本文關(guān)鍵詞：毛果楊HDA902基因的克隆、序列分析和亞細胞定位　出處：《分子植物育種》2016年05期 　論文類型：期刊論文

  更多相關(guān)文章： 毛果楊 組蛋白去乙�；� 基因克隆 生物信息學 亞細胞定位

【摘要】：組蛋白去乙酰化酶(histone deacetylases,HDACs)是一類重要的酶,催化組蛋白去乙�；�,參與組蛋白乙酰化狀態(tài)的調(diào)節(jié),對染色體結(jié)構(gòu)修飾和基因表達調(diào)控發(fā)揮著重要的作用。為了研究毛果楊HDA902基因的亞細胞定位,進而為研究其功能奠定基礎(chǔ),采用PCR的方法克隆了毛果楊組蛋白去乙酰化酶基因HDA902的編碼序列,采用生物信息學方法分析了該基因所編碼的蛋白質(zhì)序列,并構(gòu)建了HDA902-GFP融合基因表達載體,通過其在洋蔥表皮細胞的表達來確定HDA902蛋白的亞細胞定位。研究結(jié)果表明,毛果楊HDA902基因的開放閱讀框為1 500 bp,編碼1個由499個氨基酸殘基組成的蛋白質(zhì)。序列比對和結(jié)構(gòu)域分析顯示,毛果楊HDA902蛋白與其他植物同源蛋白具有一個保守的結(jié)構(gòu)域HDAC3。系統(tǒng)進化樹分析表明,毛果楊HDA902蛋白在進化上與桃(Prunus persica)HDAC(XP_007200978.1)和蘋果(Malus domestica)HDA19-like(XP_008348955.1)的親緣關(guān)系較近。啟動子分析表明,毛果楊HDA902基因的啟動子序列包含5UTR Pyrich stretch、ARE、ACE和HSE等多個與逆境和光響應(yīng)相關(guān)的順式作用元件。亞細胞定位分析表明,毛果楊HDA902蛋白主要存在于細胞質(zhì)中。這些研究結(jié)果為進一步研究毛果楊組蛋白去乙�；窰DA902基因的功能提供了理論基礎(chǔ)。
[Abstract]:Histone deacetylase (histone deacetylases HDACs) is a kind of important enzyme catalyzed histone acetylation involved in histone acetylation state regulation, plays an important role in chromosome structure modification and gene expression regulation. In order to study the subcellular localization of HDA902 gene of Populus trichocarpa, and lay the foundation in order to study the function of encoding sequence cloned p.trichocarpa histone deacetylase gene HDA902 by PCR method, using bioinformatics analysis of the gene encoding the protein sequence, and constructed the HDA902-GFP fusion gene expression vector and its expression in the onion epidermal cells to determine the subcellular localization of HDA902 protein. The results showed that p.trichocarpa HDA902 gene ORF is 1500 BP, encoding 1 consisting of a protein of 499 amino acids. Sequence alignment and domain analysis showed that, Populus trichocarpa HDA902 protein has a conserved domain HDAC3. phylogenetic tree analysis indicated that the homology with other plants, Populus trichocarpa HDA902 protein in evolution and peach (Prunus persica) HDAC (XP_007200978.1) and apple (Malus domestica) HDA19-like (XP_008348955.1) close genetic relationship. The promoter analysis showed that start sequence of HDA902 gene of Populus trichocarpa contains 5UTR Pyrich stretch, ARE, ACE and HSE and other adversities and light responsive cis elements related. Subcellular localization analysis showed that p.trichocarpa HDA902 protein in the cytoplasm. These results for the further study of p.trichocarpa histone deacetylase the function of HDA902 gene provides a theoretical basis.

【作者單位】： 東北林業(yè)大學林木遺傳育種國家重點實驗室;
【基金】：黑龍江省博士后基金項目(LBH-Z13006) 國家自然科學基金青年科學基金項目(31200497)共同資助
【分類號】：S792.11
【正文快照】： *通訊作者,maxj@nefu.edu.cnCloning,Sequence Analysis and Subcellular Localization of HDA902 Genefrom Populus trichocarpaLiu Chao Li Kailong Liu Chunjuan Ma Xujun*State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding,Northeast Forestry University,Harbin,15004

【相似文獻】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 李磊;羅杰;李紅;羅志斌;;毛果楊全基因組銨轉(zhuǎn)運蛋白家族成員及其序列分析[J];西北農(nóng)林科技大學學報(自然科學版);2011年02期

2 王策;秦靜靜;甘紅豪;李紅;羅志斌;;毛果楊全基因組磷酸根轉(zhuǎn)運蛋白家族成員序列分析[J];浙江農(nóng)林大學學報;2012年04期

3 吳大強;蔡誠;魏國;項艷;;毛果楊全基因組NBS類型抗病基因分析[J];林業(yè)科學;2009年02期

4 劉立輝;李成浩;楊靜莉;夏德安;;毛果楊1-羥基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-二磷酸合酶(HDS)基因的生物信息學分析[J];安徽農(nóng)業(yè)科學;2012年03期

5 劉立輝;李成浩;楊靜莉;夏德安;;毛果楊1-羥基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-二磷酸合酶(HDS)基因的生物信息學分析(英文)[J];Agricultural Science & Technology;2012年01期

6 崔秀娜;袁麗釵;蘇曉娟;吳祥云;王海英;盧善發(fā);;miR1444a參與毛果楊對鋅脅迫的響應(yīng)[J];中國科學:生命科學;2012年10期

7 袁丁;李紅;郝文芳;羅志斌;;毛果楊全基因組硝酸根轉(zhuǎn)運蛋白家族(NRT2s)序列分析[J];西北林學院學報;2012年05期

8 李春艷;李成浩;;毛果楊(Populus trichocarpa)中ZINC-INDUCED FACILITATOR1(ZIF1)同源基因的生物信息學分析[J];安徽農(nóng)業(yè)大學學報;2013年03期

9 邵龍婷;鄭唐春;臧麗娜;李爽;曲冠證;;毛果楊Eukaryotic translation initiation factor 5A(eIF5A)同源基因的生物信息學分析[J];安徽農(nóng)業(yè)大學學報;2014年01期

10 車小紅;李巖;趙德剛;;遺傳轉(zhuǎn)化KN1基因促進毛果楊外植體再生[J];基因組學與應(yīng)用生物學;2010年04期

相關(guān)會議論文 前1條

1 吳大強;項艷;;毛果楊全基因組NBS類型抗病基因分析[A];第六屆全國林木遺傳育種大會論文集[C];2008年

相關(guān)碩士學位論文 前10條

1 陳韻琳;毛果楊PtrDREB28轉(zhuǎn)錄因子功能的研究[D];東北林業(yè)大學;2015年

2 毛旭亮;毛果楊PtrHox14和PtrHox52基因功能研究[D];東北林業(yè)大學;2015年

3 呂世博;毛果楊HDT902基因的表達和功能分析[D];東北林業(yè)大學;2015年

4 崔秀娜;毛果楊微小RNA 1444a的克隆、脅迫表達分析及遺傳轉(zhuǎn)化研究[D];遼寧工程技術(shù)大學;2013年

5 管李萍;四個毛白楊APX基因及啟動子克隆與催化特性分析[D];北京林業(yè)大學;2010年

6 蘇曉娟;毛果楊內(nèi)參基因的篩選和驗證及其miR164e的克隆、表達和轉(zhuǎn)化[D];山西師范大學;2013年

7 溫素芳;毛果楊MYB-like1轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控花青素合成代謝的研究[D];東北林業(yè)大學;2012年

8 董亞茹;毛果楊HDAC基因家族與低溫脅迫反應(yīng)關(guān)系的初步研究[D];東北林業(yè)大學;2013年

9 黃婷;毛果楊WND1B基因啟動子克隆與缺失分析[D];中南林業(yè)科技大學;2012年

10 姜曉玲;潰瘍病菌侵染過程中毛果楊類甜蛋白基因的時空表達分析[D];河北農(nóng)業(yè)大學;2012年

，

本文編號：1416034