發(fā)布時間：2018-01-31 02:52

  本文關(guān)鍵詞： RNA-seq 差異基因 差異異構(gòu)體 負二項分布 exact test　出處：《南京大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué))》2016年02期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：基因和異構(gòu)體表達水平的差異檢測是獲取基因和異構(gòu)體功能的重要途徑,目前差異檢測已經(jīng)是轉(zhuǎn)錄組研究中一個重要的研究方向.RNA-seq技術(shù)近年來被廣泛用于差異基因的檢測.為模擬讀段的非均勻分布,通常采用負二項分布對讀段計數(shù)進行建模.現(xiàn)存的負二項分布模型大都是直接對基因讀段計數(shù)進行建模,不能進行差異異構(gòu)體檢測.提出基于PGseq模型計算出的基因和異構(gòu)體表達水平的負二項分布模型,采用exact test方法進行差異分析,解決了異構(gòu)體的差異檢測的問題.經(jīng)實驗驗證,該方法在基因和異構(gòu)體兩方面的差異檢測中都具有較高的準(zhǔn)確度和靈敏度.
[Abstract]:The differential detection of gene and isomer expression level is an important way to obtain the function of gene and isomer. At present, differential detection has been an important research direction in transcriptome research. RNA-seq technology has been widely used in the detection of differential genes in recent years. Usually the negative binomial distribution is used to model the reading segment count. Most of the existing negative binomial distribution models are used to model the gene reading segment count directly. The negative binomial distribution model of gene and isomer expression level calculated by PGseq model was put forward, and the difference analysis was carried out by exact test method. The problem of differential detection of isomers has been solved. The experimental results show that the method has high accuracy and sensitivity in gene and isomer differential detection.
【作者單位】： 南京航空航天大學(xué)計算機科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;
【基金】：國家自然科學(xué)基金(61170152) 中央高校基本科研業(yè)務(wù)費專項(CXZZ11_0217)
【分類號】：Q78
【正文快照】： RNA-seq即高通量RNA測序,與傳統(tǒng)基因芯片技術(shù)相比,具有信噪比高,成本低,測序速度快,應(yīng)用范圍廣等優(yōu)勢[1].RNA-seq技術(shù)一次測序?qū)嶒灴僧a(chǎn)生數(shù)以千萬計的讀段(read)數(shù)據(jù),其核心思想是通過將讀段數(shù)據(jù)映射(mapping)定位到參考基因組或轉(zhuǎn)錄組上得到其量化的表達值[2].RNA-seq技術(shù)可

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2 李蒙;針對RNA-Seq數(shù)據(jù)的基因異構(gòu)體表達水平計算方法研究[D];南京航空航天大學(xué);2014年

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本文編號：1477983