本文關(guān)鍵詞： 莧菜 AG基因 克隆 開花 生物信息學(xué)　出處：《江西農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)》2017年01期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：以莧菜種子為初始材料,通過離體培養(yǎng)獲得莧菜各階段試管苗,利用實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建的莧菜開花過程轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)(NCBI SRA number:SRR924089,SSR924090,SRR924091,SRR924092),采用RT-PCR結(jié)合RACE技術(shù)進(jìn)行ama AG基因全長(zhǎng)c DNA序列克隆,然后對(duì)其進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明,莧菜ama AG基因全長(zhǎng)為1 123 bp,其中5'UTR 122 bp,3'UTR 243 bp,poly A尾長(zhǎng)17 bp,并包含一個(gè)741 bp的開放閱讀框,編碼246個(gè)氨基酸。通過生物信息學(xué)分析可知,該蛋白屬于親水蛋白,但不是穩(wěn)定蛋白;屬于MADS和K-box超級(jí)家族,包含MADS_MEF2-like和K-box功能位點(diǎn),與植物開花相關(guān)。ama AG基因差異表達(dá)分析表明,該基因是在開花期表達(dá)量最高。說明本研究已獲得了莧菜ama AG基因,這為將來深入研究其功能奠定了基礎(chǔ),也為研究莧菜開花分子機(jī)制提供參考。
[Abstract]:Using amaranth seed as the initial material, the in vitro culture of amaranth in vitro was used to obtain the in vitro plantlets of amaranth. SRA number: SRR924089 and SSR924090, SRR924091, were used to construct a transcriptional database of amaranth. The full-length c DNA sequence of ama AG gene was cloned by RT-PCR combined with RACE technique and then analyzed by bioinformatics. The total length of ama AG gene in amaranth is 1 123 BP, of which 5 UTR122 bp1 3 UTR243 BP 3 poly A tail length is 17 BP. It contains an open reading frame of 741 BP and encodes 246 amino acids. Bioinformatics analysis shows that the protein belongs to hydrophilic protein, but it is not a stable protein. It belongs to MADS and K-box superfamily and contains MADS_MEF2-like and K-box functional sites. The results indicated that the ama AG gene had been obtained in this study, which laid a foundation for further study of its function and provided a reference for studying the molecular mechanism of amaranth flowering.
【作者單位】： 福建農(nóng)林大學(xué)園藝植物生物工程研究所;
【基金】：福建省重大科技專項(xiàng)(2015NZ0002) 高等學(xué)校博士學(xué)科點(diǎn)專項(xiàng)新教師類科研基金(20123515120009) 福建省自然科學(xué)基金(2013J05045)~~
【分類號(hào)】：S636.4;Q943.2
【正文快照】： Project supported by National Natural Science Foundation of China:Fujian Major Scientific and TechnologicalProject(2015NZ0002),the Specialized Research Fund for the Doctoral Program New Teacher Kind of Higher Ed-ucation(20123515120009)and Fujian Natural

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前1條

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【共引文獻(xiàn)】

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【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1478400