范圍內(nèi)探尋川崎病新的易感基因位點,并進一步探討易感基因位點與并發(fā)冠狀動脈損害(Coronary artery lesion,CAL)的關(guān)系。方法:我們選取蘇州大學(xué)附屬兒童醫(yī)院就診的再發(fā)KD患兒6例,作為對照的健康兒童6例,提取外周血DNA,進行全基因組外顯子高通量測序,通過數(shù)據(jù)統(tǒng)計生物信息分析篩選出候選易感位點,對候選易感位點進行聚合酶連反應(yīng)(Polymerase chain reaction,PCR)擴增和直接測序來檢驗外顯子測序的準(zhǔn)確性,并將測序正確的候選易感位點再在50例KD患兒和49例健康兒童的擴大樣本中分析,篩選出病例組和健康對照組中基因頻率有顯著差異的位點,即得到KD的目標(biāo)易感基因。在擴大樣本的50例KD中再分為19例冠脈損害組和31例無冠脈損害組(Non-Coronary artery lesion,NCAL),分析KD的目標(biāo)易感基因位點在這兩亞組中的等位基因頻率是否存在顯著差異,以探索KD并發(fā)CAL的風(fēng)險等位基因。結(jié)果:我們通過全外顯子測序和數(shù)據(jù)統(tǒng)計生物信息分析,篩選出SPEF2、EYS、SLC15A1、PTPN21、HLA-A這5個基因中的12個SNP位點為KD的候選易感位點,檢驗這些候選易感位點外顯子測序準(zhǔn)確性,并在擴大的KD病例和對照組中驗證分析,進一步證明了SLC15A1 SNPrs2274828為川崎病的目標(biāo)易感基因位點。在擴大的KD病例組中,SLC15A1 SNPrs2274828位點的基因型CT和等位基因T分布頻率顯著高于健康對照組(p0.05),在CAL組SLC15A1 SNPrs2274828位點的基因型CT和等位基因T分布頻率顯著高于NCAL組(p0.05)。結(jié)論:1、利用全基因外顯子測序的方法,對再發(fā)KD和健康對照進行全外顯子捕獲和測序,通過對比分析發(fā)現(xiàn)SLC15A1可能為KD的易感基因。2、SLC15A1 SNPrs2274828位點等位基因T可能為兒童患KD的危險因素。3、SLC15A1 SNPrs2274828位點等位基因T可能增加KD患兒并發(fā)CAL的風(fēng)險性。
[Abstract]:Objective: in this study, whole Exome sequencingus was performed on the whole exon of Kawasaki disease (KDV) in Kawasaki disease, and a new susceptibility gene site of Kawasaki disease was found in the whole exon region of Kawasaki disease (Kawasaki disease), in order to find out the new susceptibility gene of Kawasaki disease (Kawasaki disease). To explore the relationship between susceptibility gene locus and coronary artery lesioning (CAL). Methods: we selected 6 children with recurrent KD who were admitted to the affiliated Children's Hospital of Suzhou University as control group. The peripheral blood DNA was extracted, the high throughput sequencing of the whole genome exon was carried out, and the candidate susceptible sites were screened by statistical bioinformatics analysis. The candidate susceptible sites were amplified by polymerase chain reaction (PCR) and directly sequenced to verify the accuracy of exon sequencing. The correct candidate susceptible sites were analyzed in the expanded samples of 50 KD children and 49 healthy children. The loci with significant difference in gene frequency between the case group and the healthy control group were screened. The target susceptibility gene of KD was obtained. The target susceptibility gene of KD was divided into 19 coronary artery lesion group and 31 non-coronary artery lesion group. The allele frequency of the target susceptibility gene of KD in these two subgroups was analyzed as follows: (1) the allelic frequency of the target susceptibility gene in the two subgroups was as follows: (1) the allele frequency of the target susceptibility gene in the two subgroups was as follows: 1. Whether there is a significant difference, In order to explore the risk alleles of KD complicated with CAL, we screened out 12 SNP loci of the 5 genes of SPEF2EYSU, SLC15A1, PTPN21, HLA-A, which were candidate susceptibility sites for KD by total exon sequencing and statistical bioinformatics analysis. The exon sequencing accuracy of these candidate susceptibility sites was tested, and the analysis was verified in extended KD cases and controls. It is further proved that SLC15A1 SNPrs2274828 is the target susceptibility gene for Kawasaki disease. The frequency of genotype CT and allele T distribution of SLC15A1 SNPrs2274828 locus in extended KD patients is significantly higher than that in healthy control group, and the gene at SLC15A1 SNPrs2274828 locus in CAL group is significantly higher than that in healthy control group. The frequency of T distribution of type type CT and allele was significantly higher than that of NCAL group (P 0.05). Conclusion\% 1, using the method of whole gene exon sequencing, The whole exon was captured and sequenced for recurrent KD and healthy control. It was found that the allele T at SLC15A1 SNPrs2274828 locus of SLC15A1 may be the risk factor of KD in children. The allele T at SNPrs2274828 locus of SLC15A1 may increase the risk of CAL in KD children.
【學(xué)位授予單位】：蘇州大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R725.4

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本文編號：1500674