本文關(guān)鍵詞：雷蒙德氏棉和亞洲棉TCP基因家族的生物信息學(xué)分析

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【摘要】：TCP基因家族是植物中特有的一類轉(zhuǎn)錄因子家族,涉及了植物的多種生長途徑以及各種生理生化反應(yīng)的信號傳導(dǎo)。為了更好地了解TCP基因家族在雷蒙德氏棉和亞洲棉基因組中的數(shù)量和分布情況等,通過生物信息學(xué)方法,在雷蒙德氏棉(D5)和亞洲棉(A2)全基因組中分別鑒定出37個TCP基因家族成員,并對TCP家族成員進行基因結(jié)構(gòu)、染色體定位、保守域、進化關(guān)系等分析。結(jié)果表明,雷蒙德氏棉和亞洲棉全基因組分別編碼37個TCP轉(zhuǎn)錄因子成員。雷蒙德氏棉30個成員基因分布在10條染色體上,亞洲棉37個成員基因分布在13條染色體上;內(nèi)含子/外顯子結(jié)構(gòu)分析表明,TCP基因結(jié)構(gòu)較為簡單,大部分不含內(nèi)含子;功能結(jié)構(gòu)域分析,發(fā)現(xiàn)所有TCP轉(zhuǎn)錄因子具有高度保守的TCP結(jié)構(gòu)域;根據(jù)結(jié)構(gòu)域差異和系統(tǒng)發(fā)育分析的結(jié)果,將TCP基因家族分成2個亞族,進一步劃分為PCF、CIN、CYC/TB1三個亞類。以上結(jié)果為進一步研究棉花TCP基因家族各成員的功能奠定一定的理論基礎(chǔ)。
【作者單位】： 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所/棉花生物學(xué)國家重點實驗室;
【關(guān)鍵詞】： TCP基因家族 雷蒙德氏棉 亞洲棉 生物信息學(xué)
【基金】：中央級公益性科研院所基本科研業(yè)務(wù)費專項(1610162015B13) 棉花生物學(xué)國家重點實驗室基金(CB2015C16)
【分類號】：S562
【正文快照】： TEOSINTE-LIKE1,CYCLOIDEA和PRO-LIFERATING CELL FACTOR1(TCP)基因家族是由最初發(fā)現(xiàn)的3個基因命名的,編碼植物體內(nèi)特有的一類轉(zhuǎn)錄因子,廣泛存在于從藻類到高等植物的基因組中,在植物生長發(fā)育過程中起著十分重要的調(diào)節(jié)作用[1]。TCP蛋白均含有約59個氨基酸組成的保守序列,該保

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