本文關(guān)鍵詞：胃癌細(xì)胞中KLF4基因的表達(dá)及KLF4基因啟動(dòng)子區(qū)的生物信息學(xué)分析

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【摘要】：目的:Kruppel樣因子4(Kruppel-like factor 4,KLF4)與多種腫瘤的發(fā)生及發(fā)展密切相關(guān),在不同環(huán)境下其對(duì)腫瘤具有雙重調(diào)節(jié)功能,KLF4基因既可以抑制轉(zhuǎn)錄過(guò)程又可以激活轉(zhuǎn)錄的發(fā)生,在腫瘤中既可以作為促癌因子又可能是抑癌因子。相應(yīng)的,KLF4在不同腫瘤中的表達(dá)存在多樣性,或發(fā)揮癌基因作用,或具備抑癌基因作用。在本研究中我們擬檢測(cè)KLF4在人胃癌細(xì)胞系MKN-45及人正常胃黏膜上皮細(xì)胞系GES-1中的表達(dá)情況,并結(jié)合KLF4基因啟動(dòng)子區(qū)的生物信息學(xué)分析,預(yù)測(cè)胃癌發(fā)生過(guò)程中可能的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子,為深入研究其轉(zhuǎn)錄-調(diào)控機(jī)制提供研究基礎(chǔ)。方法:選擇人胃癌細(xì)胞株MKN-45及人正常胃黏膜上皮細(xì)胞株GES-1,提取細(xì)胞株RNA,逆轉(zhuǎn)錄成c DNA,采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR方法分別檢測(cè)以上兩種細(xì)胞中的KLF4 m RNA表達(dá)水平;運(yùn)用生物信息學(xué)方法獲取KLF4基因基本信息、啟動(dòng)子序列ID,為克服單個(gè)軟件的局限性,分別通過(guò)Promotor Scan、Patch、P-Match、Ali Baba2在線預(yù)測(cè)軟件分析人KLF4基因啟動(dòng)子序列,預(yù)測(cè)人KLF4基因啟動(dòng)子區(qū)順式作用元件及相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子,最后利用基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù)獲取胃癌組織中異常表達(dá)的蛋白,結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子結(jié)果篩選出人胃癌KLF4基因可能涉及的轉(zhuǎn)錄因子。結(jié)果:實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)結(jié)果顯示:KLF4m RNA在人胃癌細(xì)胞株MKN-45中的表達(dá)低于人正常胃黏膜細(xì)胞株GES-1中的表達(dá)(4.24±0.15 vs 6.66±0.23),差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p0.01)。通過(guò)對(duì)KLF4基因啟動(dòng)子區(qū)域的生物信息學(xué)分析,獲得人KLF4基因ID:9314,定位于9q31,全長(zhǎng)4915 bp,其m RNA ID:NM_004235.4,該基因啟動(dòng)子ID:HPRM23684,全長(zhǎng)1319 bp。各軟件分析KLF4啟動(dòng)子序列,其中Promotor Scan獲得57個(gè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn),涉及17個(gè)轉(zhuǎn)錄因子,包括ATF、EGR-1、GCF、H4TF1、MLTF、MT-I.6、Sp1等。Patch獲得562個(gè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn),涉及113個(gè)轉(zhuǎn)錄因子,包括AP-1、H4TF1、LEF-1、NF-1、Pax-5、SRF、SMAD-4等。P-Match參數(shù)設(shè)置為“減少錯(cuò)誤率”時(shí),獲得18個(gè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn),涉及9個(gè)轉(zhuǎn)錄因子,包括AP-4、ARP-1、ATF、NF-E2等;參數(shù)設(shè)置為“減少假陰性”時(shí),獲得295個(gè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn),涉及25個(gè)轉(zhuǎn)錄因子,包括AP-4、ATF、CREB、NF-1、NF-E2、YY1等。Ali Baba2獲得172個(gè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn),涉及52個(gè)轉(zhuǎn)錄因子,包括AP-2、ATF、NF-1、Sp1、USF、YY1等。以上四種軟件結(jié)果經(jīng)匯總?cè)ブ?共涉及183個(gè)轉(zhuǎn)錄因子。另外,通過(guò)在線基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù),獲得胃癌中異常表達(dá)的蛋白共3249個(gè),與上述183個(gè)轉(zhuǎn)錄因子作對(duì)比篩查,提示在人胃癌中可能參與KLF4調(diào)控的轉(zhuǎn)錄因子有17個(gè),包括LEF-1、NF-1、Pax-5、SMAD-4、SRF、YY1等。結(jié)論:本研究檢測(cè)提示在胃癌細(xì)胞MKN-45中KLF4呈低表達(dá),生物信息學(xué)分析顯示其表達(dá)可能受AP-1、AP-2、ATF、FXR、HIF-1、LEF-1、NF-1、Pax-5、RREB-1、SMAD-4、SP3、SRF、USF1、YY1等多種轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控,其中包括促進(jìn)癌癥發(fā)展的轉(zhuǎn)錄因子也包括某些具有抑癌作用的轉(zhuǎn)錄因子。
【關(guān)鍵詞】：胃癌 KLF4 生物信息學(xué) 轉(zhuǎn)錄因子
【學(xué)位授予單位】：貴陽(yáng)醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R735.2
【目錄】：

• 中文摘要4-6
• 英文摘要6-9
• 略縮詞表9-10
• 0.引言10-13
• 1.材料與方法13-19
• 2.結(jié)果19-36
• 3.討論36-40
• 4.結(jié)論40-42
• 參考文獻(xiàn)42-46
• 綜述46-54
• 參考文獻(xiàn)51-54
• 作者簡(jiǎn)歷54-55
• 致謝55-56
• 學(xué)位論文數(shù)據(jù)集56

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

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本文編號(hào)：908384