沙柳TAC1基因克隆與生物信息學(xué)及組織表達(dá)特性分析
本文關(guān)鍵詞: 沙柳 TAC1基因 基因克隆 定量PCR 組織特異性表達(dá) 出處:《內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)》2016年碩士論文 論文類(lèi)型:學(xué)位論文
【摘要】:樹(shù)木的分枝發(fā)育在植物形態(tài)構(gòu)成中具有十分重要的地位,決定著整株樹(shù)木的空間結(jié)構(gòu),并對(duì)光合效率、樹(shù)木生物量及園林造景等方面具有重要的影響。沙柳(Salix psammophila)的分枝角度多樣,可形成直立型、標(biāo)準(zhǔn)型及柱形等多種樹(shù)木空間結(jié)構(gòu),是挖掘調(diào)控樹(shù)木空間結(jié)構(gòu)變化基因資源的良好材料。本研究以沙柳為材料,克隆了SpsTAC1(Tiller Angle Control 1)基因,進(jìn)行了生物信息學(xué)分析,構(gòu)建了進(jìn)化樹(shù),并做了組織特異性表達(dá)分析。研究結(jié)果如下:1.沙柳TAC1基因的克隆及生物信息學(xué)分析:本研究利用同源克隆技術(shù)獲得沙柳SpsTAC1基因,CDS序列全長(zhǎng)819bp,編碼272個(gè)氨基酸。蛋白分子量為65269.3Da,理論等電點(diǎn)為5.16,蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)無(wú)跨膜結(jié)構(gòu),蛋白亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)位于細(xì)胞質(zhì)中。2.不同物種TAC1蛋白質(zhì)多序列比對(duì)及進(jìn)化樹(shù)分析表明沙柳與杞柳、毛果楊同源性較高,且共同具有五個(gè)保守區(qū)域。3. TAC1基因的組織特異性表達(dá)。定量qRT-PCR檢測(cè)結(jié)果表明TAC1基因在沙柳的根、莖、葉片、頂芽、葉腋中均有表達(dá),莖中表達(dá)最為豐富,其次是葉腋,而根中表達(dá)最低。研究結(jié)果表明克隆獲得了沙柳SpsTAC1基因,該基因功能可能與分枝角度調(diào)控有重要關(guān)系,研究結(jié)果為進(jìn)一步明確TAC1基因功能奠定了基礎(chǔ)。
[Abstract]:The branching and development of trees plays an important role in plant morphological composition, which determines the spatial structure of the whole tree and its photosynthetic efficiency. The biomass of trees and landscaping play an important role. Salix psammophila has a variety of branching angles and can form an upright type. Standard and column-shaped spatial structures of trees are good materials to excavate and control the genetic resources of tree spatial structure changes. In this study, Salix willow was used as the material. SpsTAC1(Tiller Angle Control 1) gene was cloned, bioinformatics analysis was carried out, and an evolutionary tree was constructed. The results are as follows: 1. Cloning of TAC1 gene and bioinformatics analysis: in this study, SpsTAC1 gene was obtained by homologous cloning. The total length of CDS sequence was 819 BP, encoding 272 amino acids. The molecular weight of the protein was 65269.3 Da.The theoretical isoelectric point was 5.16.The protein structure was predicted without transmembrane structure. Protein subcellular location prediction was located in cytoplasm. Multiple sequence alignment of TAC1 proteins of different species and phylogenetic tree analysis showed that Salix willow had high homology with willow and poplar. The results of quantitative qRT-PCR analysis showed that TAC1 gene was expressed in root, stem, leaf and terminal bud of Salix willow. The most abundant expression was in the stem, followed by the axillary and the lowest in the root. The results showed that the SpsTAC1 gene was obtained by cloning. The function of this gene may be related to the regulation of branching angle. The results of this study lay a foundation for further clarifying the function of TAC1 gene.
【學(xué)位授予單位】:內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2016
【分類(lèi)號(hào)】:S793.9
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,本文編號(hào):1480471
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