探究分子的穩(wěn)定構(gòu)象可以為其熱力學(xué)動(dòng)力學(xué)性質(zhì)的研究提供理論指導(dǎo)。構(gòu)象分析對(duì)于生物體系的計(jì)算模擬具有重要意義,而對(duì)于分子力場(chǎng)方法計(jì)算精度進(jìn)行校準(zhǔn)和各類體系的參數(shù)構(gòu)建,是本文的主要研究工作,主要分為兩部分。（一）選取具有不同化學(xué)性質(zhì)的17個(gè)有機(jī)小分子（包括烷烴、烯烴、醚、醇、醛、胺、酸等）作為研究對(duì)象,對(duì)其進(jìn)行穩(wěn)定構(gòu)象快速搜尋。應(yīng)用Gaussian09軟件,采用高水平B3LYP/6-311++G（d,p）方法,對(duì)能反映出不同分子結(jié)構(gòu)特性的兩個(gè)二面角進(jìn)行勢(shì)能面掃描,并對(duì)獲取的穩(wěn)定構(gòu)象結(jié)構(gòu)優(yōu)化。以從頭算獲得的穩(wěn)定構(gòu)象相關(guān)性質(zhì)為基準(zhǔn),采用ABEEMσπ/MM浮動(dòng)電荷極化力場(chǎng)、AMOEBA極化力場(chǎng)、OPLS/AA、AMBER99sb、CHARMM27固定電荷力場(chǎng)同樣對(duì)分子進(jìn)行構(gòu)象搜尋,通過結(jié)構(gòu)參數(shù)的比較,ABEEMσπ/MM力場(chǎng)與從頭算方法計(jì)算結(jié)果有很好的一致性,可以準(zhǔn)確找到所有構(gòu)象,優(yōu)化得到的有機(jī)小分子的骨架二面角與從頭算的平均絕對(duì)偏差MAD（mean absolute deviation）是所采用的不同力場(chǎng)中最小的,與高水平從頭算數(shù)據(jù)擬合一致性最佳。（二）以極性氨基酸蘇氨酸二肽作為模型分子,因其... 

【文章來源】：遼寧師范大學(xué)遼寧省

【文章頁數(shù)】：75 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

乙烷構(gòu)象典例Fig.1.1Typicalconformationsoftheethanemolecule

圖 1.2 乙烷能量走勢(shì)圖Fig. 1.2 The energy curve of the ethane molecule.1 中典型構(gòu)象對(duì)比，可觀察到在交叉式中，乙烷的兩端甲基上的存在，該狀態(tài)下兩個(gè)氫原子離得最遠(yuǎn)，相互作用最弱，能量最低在，這些結(jié)構(gòu)存在于圖 1.2 位能最低點(diǎn)附近。重疊式略有差異，位置相鄰，相互對(duì)應(yīng)，氫原子距離最短，恰好與交叉式對(duì)立，該穩(wěn)定，易發(fā)生構(gòu)象轉(zhuǎn)化。丁烷，任意兩個(gè)C-C單鍵均可旋轉(zhuǎn)，由此可獲得多種無規(guī)律可循于說明，本文未考慮兩端的碳原子形成的C-C單鍵旋轉(zhuǎn)情況，只轉(zhuǎn)動(dòng)獲得的構(gòu)象，示于如圖1.3。

對(duì)于正丁烷，任意兩個(gè)C-C單鍵均可旋轉(zhuǎn)，由此可獲得多種無規(guī)律可循的構(gòu)象排布方式。為便于說明，本文未考慮兩端的碳原子形成的C-C單鍵旋轉(zhuǎn)情況，只研究鏈中碳原子C-C單鍵轉(zhuǎn)動(dòng)獲得的構(gòu)象，示于如圖1.3。圖1.3 正丁烷構(gòu)象典例Fig. 1.3 Typical conformations of u-butane


本文編號(hào)：3000195