本文關(guān)鍵詞：原核微藻psbA基因的密碼子偏好性及聚類分析

  更多相關(guān)文章： 原核微藻 psb A 密碼子偏好性 系統(tǒng)聚類

【摘要】：D1蛋白是光合作用反應(yīng)中心的一種蛋白,研究編碼該蛋白的psb A基因密碼子的偏好性及聚類分析對原核微藻的分類具有重要意義。本研究利用MEGA和Codon W軟件分析psb A基因的堿基組成和密碼子適應(yīng)指數(shù)、有效密碼子數(shù)及相對密碼子使用度等參數(shù)。結(jié)果表明,不同種屬原核微藻的psb A基因具有明顯的密碼子偏好性,且密碼子使用模式多樣,可反映該類群生物種屬之間的親緣關(guān)系。依據(jù)密碼子偏好性的歐式平方距離系數(shù)進行聚類,證實密碼子的偏好性與其物種的親緣關(guān)系及進化存在一定的關(guān)系,其聚類結(jié)果可作為系統(tǒng)發(fā)育分析的重要補充。
【作者單位】： 天津商業(yè)大學(xué)生物技術(shù)與食品科學(xué)學(xué)院/天津市食品生物技術(shù)重點實驗室;
【基金】：國家自然科學(xué)基金(31270050) 創(chuàng)新團隊項目(140028)
【分類號】：Q943.2
【正文快照】： 原核微藻是光合自養(yǎng)微生物的統(tǒng)稱,其中有些種類是生產(chǎn)食品的原料;有些種類富含生物活性物質(zhì),可應(yīng)用于醫(yī)藥領(lǐng)域或作為食品添加劑應(yīng)用于功能食品開發(fā)。然而由于原核微藻個體微小、形態(tài)簡單,基于形態(tài)特征的分類系統(tǒng)不能很好反映它們之間的親緣關(guān)系,也無法滿足新分離藻株的鑒定需

【相似文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 黃惠芳,莊永龍,陳禮明,林魯萍,馬飛,許曉風(fēng);基于密碼子與互補密碼子使用的進化樹的重構(gòu)(英文)[J];安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報;2005年03期

2 吳憲明;吳松鋒;任大明;朱云平;賀福初;;密碼子偏性的分析方法及相關(guān)研究進展[J];遺傳;2007年04期

3 武志娟;鐘金城;;密碼子偏性及其應(yīng)用[J];生物學(xué)通報;2012年04期

4 李順成;龐有志;;一些蛋白質(zhì)中氨基酸相對含量與相應(yīng)密碼子數(shù)的關(guān)系[J];豫西農(nóng)專學(xué)報;1986年01期

5 楊雨善;;密碼子的分配[J];生物化學(xué)與生物物理進展;1987年02期

6 楊雨善;;密碼子的八卦圖[J];生命的化學(xué)(中國生物化學(xué)會通訊);1987年02期

7 楊雨善;;線粒體和胞液中密碼子的使用[J];國外醫(yī)學(xué)(分子生物學(xué)分冊);1989年01期

8 錢留華;密碼子[J];生物學(xué)通報;1997年04期

9 侯卓成,楊寧;影響鏈球菌屬肺炎球菌基因組密碼子使用的因素分析[J];遺傳學(xué)報;2002年08期

10 肖敬平;遺傳密碼子進化的階段性[J];生命科學(xué)研究;2002年03期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前7條

1 張光亞;劉桂蘭;方柏山;;敏捷氣熱菌(Aeropyrum pernix)基因組密碼子使用偏好分析[A];華東六省一市生物化學(xué)與分子生物學(xué)會2003年學(xué)術(shù)交流會論文摘要集[C];2003年

2 趙勝;張琴;陳智華;趙益新;鐘金城;;影響鼻疽伯克霍爾德氏菌基因組密碼子用法的因素分析[A];中國遺傳學(xué)會功能基因組學(xué)研討會論文集[C];2006年

3 孫錚;馬亮;MURPHY Robert W.;張憲省;黃大衛(wèi);;Wolbachia pipientis wMel基因組水平上的密碼子使用分析[A];第3屆全國人畜共患病學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2011年

4 逯凱;張燦;劉文華;鄒玲;任慧英;;多價噬菌體Bp7尾絲蛋白gp37基因密碼子用法分析[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會家畜傳染病學(xué)分會第八屆全國會員代表大會暨第十五次學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2013年

5 胡秀珍;黃延昭;肖奕;;密碼子上下文關(guān)聯(lián)與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)[A];第九次全國生物物理大會學(xué)術(shù)會議論文摘要集[C];2002年

6 鄭潔;謝曉紅;張明;易軍;雷岷;任永軍;鄺良德;李叢艷;郭志強;黃鄧萍;張翔宇;;bIFN-τ和bIFN-τ-His_6成熟蛋白的密碼子偏愛性分析[A];第十二次全國畜禽遺傳標(biāo)記研討會論文集[C];2010年

7 逯曉波;蔡原;安春麗;靳翠紅;劉秋芳;;建立研究ERCC1密碼子118單核苷酸多態(tài)性的細胞轉(zhuǎn)染模型[A];中國環(huán)境誘變劑學(xué)會第14屆學(xué)術(shù)交流會議論文集[C];2009年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 劉霞;英將自然界中不存在的氨基酸加入線蟲體內(nèi)[N];科技日報;2011年

2 記者 常麗君;美科學(xué)家為一種細菌重編基因組密碼[N];科技日報;2013年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前8條

1 賀錦敖;符號計算及其在計算生物學(xué)中的應(yīng)用[D];電子科技大學(xué);2014年

2 張屹;氨基酸與密碼子的進化及其相關(guān)問題的研究[D];大連理工大學(xué);2007年

3 朱平;基于代數(shù)理論方法的基因編碼研究[D];江南大學(xué);2008年

4 申小娟;蛋白質(zhì)對稱結(jié)構(gòu)及其形成機制[D];中國科學(xué)院深圳先進技術(shù)研究院;2013年

5 孫錚;昆蟲基因組密碼子使用及進化分析[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2009年

6 江月;桿狀病毒的分子進化及密碼子偏性研究[D];中國科學(xué)院研究生院（武漢病毒研究所）;2007年

7 李文成;天藍色鏈霉菌nsdA基因的研究及TTA密碼子的生物信息學(xué)分析[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2007年

8 徐曉忠;菜豆金色花葉屬病毒群體遺傳學(xué)、密碼子使用及進化分析[D];浙江大學(xué);2008年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 李永香;同義密碼子重復(fù)序列中密碼子的使用與比較[D];內(nèi)蒙古大學(xué);2005年

2 趙國焓;密碼子位點特征初步研究和組蛋白基因進化動力學(xué)比較[D];南京師范大學(xué);2007年

3 郁鋒;耐熱堿性磷酸酶耐熱機理研究和互補密碼子使用關(guān)系探討[D];南京師范大學(xué);2003年

4 程珊珊;基于密碼子偏性和分枝聚類的密碼子置換模型的統(tǒng)計推斷[D];南京航空航天大學(xué);2012年

5 杜丹;結(jié)構(gòu)對稱蛋白的密碼子序列研究[D];華中科技大學(xué);2011年

6 黃惠芳;疾病相關(guān)的選擇性剪接基因與密碼子和互補密碼子的生物信息學(xué)分析[D];廈門大學(xué);2006年

7 曹致琦;果蠅基因組中內(nèi)含子數(shù)目與密碼子使用偏性的關(guān)系[D];西南大學(xué);2007年

8 劉慧;基于殘基相似性和位置差異的密碼子置換模型及其應(yīng)用[D];南京航空航天大學(xué);2012年

9 張麗麗;兩類密碼子置換模型的正向選擇估計及其統(tǒng)計檢驗[D];南京航空航天大學(xué);2012年

10 劉淑君;利用綠色熒光蛋白報告基因定量測定Escherichia Coli中UGA密碼子的通讀效率[D];吉林大學(xué);2006年

，

本文編號：1141700