發(fā)布時間：2017-10-20 17:45

  本文關鍵詞：豬小體型相關受選擇基因位點的研究

  更多相關文章： 小型豬 全基因組重測序 選擇信號 體型大小 候選基因

【摘要】：旨在通過對比大、小體型兩組中國地方豬種在基因組上的遺傳分化,檢測出全基因組選擇信號,以期能鑒別出影響豬體型大小的相關基因及可能的突變位點,解析小體型豬種形成的分子機制。本研究選用小體型的五指山豬和巴馬香豬,以大體型的金華豬、二花臉、河套大耳豬為對照,基于全基因組重測序數(shù)據(jù),使用兩組豬群間的遺傳分化系數(shù)(Fst)和小體型豬組內的雜合度(Heterozygosity)檢測體型選擇信號。Fst值較大而雜合度小的染色體區(qū)段作為體型相關的受選擇候選區(qū)域。對這些候選區(qū)域所包含的基因進行基因功能及通路的注釋分析、以及突變位點的搜尋,試圖揭示與豬體型大小相關的可能受選擇的基因和突變。結果,通過篩選全基因組重測序數(shù)據(jù),我們得到32 475 218個高質量的SNPs,利用40kb的滑動窗口進行Fst和雜合度的計算。Fst值經Z轉換(Z(Fst))后大于5的區(qū)段有242個。取雜合度最小值的前200個區(qū)間與242個Z(Fst)5的區(qū)間的交集,確定了13個受選擇候選區(qū)域,其中共包含28個基因。通過PANTHER進行基因注釋,發(fā)現(xiàn)了17個與體型性狀相關的候選基因,包括IGF1R、GUCY1A3等功能候選基因。本研究基于高通量測序數(shù)據(jù),結合群體遺傳學分析手段,確定了與體型大小相關的受選擇區(qū)域,綜合分析推測五指山和巴馬香小體型豬的形成可能是由于處于非基因編碼區(qū)域的一個或者多個突變造成。
【作者單位】： 江西農業(yè)大學省部共建豬遺傳改良與養(yǎng)殖技術國家重點實驗室;
【關鍵詞】： 小型豬 全基因組重測序 選擇信號 體型大小 候選基因
【基金】：國家自然科學基金(31402058) 江西省自然科學基金(2010GQN0045)
【分類號】：S828
【正文快照】： 豬是人類較早馴化的家養(yǎng)動物之一。由于受到較強的人工選擇及對所處圈養(yǎng)環(huán)境的適應,家豬品種在體型外貌、生長性能和行為習慣等重要性狀上與野豬有了明顯分化。中國南方地區(qū)有著豐富的小型豬豬種資源,如五指山豬、巴馬香豬、從江香豬、劍白香豬、環(huán)江香豬、滇南小耳豬等,其一

【相似文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 羅晶,張宏,楊潤清;動態(tài)性狀候選基因檢測效率分析[J];上海交通大學學報(農業(yè)科學版);2004年04期

2 楊志剛,王寶維,王雷;影響豬肉脂肪性狀主要候選基因的研究進展[J];動物科學與動物醫(yī)學;2005年05期

3 王莉興;魯紹雄;;豬產仔數(shù)相關候選基因的研究進展[J];上海畜牧獸醫(yī)通訊;2008年04期

4 楊海玲;曾勇慶;王慧;;豬抗病和免疫相關候選基因的研究進展[J];豬業(yè)科學;2010年01期

5 吳語寧;叢凡m，

本文編號：1068510