本文關(guān)鍵詞：草魚RLRs家族基因的甲基化狀態(tài)與草魚出血病的關(guān)聯(lián)研究

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【摘要】：草魚(Ctenopharyngodon idella)是我國重要的淡水經(jīng)濟(jì)魚類,但各種細(xì)菌、病毒性疾病的暴發(fā)嚴(yán)重制約著草魚養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展,其中危害最為嚴(yán)重的就是由草魚呼腸孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)引發(fā)的草魚出血病。魚類的抗病毒防御主要依賴先天性免疫系統(tǒng),而模式識別受體(Pattern recognition receptor,PRR)對入侵病原微生物的識別構(gòu)成了先天性免疫的第一道防線。RIG-I樣受體(RIG-I-like receptors,RLRs)是一類胞內(nèi)PRRs,包括LGP2(Laboratory of Genetics and Physiology 2)、黑色素瘤分化相關(guān)基因5(Melanoma Differentiation Associated gene 5,MDA5)和維甲酸誘導(dǎo)基因I(Retinoic acid Induced Gene-I,RIG-I),能夠識別入侵的病毒核酸并將信號傳遞至下游接頭分子,最終誘導(dǎo)I型干擾素(Interferon,IFN-I)和促炎癥因子的表達(dá)。已有研究證實(shí),GCRV刺激后草魚LGP2、MDA5和RIG-I基因(CiLGP2、CiMDA5、CiRIG-I)的表達(dá)量均顯著上調(diào),表明草魚RLRs家族參與了GCRV抗病毒免疫反應(yīng),然而其表達(dá)調(diào)控機(jī)制尚不明確。本研究通過GCRV刺激后對草魚RLRs家族基因的甲基化和表達(dá)量進(jìn)行關(guān)聯(lián)研究,并對易感/抗性個(gè)體間的甲基化狀態(tài)進(jìn)行差異分析,得到的主要結(jié)果如下:1.CiLGP2基因-1411 CpG位點(diǎn)具有多種甲基化模式,其在脾臟組織中的甲基化水平顯著低于肌肉組織,且對應(yīng)個(gè)體在脾臟組織中的基因表達(dá)量高于肌肉組織;2.CiLGP2基因CpG位點(diǎn)的甲基化水平在易感/抗性個(gè)體組間沒有顯著差異;3.CiMDA5基因+200、+202、+204和+207 CpA/CpG位點(diǎn)在易感個(gè)體組中的甲基化水平顯著高于抗性個(gè)體組;4.CiMDA5基因在易感個(gè)體組中的表達(dá)量顯著低于抗性個(gè)體組;5.CiRIG-I基因-534 CpG位點(diǎn)在易感個(gè)體組中的甲基化水平顯著高于抗體個(gè)體組;6.CiRIG-I基因在易感個(gè)體組中的表達(dá)量顯著低于抗性個(gè)體組;7.CiLGP2和Ci RIG-I基因5’側(cè)翼區(qū)的CpG位點(diǎn)均有自發(fā)脫氨基現(xiàn)象發(fā)生。本研究的結(jié)論為:RLRs家族基因的抗病毒表達(dá)均受DNA甲基化負(fù)調(diào)控,CiMDA5密集甲基化元件(DME)和Ci RIG-I-534 CpG位點(diǎn)的甲基化與草魚出血病抗性顯著相關(guān)。本研究從表觀遺傳學(xué)水平揭示了草魚RLRs家族基因抗病毒表達(dá)的調(diào)控機(jī)制,找尋到了與草魚出血病抗性相關(guān)的甲基化位點(diǎn),可以作為草魚出血病的分子標(biāo)記,并為草魚抗病育種提供新思路。
【關(guān)鍵詞】：草魚出血病 CiLGP2 Ci MDA5 CiRIG-I DNA甲基化
【學(xué)位授予單位】：西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S943
【目錄】：

• 摘要5-7
• ABSTRACT7-12
• 第一章 文獻(xiàn)綜述12-20
• 1.1 草魚出血病概述12-14
• 1.1.1 草魚呼腸孤病毒12-13
• 1.1.2 草魚出血病的防治策略13-14
• 1.2 先天性免疫模式識別受體14-18
• 1.2.1 魚類先天性免疫14
• 1.2.2 模式識別受體14-18
• 1.3 DNA甲基化18-19
• 1.3.1 表觀遺傳學(xué)18
• 1.3.2 DNA甲基化的調(diào)控機(jī)制18-19
• 1.3.3 DNA甲基化在魚類的研究進(jìn)展19
• 1.4 研究目的與意義19-20
• 第二章 草魚LGP2基因的甲基化狀態(tài)與草魚出血病的關(guān)聯(lián)分析20-31
• 2.1 前言20
• 2.2 材料與方法20-23
• 2.2.1 試驗(yàn)材料20-21
• 2.2.2 試驗(yàn)試劑和儀器21
• 2.2.3 攻毒試驗(yàn)21
• 2.2.4 基因組DNA的提取和亞硫酸氫鹽修飾21
• 2.2.5 CiLGP2基因CpG島預(yù)測21-22
• 2.2.6 BSP擴(kuò)增22-23
• 2.2.7 總RNA提取與cDNA合成23
• 2.2.8 實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測基因表達(dá)23
• 2.2.9 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)23
• 2.3 結(jié)果與分析23-29
• 2.3.1 易感與抗性個(gè)體鑒定23-24
• 2.3.2 CiLGP2基因CpG島預(yù)測結(jié)果24-25
• 2.3.3 CpG位點(diǎn)甲基化狀態(tài)以及與易感/抗性性狀的關(guān)聯(lián)分析25-27
• 2.3.4 -1411 CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)與CiLGP2表達(dá)量的關(guān)聯(lián)分析27-28
• 2.3.5 -1411 CpG位點(diǎn)轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測28-29
• 2.4 討論29
• 2.5 小結(jié)29-31
• 第三章 草魚MDA5基因的甲基化狀態(tài)與草魚出血病的關(guān)聯(lián)分析31-40
• 3.1 前言31
• 3.2 材料與方法31-33
• 3.2.1 試驗(yàn)材料31
• 3.2.2 試驗(yàn)試劑和儀器31
• 3.2.3 攻毒試驗(yàn)31
• 3.2.4 基因組DNA的提取和亞硫酸氫鹽修飾31
• 3.2.5 CiMDA5基因CpG島預(yù)測31
• 3.2.6 BSP擴(kuò)增31-32
• 3.2.7 總RNA提取、cDNA合成與病毒檢測32
• 3.2.8 實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測基因表達(dá)32
• 3.2.9 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)32
• 3.2.10 生物信息分析32-33
• 3.3 結(jié)果與分析33-38
• 3.3.1 易感與抗性個(gè)體鑒定33
• 3.3.2 CiMDA5基因CpG島預(yù)測結(jié)果33-34
• 3.3.3 CiMDA5中與抗性相關(guān)的甲基化位點(diǎn)34-36
• 3.3.4 CpA/CpG位點(diǎn)甲基化水平與基因表達(dá)的關(guān)聯(lián)分析36
• 3.3.5 DME轉(zhuǎn)錄因子和蛋白結(jié)構(gòu)域預(yù)測36-38
• 3.4 討論38-39
• 3.5 小結(jié)39-40
• 第四章 草魚RIG-I基因的甲基化狀態(tài)與草魚出血病的關(guān)聯(lián)分析40-48
• 4.1 前言40
• 4.2 材料與方法40-42
• 4.2.1 試驗(yàn)材料40
• 4.2.2 試驗(yàn)試劑和儀器40
• 4.2.3 攻毒試驗(yàn)40
• 4.2.4 基因組DNA的提取和亞硫酸氫鹽修飾40
• 4.2.5 CiRIG-I基因CpG島預(yù)測40
• 4.2.6 BSP擴(kuò)增40-41
• 4.2.7 總RNA提取、cDNA合成與病毒檢測41
• 4.2.8 實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測基因表達(dá)41
• 4.2.9 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)41-42
• 4.3 結(jié)果與分析42-46
• 4.3.1 易感與抗性個(gè)體鑒定42
• 4.3.2 CiRIG-I基因CpG島預(yù)測結(jié)果42
• 4.3.3 CiRIG-I基因中與抗性相關(guān)的甲基化位點(diǎn)42-45
• 4.3.4 CiRIG-I基因表達(dá)與甲基化的關(guān)聯(lián)分析45
• 4.3.5 -534與-293 CpG位點(diǎn)轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測45-46
• 4.4 討論46-47
• 4.5 小結(jié)47-48
• 結(jié)論48-49
• 參考文獻(xiàn)49-55
• 附錄55-59
• 縮略詞59-61
• 致謝61-62
• 作者簡介62

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中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 張陸云;如何識別和防治草魚出血病[J];中國農(nóng)村科技;2000年06期

2 唐文聯(lián);草魚出血病類型與防治措施[J];農(nóng)村百事通;2000年14期

3 王金寶;草魚出血病防治[J];齊魯漁業(yè);2001年02期

4 湯江山 ,楊向江;草魚出血病及其防治對策[J];內(nèi)陸水產(chǎn);2002年12期

5 黃洋春;怎樣診治草魚出血病[J];漁業(yè)致富指南;2002年14期

6 張士剛,張研;草魚出血病的類型與防治[J];四川畜牧獸醫(yī);2003年05期

7 戴玉紅;草魚出血病的防治[J];漁業(yè)致富指南;2003年14期

8 盧正臣;草魚出血病的治療一例[J];科學(xué)養(yǎng)魚;2004年02期

9 張士剛,張研;草魚出血病的類型識別與對癥防治[J];農(nóng)業(yè)科技與信息;2004年02期

10 ;草魚出血病的防治[J];獸藥與飼料添加劑;2004年02期

中國重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 陳蕓;廖莎;汪亞平;胡煒;鄒均;朱作言;;草魚出血病病毒RNA干擾的抗病研究[A];遺傳學(xué)進(jìn)步與人口健康高峰論壇論文集[C];2007年

2 徐偉;張興;柯麗華;王冰;鄭東;;草魚出血病病毒的低溫電鏡術(shù)和三維重構(gòu)[A];第十次全國電子顯微學(xué)會(huì)議論文集（Ⅰ）[C];1998年

3 袁愛華;梁世平;方勤;鄧紅;張世敏;;應(yīng)用免疫吸附電鏡技術(shù)檢測草魚出血病病毒[A];第六次全國電子顯微學(xué)會(huì)議論文摘要集[C];1990年

4 李洋洋;張義兵;桂建芳;;草魚兩個(gè)趨化因子的初步研究[A];中國海洋湖沼學(xué)會(huì)第九次全國會(huì)員代表大會(huì)暨學(xué)術(shù)研討會(huì)論文摘要匯編[C];2007年

5 陳蕓汪;亞平;胡煒;朱作言;;草魚出血病病毒RNA干擾的抗病研究[A];2007年中國水產(chǎn)學(xué)會(huì)學(xué)術(shù)年會(huì)暨水產(chǎn)微生態(tài)調(diào)控技術(shù)論壇論文摘要匯編[C];2007年

6 馬貴華;石和芹;;黃芪多糖等中藥防治草魚出血病的初步試驗(yàn)[A];紀(jì)念《元亨療馬集》付梓400周年中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)中獸醫(yī)學(xué)分會(huì)2008年學(xué)術(shù)年會(huì)華東區(qū)第十八次中獸醫(yī)科研協(xié)作與學(xué)術(shù)研討會(huì)暨獸藥發(fā)展論壇論文集[C];2008年

7 楊淞;石存斌;吳淑勤;李寧求;;池塘養(yǎng)殖模式下基于斷面調(diào)查的草魚出血病風(fēng)險(xiǎn)因素初步研究[A];漁業(yè)科技創(chuàng)新與發(fā)展方式轉(zhuǎn)變——2011年中國水產(chǎn)學(xué)會(huì)學(xué)術(shù)年會(huì)論文摘要集[C];2011年

8 米彥飛;李寧求;林強(qiáng);楊淞;付小哲;石存斌;吳淑勤;;基于層次分析法的草魚出血病免疫預(yù)防風(fēng)險(xiǎn)評估模型[A];2012年中國水產(chǎn)學(xué)會(huì)學(xué)術(shù)年會(huì)論文摘要集[C];2012年

9 鄒健忠;項(xiàng)黎新;毛樹堅(jiān);;從草魚細(xì)胞分離到一種抗病毒蛋白因子的研究[A];中國細(xì)胞生物學(xué)學(xué)會(huì)第五次會(huì)議論文摘要匯編[C];1992年

10 孫長貴;賴啟南;李雯;樊啟弟;劉永;谷美惠;陳華蓉;衷彬;;草魚Gig1和Gig2的抗病毒功能與轉(zhuǎn)錄調(diào)控分析[A];中國水產(chǎn)學(xué)會(huì)魚病專業(yè)委員會(huì)2013年學(xué)術(shù)研討會(huì)論文摘要匯編[C];2013年

中國重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 夏艷潔;草魚出血病診治方法[N];吉林農(nóng)村報(bào);2013年

2 胡光安;草魚出血病活疫苗問世[N];中國漁業(yè)報(bào);2011年

3 胡光安;首個(gè)草魚出血病活疫苗問世[N];農(nóng)民日報(bào);2011年

4 鞏華　陳總會(huì) 白岳強(qiáng) 黃志斌;草魚人工免疫防疫技術(shù)走向推廣應(yīng)用[N];中國漁業(yè)報(bào);2012年

5 王梓材;草魚常見病的判斷與防治[N];中國漁業(yè)報(bào);2013年

6 江蘇省水產(chǎn)養(yǎng)殖病害防治中心;草魚常見病害[N];江蘇農(nóng)業(yè)科技報(bào);2006年

7 林悅明邋羅善平;給魚打針治病的人[N];農(nóng)民日報(bào);2007年

8 唐紹林 雷燕;草魚出血病引起小型水庫養(yǎng)殖青魚魚種死亡淺析[N];中國漁業(yè)報(bào);2014年

9 省淡水研究所副研究員 林建斌;草魚脆化無公害養(yǎng)殖技術(shù)(上)[N];福建科技報(bào);2011年

10 水季;提高一齡草魚成活率的方法[N];中國漁業(yè)報(bào);2014年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前8條

1 朱斌;碳納米管載藥系統(tǒng)構(gòu)建及其對草魚出血病防控研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2015年

2 彭慧珍;感染GCRV草魚和赤眼鱒miRNA的鑒定與分析[D];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

3 王紅權(quán);基于GCRV抗性提高的草魚免疫特性分析[D];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

4 許寶紅;感病草魚脾臟的比較轉(zhuǎn)錄組分析[D];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué);2012年

5 李東明;重組草魚干擾素對草魚的免疫保護(hù)[D];南昌大學(xué);2013年

6 范麗華;草魚蛋白激酶Z(CiPKZ)的表達(dá)與亞細(xì)胞定位及2種魚類組織學(xué)形態(tài)研究[D];南昌大學(xué);2012年

7 陳蕓;用RNA干擾（RNAi）抗草魚出血病病毒的初步研究[D];中國科學(xué)院研究生院（水生生物研究所）;2005年

8 許巧情;草魚干擾素調(diào)節(jié)因子IRF-5和IRF-10以及趨化因子受體CXCR5克隆與表達(dá)[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2009年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 陳華蓉;草魚Ⅱ型細(xì)胞因子受體基因CRFB1和CRFB5的克隆、鑒定[D];南昌大學(xué);2015年

2 孫俊龍;草魚生長性狀和抗病力遺傳參數(shù)及QTL初步定位分析[D];上海海洋大學(xué);2015年

3 于鴻燕;草魚三個(gè)PI3K/AKT通路相關(guān)基因的克隆和表達(dá)分析[D];上海海洋大學(xué);2015年

4 馮小麗;草魚TBK1基因的克隆及其參與IFN-Ⅰ信號通路調(diào)節(jié)的功能研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2015年

5 饒友亮;草魚HMGB2蛋白抗病毒功能及其動(dòng)態(tài)亞細(xì)胞定位誘導(dǎo)機(jī)制研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2015年

6 楊康;草魚天然抗性相關(guān)巨噬蛋白基因的表達(dá)分析及其抗病相關(guān)性研究[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

7 尚雪瑩;草魚RLRs家族基因的甲基化狀態(tài)與草魚出血病的關(guān)聯(lián)研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2016年

8 古天樂;草魚MDA5基因免疫功能和IRF3/7在MDA5通路中作用機(jī)制的研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2016年

9 陳學(xué)宏;中藥大黃在草魚體內(nèi)的藥動(dòng)學(xué)研究[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2006年

10 李瑞偉;草魚出血病細(xì)胞培養(yǎng)滅活疫苗微囊制備與口服免疫效果研究[D];上海海洋大學(xué);2013年

，

本文編號：1010632