本文關(guān)鍵詞：黑莓RuTT12-1基因密碼子偏好性分析

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【摘要】：MATE家族(multidrug and toxin efflux)成員TT12(TRANSPARENT TESTA 12)廣泛存在于植物當(dāng)中,是植物花青素苷和原花青素由細(xì)胞質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)至中央液泡過程中一個(gè)重要的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白。文章利用CUSP和Codon W在線程序?qū)谳?Rubus spp.)TT12基因(Ru TT12-1)序列進(jìn)行分析,并與模式植物基因組和其他植物TT12基因進(jìn)行比較,對(duì)了解Ru TT12-1基因的密碼子使用特性,并根據(jù)其特性選擇合適的表達(dá)系統(tǒng)具有重要的意義。結(jié)果表明:Ru TT12-1基因表達(dá)量不高,偏好使用以A/T結(jié)尾的密碼子,且7種最優(yōu)密碼子也均以A/T結(jié)尾。在密碼子的使用頻率上,Ru TT12-1基因與擬南芥(Arabidopsis thaliana)、煙草(Nicotiana tobacum)的差異小于和玉米(Zea mays)、小麥(Triticum aestivum)的差異,因此擬南芥和煙草更適合作為該基因的異源表達(dá)宿主。通過與35種植物TT12基因密碼子偏好系數(shù)對(duì)比分析,大部分TT12基因偏愛使用以A/T結(jié)尾的密碼子,這可能與其的功能有關(guān)。
【作者單位】： 四川農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 黑莓 RuTT-基因 密碼子偏好性
【基金】：高等學(xué)校博士學(xué)科點(diǎn)專項(xiàng)科研基金(20125103110005)資助
【分類號(hào)】：Q943.2;S663.2
【正文快照】： Analysis of Codon Usage Bias of Ru TT12-1 Gene in BlackberryFeng Chen Zhang Yunting Xiao Jie Tang Haoru*College of Horticulture,Sichuan Agricultural University,Chengdu,611130*Corresponding author,htang@sicau.edu.cn自然界中共有64種密碼子編碼了組成天然蛋白

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