發(fā)布時間：2017-12-08 22:13

  本文關(guān)鍵詞：利用擬南芥種群間轉(zhuǎn)錄組和表皮毛密度差異信息篩選表皮毛相關(guān)功能基因

  更多相關(guān)文章： 轉(zhuǎn)錄組 數(shù)量性狀 相關(guān)分析 表皮毛 功能基因

【摘要】：如何利用基因組、轉(zhuǎn)錄組以及代謝組學(xué)等海量信息確定基因功能,并闡述其調(diào)控機制是生命科學(xué)研究領(lǐng)域的核心內(nèi)容之一。本研究利用種群間數(shù)量性狀遺傳變異與相應(yīng)基因表達(dá)量差異之間的關(guān)聯(lián)性,嘗試一種功能基因篩選的快速方法,首先利用已經(jīng)發(fā)表的擬南芥(Arabidopsis thaliana)生物信息數(shù)據(jù),運用線性相關(guān)模型,根據(jù)擬南芥種群遺傳變異導(dǎo)致的葉片表皮毛數(shù)量性狀差異和對應(yīng)種群基因表達(dá)量差異的相關(guān)性,篩選與表皮毛性狀功能相關(guān)的基因,從33 554個基因中共篩選到1 747個相關(guān)基因,其中負(fù)相關(guān)基因195個,正相關(guān)基因1 552個。對篩選基因集合進(jìn)行基因本體(Gene Ontology,GO)富集分析,結(jié)果表明,篩選到的基因主要富集于植物防御、先天免疫、脅迫反應(yīng)、茉莉酸刺激應(yīng)答、機械損傷反應(yīng)和芥子油苷代謝等生物功能,特別篩選到和表皮毛發(fā)育及其防御代謝物分泌有關(guān)的基因,如誘導(dǎo)葉片表皮毛分化起始的MYB結(jié)構(gòu)域蛋白基因MYB23,對葉片表皮毛發(fā)育具有重要影響的缺陷表皮毛因子1(distorted trichomes 1,DIS1),參與吲哚芥子油苷合成的細(xì)胞色素P450家族蛋白基因(cytochrome P450 family 81subfamily F polypeptide 2,CYP81F2)和MYB51。將本研究篩選基因功能富集結(jié)果與前人對表皮毛的功能研究成果做對比,證明了本研究中所用方法的可行性。因此,在與數(shù)量性狀有關(guān)目的基因篩選的研究中,此方法可以作為參考,對于其他物種的數(shù)量性狀研究也具有借鑒意義。
【作者單位】： 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)雜草研究室;
【基金】：國家自然科學(xué)基金(No.31572066) 轉(zhuǎn)基因生物研究與商業(yè)化重大專項(No.2016ZX08011-001) 教育部高等學(xué)校博士點基金優(yōu)先發(fā)展領(lǐng)域課題(No.20130097130006)
【分類號】：Q943.2
【正文快照】：

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本文編號：1267998