本文關(guān)鍵詞：雞MDA5、LGP2基因編碼區(qū)的中性選擇分析與遺傳分化分析

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【摘要】：近年來(lái),對(duì)禽流感病毒及其相關(guān)抗性基因的研究逐漸成為生物學(xué)和遺傳學(xué)研究的重點(diǎn)。而雞缺失禽類(lèi)抗禽流感的重要基因RIG-1讓同一家族的MDA5和LGP2兩個(gè)基因成為了研究熱門(mén)。中性檢驗(yàn)同樣是近年來(lái)遺傳學(xué)研究的重要內(nèi)容,以中性選擇的標(biāo)準(zhǔn)模型為零假設(shè),計(jì)算相關(guān)統(tǒng)計(jì)量,檢驗(yàn)其是否偏離中性假設(shè)的情況,得到目的區(qū)域的受選擇情況。本研究將中性檢驗(yàn)、多態(tài)性分析與基因研究相結(jié)合,對(duì)MDA5和LGP2兩個(gè)基因的編碼區(qū)進(jìn)行分析,找到候選位點(diǎn)。本實(shí)驗(yàn)以華南農(nóng)業(yè)大學(xué)保存的杏花雞、隱性白羽洛克雞、清遠(yuǎn)麻雞、粵黃雞和絲羽烏骨雞,廣州市江豐實(shí)業(yè)有限公司保存的文昌雞,廣東海洋大學(xué)保存的貴妃雞和麒麟雞共8個(gè)品種為實(shí)驗(yàn)材料,以茂名紅火番鴨種苗有限公司的黑羽番鴨為外群,擴(kuò)增MDA5和LGP2編碼區(qū),通過(guò)序列分析進(jìn)行多態(tài)性、中性檢驗(yàn)相關(guān)研究。兩個(gè)基因各有12和17個(gè)多態(tài)位點(diǎn),其中各有一個(gè)位點(diǎn)被SIFT軟件預(yù)測(cè)為引起蛋白質(zhì)功能變化的潛在突變,并發(fā)現(xiàn)雞的不耐受位點(diǎn)比例高于番鴨。而貴妃雞的MDA5顯示出與其他品種不同的高保守性和純合性。利用Fst參數(shù)對(duì)兩個(gè)基因進(jìn)行品種間比較,發(fā)現(xiàn)貴妃雞的MDA5與其他品種分化較大,Fst值都超過(guò)了0.5,顯示出極大的遺傳分化差異。連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn)LGP2品種間存在一個(gè)單倍型塊,并與其他4個(gè)位點(diǎn)形成連鎖不平衡關(guān)系,MDA5存在三個(gè)位點(diǎn)兩兩連鎖的情況,這些位點(diǎn)可與被SIFT預(yù)測(cè)的位點(diǎn)共同作為基因功能研究的候選位點(diǎn)。另外,本實(shí)驗(yàn)對(duì)兩個(gè)基因進(jìn)行品種間中性選擇分析,通過(guò)Tajima和Fu and Li檢驗(yàn)發(fā)現(xiàn)絲羽烏骨雞的LGP2的Fu and Li檢驗(yàn)值顯著大于0,說(shuō)明可能存在正向選擇或者平衡選擇。而以Ka/Ks比例進(jìn)行品種間中性選擇分析,結(jié)果顯示兩個(gè)的Ka/Ks值都小于1,并且達(dá)到顯著水平。這說(shuō)明雞MDA5和LGP2兩個(gè)基因在進(jìn)化過(guò)程中受到過(guò)凈化選擇(負(fù)向選擇)。綜合以上結(jié)果,本研究認(rèn)為MDA5和LGP2耐受能力的差異和負(fù)向選擇可能是造成雞與番鴨在感染禽流感病毒后出現(xiàn)發(fā)病差異的重要原因。
【學(xué)位授予單位】：華南農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類(lèi)號(hào)】：S858.31

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