目的通過生物信息學(xué)方法分析有氧運動對人骨骼肌全基因組表達的影響及其促進健康的分子機制。方法從美國國立生物技術(shù)信息中心(NCBI)公共基因芯片數(shù)據(jù)平臺(GEO)下載GSE9103 mRNA基因芯片數(shù)據(jù)集,對股外側(cè)肌活檢樣本進行骨骼肌轉(zhuǎn)錄譜分析,樣本來源包括10例年輕久坐者、10例老年久坐者、10例年輕訓(xùn)練者和10例老年訓(xùn)練者。采用R語言"limma"函數(shù)包篩選差異表達基因(DEGs),設(shè)定閾值為logFC≥1且P <0.05。然后用DAVID數(shù)據(jù)庫對靶基因進行GO和KEGG信號通路富集分析,進一步應(yīng)用STRING數(shù)據(jù)庫構(gòu)建蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),應(yīng)用cytoscape對模塊中的基因的共表達關(guān)系進行可視化以及篩選關(guān)鍵基因。結(jié)果年輕組和老年組共篩選出41個DEGs,GO分析顯示DEGs生物學(xué)功能主要涉及細胞對饑餓的反應(yīng)、乳酸代謝過程、細胞生長調(diào)節(jié),KEGG分析顯示DEGs主要和胰高血糖素信號通路、細胞緊密連接和單磷酸腺苷活化蛋白激酶(AMPK)信號通路有關(guān)。蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)篩選出THRSP、MYH8、MYH1、PDK4、IGFN1、CALML6、PRKAG3、G0S2、ACTN3和FOX...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 數(shù)據(jù)來源
    1.2 差異表達基因（differentially expressed genes,DEGs）篩選
    1.3 DEGs的基因本體論（gene ontology,GO）及京都基因和基因組百科全書（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）分析
    1.4 DEGs的蛋白質(zhì)相互作用（protein-protein interacti-on,PPI）網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和關(guān)鍵基因篩選
2 結(jié)果
    2.1 DEGs篩選結(jié)果
    2.2 DEGs的GO和KEGG分析結(jié)果
    2.3 DEGs的PPI網(wǎng)絡(luò)分析結(jié)果
3 討論



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