本文關(guān)鍵詞：尼羅羅非魚ghrelin基因的多態(tài)性及其與生長性狀相關(guān)SNP位點(diǎn)的篩選

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【摘要】：為了研究尼羅羅非魚(Oreochromis niloticus)生長激素促分泌素基因(ghrelin)的多態(tài)性及其與生長的相關(guān)性,研究以兩個(gè)尼羅羅非魚群體(快長群體和基礎(chǔ)群體)的DNA樣本各40份為模板,通過PCR擴(kuò)增和測序獲得ghrelin基因序列。通過Dnasp v5和MEGA 5.0分析序列多態(tài)性、篩選有效SNP位點(diǎn);采用Snapshot法對兩個(gè)群體子代ghrelin基因中SNP位點(diǎn)進(jìn)行基因分型,然后分析SNP位點(diǎn)基因型與生長性狀的相關(guān)性。結(jié)果表明,快長群體ghrelin基因中的單核苷酸變異位點(diǎn)數(shù)(S)比基礎(chǔ)群體要少,而核苷酸多態(tài)性(Pi)和平均核苷酸差異數(shù)(K)要略高于基礎(chǔ)群體。共篩得3個(gè)有效SNP位點(diǎn)(S1、S2和S3),均分布于第1個(gè)內(nèi)含子中。遺傳結(jié)構(gòu)分析表明,3個(gè)SNP位點(diǎn)在兩個(gè)群體的子代中均為低度多態(tài)性位點(diǎn)(PIC0.25),但處于Hardy-Weinberg平衡(P0.05);快長群體子代中3個(gè)SNP位點(diǎn)的觀測雜合度、期望雜合度和多態(tài)信息含量等遺傳多樣性參數(shù)均小于基礎(chǔ)群體子代的相應(yīng)值,3個(gè)SNP位點(diǎn)的遺傳多樣性參數(shù)、基因型和基因頻率在同一群體中高度一致,SNP位點(diǎn)之間完全連鎖。兩個(gè)群體子代中3個(gè)SNP位點(diǎn)處的優(yōu)勢基因型相同,但快長群體子代中優(yōu)勢基因型頻率要明顯大于基礎(chǔ)群體子代中相應(yīng)基因型頻率。對兩個(gè)群體子代的生長性狀與SNP基因型進(jìn)行關(guān)聯(lián)性分析的結(jié)果表明,尼羅羅非魚個(gè)體的多項(xiàng)生長指標(biāo)(體重、體長、體高、頭長和尾柄高等)在不同基因型中存在顯著差異(S1:GGAG,S2:TTAT,S3:AAAT)(P0.05)。D1雙倍型(S1:GG,S2:TT,S3:AA)所對應(yīng)的尼羅羅非魚個(gè)體的多項(xiàng)生長指標(biāo)(體重、體長、體高、頭長和尾柄高等)顯著高于D2雙倍型(S1:AG,S2:AT,S3:AT)。以上結(jié)果表明,尼羅羅非魚ghrelin基因3個(gè)SNP位點(diǎn)完全連鎖,D1雙倍型與快長性狀密切相關(guān),可作為尼羅羅非魚分子標(biāo)記輔助育種的候選標(biāo)記。
【作者單位】： 中國水產(chǎn)科學(xué)研究院珠江水產(chǎn)研究所農(nóng)業(yè)部熱帶亞熱帶水產(chǎn)資源利用與養(yǎng)殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;上海海洋大學(xué)水產(chǎn)與生命學(xué)院;廣東省淡水名優(yōu)魚類種苗繁育中心;
【基金】：現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系專項(xiàng)資金(No.CARS-49) 十二五國家科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目(No.2012BAD26B03-02) 廣東省科技計(jì)劃項(xiàng)目(No.2012A020602017)資助~~
【分類號】：S917.4
【正文快照】： 尼羅羅非魚吉富品系(Oreochromis niloticus,GIFT strain)是由4個(gè)亞洲養(yǎng)殖尼羅羅非魚品系和4個(gè)非洲原產(chǎn)地的尼羅羅非魚品系進(jìn)行混合選育獲得的優(yōu)良品系, 其生長速度顯著高于其他羅非魚養(yǎng)殖品種, 是我國目前養(yǎng)殖區(qū)域分布最廣的羅非魚品種, 具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值2][1, 。研究發(fā)現(xiàn),，

本文編號：1236435